Biszulfit szekvenálás

A DNS-metiláció egy olyan epigenetikai mechanizmus, amelyről ismert, hogy szerepet játszik az emlősök génszabályozásában, a genomiális imprintingben és a transzpozíciós elemek elnyomásában. A metilációs mintázatokat specifikus lókuszok lekérdezésével vagy az egész genomra kiterjedő metilációs profilalkotással lehet jellemezni. A DNS-metiláció meghatározásának arany standard módszerének a biszulfit-kezelést tekintik.
A nátrium-biszulfit a nem módosított citozinokat uracillá deaminálja, de az 5-metil-citozinokat nem érinti. A biszulfitkezelt DNS-t ezután PCR-rel amplifikálják, amelynek során az 5-metilcitozinok citozinokként, az uracilok pedig timinekként amplifikálódnak . A DNS-szekvenálás ezután felhasználható egy adott régió vagy a teljes genom metilációs állapotának egy nukleotid felbontású tisztázására.
A biszulfittal kezelt DNS PCR-amplifikációjához olyan enzimre van szükség, amely képes tolerálni az uraciltartalmú DNS-t és a magas AT-tartalmú célpontokat (a nem módosított citozinek timinekké történő átalakítása növeli a cél-DNS AT-arányát). A NEB EpiMark Taq DNS-polimeráza a biszulfitkezelt DNS sikeres amplifikációjára lett optimalizálva.