Articles /

Instalarea EDirect

Vă rugăm să rețineți: ca urmare a lansării noii versiuni a PubMed, rezultatele returnate de interogările E-utilities ale PubMed pot fi ușor diferite de cele returnate în versiunea web a PubMed. O nouă API PubMed este în curs de dezvoltare: mai multe informații vor fi anunțate atunci când vor fi disponibile.

Pentru a începe cu EDirect, aveți nevoie de trei lucruri:

  1. Un mediu de linie de comandă Unix…
  2. Cu limbajul de programare Perl instalat, astfel încât să puteți executa…
  3. Pachetul de instalare EDirect

După ce ați instalat EDirect, puteți:

  • Testați instalarea EDirect
  • Actualizați la cea mai nouă versiune a EDirect

Mediul liniei de comandă Unix

Unix este un sistem de operare simplu pentru emiterea de instrucțiuni către un calculator. Înainte de interfețele grafice cu utilizatorul, cum ar fi Microsoft Windows sau Mac OS X, orice utilizator care dorea să interacționeze cu un calculator trebuia să tasteze instrucțiunile într-o interfață de linie de comandă.

Deși acum avem alte modalități de a interacționa cu un calculator, utilizarea unei interfețe de linie de comandă (numită și „emulator de terminal” sau „terminal”) este încă o modalitate puternică și flexibilă de a spune unui calculator ce să facă. Dacă folosiți un computer Mac sau Linux, aveți deja un mediu de linie de comandă Unix gata de utilizare! Cu toate acestea, dacă folosiți un calculator Windows, este posibil să aveți nevoie să instalați un software pentru a emula acest mediu Unix.

Un mod în care puteți obține un terminal Unix în Windows este să instalați Cygwin. Acest software open-source vă permite să interacționați direct cu calculatorul dvs. prin tastarea de instrucțiuni într-o linie de comandă. Odată ce ați instalat EDirect, acest software va recunoaște, de asemenea, comenzile EDirect care vă permit să căutați, să descărcați și să reformatați PubMed și alte date NLM. Dacă alegeți să utilizați Cygwin, va trebui să vă asigurați că includeți limbajul de programare Perl în instalarea dumneavoastră (a se vedea mai jos).

Limbajul de programare Perl

Pentru a instala software-ul EDirect, va trebui să vă asigurați că limbajul de programare Perl este instalat pe sistemul dumneavoastră. Deși nu trebuie neapărat să cunoașteți Perl pentru a utiliza EDirect, procesul de instalare EDirect utilizează unele comenzi Perl.

Terminalul Mac și multe distribuții Linux vin cu Perl preinstalat. Dacă utilizați Windows, va trebui să vă asigurați că software-ul pe care îl utilizați pentru a emula mediul Unix are Perl instalat. Dacă utilizați Cygwin pentru a emula Unix, programul de instalare Cygwin vă va oferi o mare varietate de instrumente pe care le puteți instala cu Cygwin, inclusiv limbaje de programare precum Perl și Python, precum și multe utilități diferite.

Când instalați Cygwin, puteți alege ce limbaje și utilitare să instalați pe pagina „Select Packages” a programului de instalare. Pentru a vă asigura că aveți toate pachetele Perl necesare, asigurați-vă că „Category” este selectat în meniul derulant „View” din stânga sus, apoi găsiți categoria „Perl” în listă. Pentru a instala toate pachetele Perl, faceți clic pe pictograma cu cerc cu săgeți (chiar în dreapta cuvântului „Perl”) până când eticheta de lângă aceasta trece de la „Default” la „Install”. Dacă ați instalat anterior Cygwin fără pachetele necesare, puteți rula din nou programul de instalare pentru a adăuga pachete suplimentare la instalarea dumneavoastră.

Instalare EDirect

Pentru a instala EDirect, deschideți terminalul Unix și executați următoarele comenzi. (Cel mai simplu mod de a face acest lucru este să copiați întregul bloc și să-l lipiți direct în fereastra terminalului dvs.)

cd ~/bin/bashperl -MNet::FTP -e \ '$ftp = new Net::FTP("ftp.ncbi.nlm.nih.gov", Passive => 1); $ftp->login; $ftp->binary; $ftp->get("/entrez/entrezdirect/edirect.tar.gz");'gunzip -c edirect.tar.gz | tar xf -rm edirect.tar.gzbuiltin exitexport PATH=$PATH:$HOME/edirect >& /dev/null || setenv PATH "${PATH}:$HOME/edirect"./edirect/setup.sh

Aceasta instalează software-ul EDirect și îl pregătește pentru utilizare. În funcție de configurația sistemului dumneavoastră, este posibil să vedeți următorul mesaj:

In order to complete the configuration process, please execute the following:

urmat de o comandă care arată ceva de genul:

echo "export PATH=$PATH:$HOME/edirect" >> $HOME/.bash_profile

Dacă vedeți acest prompt, copiați comanda furnizată și lipiți-o în terminalul dumneavoastră.

După ce instalarea este completă, veți vedea următorul mesaj în fereastra terminalului dumneavoastră:

Entrez Direct has been successfully downloaded and installed.

Puteți confirma că EDirect este instalat corect folosind scriptul de testare de mai jos.

Testați instalarea EDirect

Pentru a confirma că EDirect este instalat și funcționează corect, puteți rula primul script EDirect! Doar tastați (sau copiați și lipiți) următorul cod în fereastra terminalului dvs. și apăsați Enter.

echo "***********************" > installconfirmecho "esearch version:" >> installconfirmesearch -version >> installconfirmecho "xtract version:" >> installconfirmxtract -version >> installconfirmecho "EDirect install status:" >> installconfirmesearch -db pubmed -query "Babalobi OO AND 2008" | \efetch -format xml | \xtract -pattern Author -if Affiliation -contains Medicine \-element Initials >> installconfirmecho "***********************" >> installconfirmcat installconfirmrm installconfirm

Rezultatul ar trebui să fie un mesaj similar cu următorul:

***********************esearch version:10.9xtract version:10.9EDirect install status:OK***********************

Dacă vedeți această ieșire, ați instalat EDirect cu succes!

Cu toate acestea, dacă versiunea dvs. esearch sau xtract este anterioară numărului indicat mai sus, este posibil să fie nevoie să actualizați la cea mai recentă versiune de EDirect. Dacă rezultatul dvs. nu seamănă cu exemplul de mai sus (de exemplu, versiunile esearch și xtract nu se potrivesc, primiți un „OO” suplimentar după „OK” etc.), sau primiți în schimb un mesaj de eroare, vă rugăm să ne contactați pentru asistență suplimentară.

Actualizarea EDirect

Din când în când, NCBI lansează noi versiuni ale software-ului EDirect, rezolvând probleme și încorporând noi caracteristici. Noile versiuni sunt anunțate în Notele de lansare din documentația EDirect a NCBI.

Pentru a vă actualiza instalarea EDirect la cea mai recentă versiune, puteți pur și simplu să reinstalați EDirect peste instalarea existentă, folosind același script pe care l-ați folosit pentru instalarea inițială. Consultați Instalarea EDirect de mai sus.

Leave a Reply