Articles /

Installation af EDirect

Bemærk venligst: efter udgivelsen af den nye version af PubMed kan de resultater, der returneres af E-utilities forespørgsler i PubMed, afvige en smule fra dem, der returneres i webversionen af PubMed. En ny PubMed API er i øjeblikket under udvikling: flere oplysninger vil blive meddelt, når de foreligger.

For at komme i gang med EDirect skal du bruge tre ting:

  1. Et Unix-kommandolinje-miljø…
  2. Med programmeringssproget Perl installeret, så du kan udføre…
  3. Den EDirect-installationspakke

Når du har installeret EDirect, kan du:

  • Test din EDirect-installation
  • opdatere til den nyeste version af EDirect

Unix-kommandolinjemiljø

Unix er et simpelt styresystem til at udstede instruktioner til en computer. Før grafiske brugergrænseflader som Microsoft Windows eller Mac OS X skulle enhver bruger, der ønskede at interagere med en computer, skrive sine instruktioner ind i en kommandolinjeinterface.

Selv om vi nu har andre måder at interagere med en computer på, er brugen af en kommandolinjeinterface (også kaldet en “terminalemulator” eller “terminal”) stadig en kraftfuld og fleksibel måde at fortælle en computer, hvad den skal gøre. Hvis du bruger en Mac- eller Linux-computer, har du allerede et Unix-kommandolinjemiljø klar til brug! Men hvis du bruger en Windows-computer, skal du muligvis installere software for at emulere dette Unix-miljø.

En måde, hvorpå du kan få en Unix-terminal i Windows, er ved at installere Cygwin. Med denne open source-software kan du interagere direkte med din computer ved at skrive instruktioner ind på en kommandolinje. Når du har installeret EDirect, vil denne software også genkende EDirect-kommandoer, som giver dig mulighed for at søge, downloade og omformatere PubMed og andre NLM-data. Hvis du vælger at bruge Cygwin, skal du sørge for at inkludere programmeringssproget Perl i din installation (se nedenfor).

Perl-programmeringssprog

For at kunne installere EDirect-softwaren skal du sørge for, at programmeringssproget Perl er installeret på dit system. Selv om du ikke nødvendigvis behøver at kende Perl for at kunne bruge EDirect, bruger EDirect-installationsprocessen nogle Perl-kommandoer.

Mac Terminal og mange Linux-distributioner leveres med Perl præinstalleret. Hvis du bruger Windows, skal du sørge for, at den software, du bruger til at emulere Unix-miljøet, har Perl installeret. Hvis du bruger Cygwin til at emulere Unix, vil Cygwin-installationsprogrammet tilbyde dig et stort udvalg af værktøjer, som du kan installere med Cygwin, herunder programmeringssprog som Perl og Python og mange forskellige hjælpeprogrammer.

Når du installerer Cygwin, kan du vælge, hvilke sprog og hjælpeprogrammer du vil installere på siden “Vælg pakker” i installationsprogrammet. Hvis du vil sikre dig, at du har alle de nødvendige Perl-pakker, skal du sørge for, at “Category” er valgt i rullemenuen “View” øverst til venstre, og derefter finde kategorien “Perl” på listen. For at installere alle Perl-pakker skal du klikke på ikonet med cirklen med pilene (lige til højre for ordet “Perl”), indtil etiketten ved siden af skifter fra “Default” til “Install”. Hvis du tidligere har installeret Cygwin uden de nødvendige pakker, kan du køre installationsprogrammet igen for at tilføje yderligere pakker til din installation.

EDirect-installation

For at installere EDirect skal du åbne din Unix-terminal og udføre følgende kommandoer. (Den nemmeste måde at gøre dette på er at kopiere hele blokken og indsætte den direkte i dit terminalvindue.)

cd ~/bin/bashperl -MNet::FTP -e \ '$ftp = new Net::FTP("ftp.ncbi.nlm.nih.gov", Passive => 1); $ftp->login; $ftp->binary; $ftp->get("/entrez/entrezdirect/edirect.tar.gz");'gunzip -c edirect.tar.gz | tar xf -rm edirect.tar.gzbuiltin exitexport PATH=$PATH:$HOME/edirect >& /dev/null || setenv PATH "${PATH}:$HOME/edirect"./edirect/setup.sh

Dette installerer EDirect-softwaren og gør den klar til brug. Afhængigt af dit systems konfiguration kan du se følgende meddelelse:

In order to complete the configuration process, please execute the following:

efterfulgt af en kommando, der ser nogenlunde sådan ud:

echo "export PATH=$PATH:$HOME/edirect" >> $HOME/.bash_profile

Hvis du ser denne prompt, skal du kopiere den angivne kommando og indsætte den i din terminal.

Når installationen er færdig, vil du se følgende meddelelse i dit terminalvindue:

Entrez Direct has been successfully downloaded and installed.

Du kan bekræfte, at EDirect er installeret korrekt, ved at bruge test-scriptet nedenfor:

Test din EDirect-installation

For at bekræfte, at EDirect er installeret og fungerer korrekt, kan du køre dit første EDirect-script! Du skal blot skrive (eller kopiere og indsætte) følgende kode i dit terminalvindue og trykke på Enter.

echo "***********************" > installconfirmecho "esearch version:" >> installconfirmesearch -version >> installconfirmecho "xtract version:" >> installconfirmxtract -version >> installconfirmecho "EDirect install status:" >> installconfirmesearch -db pubmed -query "Babalobi OO AND 2008" | \efetch -format xml | \xtract -pattern Author -if Affiliation -contains Medicine \-element Initials >> installconfirmecho "***********************" >> installconfirmcat installconfirmrm installconfirm

Resultatet bør være en meddelelse, der ligner følgende:

***********************esearch version:10.9xtract version:10.9EDirect install status:OK***********************

Hvis du ser dette output, har du installeret EDirect med succes!

Hvis din esearch- eller xtract-version imidlertid er tidligere end det ovenfor anførte nummer, skal du muligvis opdatere til den nyeste version af EDirect. Hvis dit output ikke ligner ovenstående eksempel (f.eks. hvis dine esearch- og xtract-versioner ikke passer sammen, hvis du får et ekstra “OO” efter “OK” osv.), eller hvis du i stedet får en fejlmeddelelse, bedes du kontakte os for at få yderligere hjælp.

Opdatering af EDirect

Fra tid til anden udgiver NCBI nye versioner af EDirect-softwaren, som retter problemer og indarbejder nye funktioner. Nye udgivelser annonceres i udgivelsesbemærkningerne i NCBI’s EDirect-dokumentation.

For at opdatere din EDirect-installation til den nyeste version kan du blot geninstallere EDirect over din eksisterende installation ved hjælp af det samme script, som du brugte til den oprindelige installation. Se EDirect-installation ovenfor.

Leave a Reply