Installing EDirect

Please note: após o lançamento da nova versão do PubMed, os resultados retornados por E-utilities queries do PubMed podem diferir ligeiramente daqueles retornados na versão web do PubMed. Uma nova API do PubMed está atualmente em desenvolvimento: mais informações serão anunciadas quando disponíveis.

Para começar com EDirect, você precisa de três coisas:

1. Um ambiente de linha de comando Unix…
2. Com a linguagem de programação Perl instalada, assim você pode executar…
3. O pacote de instalação EDirect

Após ter instalado EDirect, você pode:

• Testar a sua instalação EDirect
• Atualizar a versão mais recente do EDirect

Ambiente de linha de comando do Unix

Unix é um sistema operativo simples para emitir instruções para um computador. Antes de interfaces gráficas de usuário como Microsoft Windows ou Mac OS X, qualquer usuário que quisesse interagir com um computador teria que digitar suas instruções em uma interface de linha de comando.

Embora agora tenhamos outras formas de interagir com um computador, usar uma interface de linha de comando (também chamada de “emulador de terminal” ou “terminal”) ainda é uma forma poderosa e flexível de dizer a um computador o que fazer. Se você está usando um computador Mac ou Linux, você já tem um ambiente de linha de comando Unix pronto para usar! No entanto, se você estiver usando um computador Windows, você pode precisar instalar software para emular este ambiente Unix.

Uma maneira de obter um terminal Unix no Windows é instalar o Cygwin. Este software de código aberto permite-lhe interagir directamente com o seu computador, digitando as instruções numa linha de comando. Uma vez instalado o EDirect, este software também reconhecerá comandos EDirect que lhe permitem pesquisar, descarregar e reformatar o PubMed e outros dados NLM. Se você escolher usar o Cygwin, você precisará ter certeza de incluir a linguagem de programação Perl na sua instalação (veja abaixo).

Linguagem de programação Perl

Para instalar o software EDirect, você precisará ter certeza de que a linguagem de programação Perl está instalada no seu sistema. Enquanto você não precisa necessariamente conhecer Perl para usar EDirect, o processo de instalação do EDirect usa alguns comandos Perl.

O Terminal Mac e muitas distribuições Linux vêm com o Perl pré-instalado. Se você estiver usando Windows, você precisará ter certeza que o software que você está usando para emular o ambiente Unix tem o Perl instalado. Se você estiver usando Cygwin para emular Unix, o instalador Cygwin lhe oferecerá uma grande variedade de ferramentas que você pode instalar com o Cygwin, incluindo linguagens de programação como Perl e Python, e muitos utilitários diferentes.

Quando você instalar o Cygwin, você pode escolher quais linguagens e utilitários instalar na página “Select Packages” do instalador. Para ter certeza que você tem todos os pacotes Perl necessários, certifique-se que “Category” está selecionado no menu suspenso “View” no canto superior esquerdo, então encontre a categoria “Perl” na lista. Para instalar todos os pacotes Perl, clique no ícone circle-with-arrows (à direita da palavra “Perl”) até que a etiqueta ao lado dela mude de “Default” para “Install”. Se você instalou anteriormente o Cygwin sem os pacotes necessários, você pode executar novamente o instalador para adicionar pacotes adicionais à sua instalação.

EDirect installation

Para instalar o EDirect, abra o seu terminal Unix e execute os seguintes comandos. (A maneira mais fácil de fazer isso é copiar o bloco inteiro e colá-lo diretamente na janela do seu terminal.)

cd ~/bin/bashperl -MNet::FTP -e \ '$ftp = new Net::FTP("ftp.ncbi.nlm.nih.gov", Passive => 1); $ftp->login; $ftp->binary; $ftp->get("/entrez/entrezdirect/edirect.tar.gz");'gunzip -c edirect.tar.gz | tar xf -rm edirect.tar.gzbuiltin exitexport PATH=$PATH:$HOME/edirect >& /dev/null || setenv PATH "${PATH}:$HOME/edirect"./edirect/setup.sh

Instala o software EDirect e o deixa pronto para ser usado. Dependendo da configuração do seu sistema, você pode ver a seguinte mensagem:

In order to complete the configuration process, please execute the following:

seguida de um comando que se parece com:

echo "export PATH=$PATH:$HOME/edirect" >> $HOME/.bash_profile

Se você vir este prompt, copie o comando fornecido e cole-o no seu terminal.

Após a instalação estar completa, você verá a seguinte mensagem na janela do seu terminal:

Entrez Direct has been successfully downloaded and installed.

Você pode confirmar que EDirect está instalado corretamente usando o script de teste abaixo.

Teste a sua instalação EDirect

Para confirmar que EDirect está instalado e funcionando corretamente, você pode executar o seu primeiro script EDirect! Basta digitar (ou copiar e colar) o seguinte código na janela do seu terminal e pressionar Enter.

echo "***********************" > installconfirmecho "esearch version:" >> installconfirmesearch -version >> installconfirmecho "xtract version:" >> installconfirmxtract -version >> installconfirmecho "EDirect install status:" >> installconfirmesearch -db pubmed -query "Babalobi OO AND 2008" | \efetch -format xml | \xtract -pattern Author -if Affiliation -contains Medicine \-element Initials >> installconfirmecho "***********************" >> installconfirmcat installconfirmrm installconfirm

O resultado deve ser uma mensagem semelhante à seguinte:

***********************esearch version:10.9xtract version:10.9EDirect install status:OK***********************

Se você vir esta saída, você instalou o EDirect com sucesso!

No entanto, se a sua versão esearch ou xtract for anterior ao número indicado acima, poderá ter de actualizar para a versão mais recente do EDirect. Se a sua saída não se assemelhar à amostra acima (por exemplo, as suas versões esearch e xtract não coincidem, obtém um “OO” adicional seguindo o “OK”, etc.), ou recebe uma mensagem de erro em vez disso, contacte-nos para mais assistência.

Updating EDirect

De tempos a tempos, a NCBI lança novas versões do software EDirect, corrigindo problemas e incorporando novas funcionalidades. Novos lançamentos são anunciados nas Notas de Lançamento da documentação EDirect da NCBI.

Para actualizar a sua instalação EDirect para a versão mais recente, pode simplesmente reinstalar o EDirect sobre a sua instalação existente, utilizando o mesmo script que utilizou para a instalação inicial. Veja a instalação do EDirect acima.