Bisulfite Sequencing

Metilarea ADN-ului este un mecanism epigenetic cunoscut ca având un rol în reglarea genelor mamiferelor, în imprimarea genomică și în suprimarea elementelor transpozabile. Modelele de metilare pot fi caracterizate prin interogarea unor loci specifici sau prin profilarea metilației la nivelul întregului genom. Tratamentul cu bisulfit este considerat metoda standard de aur pentru determinarea metilației ADN.
Bisulfitul de sodiu deaminează citozinele nemodificate în uracil, dar nu afectează 5-metilcitozinele. ADN-ul tratat cu bisulfit este apoi amplificat prin PCR, în timpul căruia 5-metilcitozinele sunt amplificate ca citozine, iar uracilii sunt amplificați ca timine . Secvențierea ADN poate fi apoi utilizată pentru a elucida starea de metilare a unei regiuni de interes sau a unui întreg genom la o rezoluție de un singur nucleotid.
Amplificarea prin RCP a ADN-ului tratat cu bisulfit necesită o enzimă capabilă să tolereze ADN-ul care conține uracili și ținte cu AT ridicat (conversia citozinilor nemodificate în timine crește raportul AT al ADN-ului țintă). ADN polimeraza EpiMark Taq ADN de la NEB a fost optimizată pentru amplificarea cu succes a ADN-ului tratat cu bisulfit.

.