Bisulfitsekvensering

DNA-metylering är en epigenetisk mekanism som är känd för att spela en roll i reglering av däggdjursgener, genomisk prägling och undertryckande av transposerbara element. Metyleringsmönster kan karakteriseras genom att förhöra specifika loci eller genom metyleringsprofilering över hela genomet. Bisulfitbehandling anses vara den gyllene standardmetoden för att bestämma DNA-metylering.
Natriumbisulfit deaminerar omodifierade cytosiner till uracil men påverkar inte 5-metylcytosiner. Det bisulfitbehandlade DNA:t amplifieras sedan med PCR, varvid 5-metylcytosinerna amplifieras som cytosiner och uracilerna amplifieras som thyminer . DNA-sekvensering kan sedan användas för att klarlägga metyleringsstatusen för en region av intresse eller ett helt genom med en upplösning på en enskild nukleotid.
PCR-amplifiering av bisulfitbehandlat DNA kräver ett enzym som kan tolerera uracil-innehållande DNA och mål med hög AT-kvot (omvandling av omodifierade cytosiner till thyminer ökar mål-DNA:s AT-kvot). NEB:s EpiMark Taq DNA-polymeras har optimerats för framgångsrik amplifiering av bisulfitbehandlat DNA.