Instalación de EDirect

Por favor, tenga en cuenta: tras el lanzamiento de la nueva versión de PubMed, los resultados devueltos por las consultas de E-utilities de PubMed pueden diferir ligeramente de los devueltos en la versión web de PubMed. Actualmente se está desarrollando una nueva API de PubMed: se anunciará más información cuando esté disponible.

Para empezar con EDirect, necesita tres cosas:

1. Un entorno de línea de comandos Unix…
2. Con el lenguaje de programación Perl instalado, para poder ejecutar…
3. El paquete de instalación de EDirect

Una vez que haya instalado EDirect, podrá:

• Probar su instalación de EDirect
• Actualizar a la versión más reciente de EDirect

Entorno de línea de comandos Unix

Unix es un sistema operativo sencillo para emitir instrucciones a un ordenador. Antes de las interfaces gráficas de usuario como Microsoft Windows o Mac OS X, cualquier usuario que quisiera interactuar con un ordenador tenía que escribir sus instrucciones en una interfaz de línea de comandos.

Aunque ahora tenemos otras formas de interactuar con un ordenador, utilizar una interfaz de línea de comandos (también llamada «emulador de terminal» o «terminal») sigue siendo una forma potente y flexible de decirle a un ordenador lo que tiene que hacer. Si utilizas un ordenador Mac o Linux, ya tienes un entorno de línea de comandos Unix listo para funcionar. Sin embargo, si está utilizando un ordenador con Windows, es posible que tenga que instalar un software para emular este entorno Unix.

Una forma de conseguir un terminal Unix en Windows es instalar Cygwin. Este software de código abierto le permite interactuar directamente con su ordenador escribiendo instrucciones en una línea de comandos. Una vez que haya instalado EDirect, este software también reconocerá los comandos de EDirect que le permiten buscar, descargar y reformatear PubMed y otros datos de la NLM. Si decide utilizar Cygwin, tendrá que asegurarse de incluir el lenguaje de programación Perl en su instalación (véase más abajo).

Lenguaje de programación Perl

Para instalar el software EDirect, tendrá que asegurarse de que el lenguaje de programación Perl está instalado en su sistema. Aunque no es necesario conocer Perl para utilizar EDirect, el proceso de instalación de EDirect utiliza algunos comandos de Perl.

El terminal de Mac y muchas distribuciones de Linux vienen con Perl preinstalado. Si está utilizando Windows, tendrá que asegurarse de que el software que está utilizando para emular el entorno Unix tiene Perl instalado. Si estás usando Cygwin para emular Unix, el instalador de Cygwin te ofrecerá una gran variedad de herramientas que puedes instalar con Cygwin, incluyendo lenguajes de programación como Perl y Python, y muchas utilidades diferentes.

Cuando instalas Cygwin, puedes elegir qué lenguajes y utilidades instalar en la página «Select Packages» del instalador. Para asegurarse de que tiene todos los paquetes Perl necesarios, asegúrese de que está seleccionada la «Categoría» en el menú desplegable «Ver» de la parte superior izquierda, y luego busque la categoría «Perl» en la lista. Para instalar todos los paquetes de Perl, haga clic en el icono del círculo con flechas (justo a la derecha de la palabra «Perl») hasta que la etiqueta junto a él cambie de «Default» a «Install». Si ha instalado previamente Cygwin sin los paquetes necesarios, puede volver a ejecutar el instalador para añadir paquetes adicionales a su instalación.

Instalación de EDirect

Para instalar EDirect, abra su terminal Unix y ejecute los siguientes comandos. (La forma más fácil de hacerlo es copiar todo el bloque y pegarlo directamente en la ventana de su terminal.)

cd ~/bin/bashperl -MNet::FTP -e \ '$ftp = new Net::FTP("ftp.ncbi.nlm.nih.gov", Passive => 1); $ftp->login; $ftp->binary; $ftp->get("/entrez/entrezdirect/edirect.tar.gz");'gunzip -c edirect.tar.gz | tar xf -rm edirect.tar.gzbuiltin exitexport PATH=$PATH:$HOME/edirect >& /dev/null || setenv PATH "${PATH}:$HOME/edirect"./edirect/setup.sh

Esto instala el software EDirect y lo prepara para su uso. Dependiendo de la configuración de su sistema, es posible que vea el siguiente mensaje:

In order to complete the configuration process, please execute the following:

seguido de un comando parecido a:

echo "export PATH=$PATH:$HOME/edirect" >> $HOME/.bash_profile

Si ve este mensaje, copie el comando proporcionado y péguelo en su terminal.

Una vez completada la instalación, verá el siguiente mensaje en su ventana de terminal:

Entrez Direct has been successfully downloaded and installed.

Puede confirmar que EDirect está instalado correctamente utilizando el script de prueba que aparece a continuación.

Pruebe su instalación de EDirect

Para confirmar que EDirect está instalado y funciona correctamente, ¡puede ejecutar su primer script de EDirect! Simplemente escriba (o copie y pegue) el siguiente código en su ventana de terminal, y presione Enter.

echo "***********************" > installconfirmecho "esearch version:" >> installconfirmesearch -version >> installconfirmecho "xtract version:" >> installconfirmxtract -version >> installconfirmecho "EDirect install status:" >> installconfirmesearch -db pubmed -query "Babalobi OO AND 2008" | \efetch -format xml | \xtract -pattern Author -if Affiliation -contains Medicine \-element Initials >> installconfirmecho "***********************" >> installconfirmcat installconfirmrm installconfirm

El resultado debería ser un mensaje similar al siguiente:

***********************esearch version:10.9xtract version:10.9EDirect install status:OK***********************

Si ve esta salida, ¡ha instalado EDirect con éxito!

Sin embargo, si su versión de esearch o xtract es anterior al número indicado anteriormente, es posible que tenga que actualizar a la última versión de EDirect. Si su resultado no se asemeja al ejemplo anterior (por ejemplo, las versiones de esearch y xtract no coinciden, aparece un «OO» adicional después de «OK», etc.), o en su lugar aparece un mensaje de error, póngase en contacto con nosotros para obtener más ayuda.

Actualización de EDirect

De vez en cuando, el NCBI publica nuevas versiones del software EDirect, corrigiendo problemas e incorporando nuevas funciones. Las nuevas versiones se anuncian en las Notas de la versión de la documentación de EDirect del NCBI.

Para actualizar su instalación de EDirect a la última versión, puede simplemente reinstalar EDirect sobre su instalación existente, utilizando el mismo script que utilizó para la instalación inicial. Ver Instalación de EDirect más arriba.