Secuenciación por bisulfito

La metilación del ADN es un mecanismo epigenético que desempeña un papel en la regulación de los genes de los mamíferos, la impresión genómica y la supresión de los elementos transponibles. Los patrones de metilación pueden caracterizarse interrogando a loci específicos o mediante perfiles de metilación de todo el genoma. El tratamiento con bisulfito se considera el método de referencia para determinar la metilación del ADN.
El bisulfito de sodio desamina las citosinas no modificadas a uracilo pero no afecta a las 5-metilcitosinas. El ADN tratado con bisulfito se amplifica entonces por PCR, durante la cual las 5-metilcitosinas se amplifican como citosinas y los uracilos se amplifican como timinas . La secuenciación del ADN puede utilizarse entonces para dilucidar el estado de metilación de una región de interés o de todo el genoma con una resolución de un solo nucleótido.
La amplificación por PCR del ADN tratado con bisulfito requiere una enzima capaz de tolerar el ADN que contiene uracilo y objetivos de alta AT (la conversión de citosinas no modificadas en timinas aumenta la proporción de AT del ADN objetivo). La EpiMark Taq ADN polimerasa de NEB ha sido optimizada para la amplificación exitosa de ADN tratado con bisulfito.