Bisulfietsequencing

DNA-methylering is een epigenetisch mechanisme waarvan bekend is dat het een rol speelt bij de regulering van zoogdiergenen, genomische imprinting en de onderdrukking van transposable elementen. Methyleringspatronen kunnen worden gekarakteriseerd door specifieke loci te onderzoeken of door genoombrede methyleringsprofielen op te stellen. Bisulfietbehandeling wordt beschouwd als de gouden standaardmethode voor het bepalen van DNA-methylering.
Natriumbisulfiet deamineert ongemodificeerde cytosines tot uracil, maar heeft geen invloed op 5-methylcytosines. Het met bisulfiet behandelde DNA wordt vervolgens door PCR geamplificeerd, waarbij de 5-methylcytosines als cytosines worden geamplificeerd en de uracils als thymines. DNA-sequencing kan vervolgens worden gebruikt om de methyleringsstatus van een interessante regio of een volledig genoom met een resolutie van één enkele nucleotide op te helderen.
PCR-amplificatie van bisulfiet-behandeld DNA vereist een enzym dat uracil-bevattend DNA en hoge AT-doelen kan tolereren (omzetting van ongemodificeerde cytosines in thymines verhoogt de AT-verhouding van het doel-DNA). NEB’s EpiMark Taq DNA-polymerase is geoptimaliseerd voor succesvolle amplificatie van met bisulfiet behandeld DNA.