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Installazione di EDirect

Si prega di notare: in seguito al rilascio della nuova versione di PubMed, i risultati restituiti dalle query E-utilities di PubMed possono differire leggermente da quelli restituiti nella versione web di PubMed. Una nuova API di PubMed è attualmente in fase di sviluppo: maggiori informazioni saranno annunciate quando disponibili.

Per iniziare con EDirect, hai bisogno di tre cose:

  1. Un ambiente Unix a riga di comando…
  2. Con il linguaggio di programmazione Perl installato, così puoi eseguire…
  3. Il pacchetto di installazione di EDirect

Una volta installato EDirect, puoi:

  • Testare la tua installazione di EDirect
  • Aggiornare alla versione più recente di EDirect

L’ambiente di comando Unix

Unix è un semplice sistema operativo per impartire istruzioni ad un computer. Prima delle interfacce grafiche come Microsoft Windows o Mac OS X, ogni utente che voleva interagire con un computer doveva digitare le sue istruzioni in un’interfaccia a riga di comando.

Anche se ora abbiamo altri modi di interagire con un computer, usare un’interfaccia a riga di comando (chiamata anche “emulatore di terminale” o “terminale”) è ancora un modo potente e flessibile di dire a un computer cosa fare. Se stai usando un computer Mac o Linux, hai già un ambiente Unix a riga di comando pronto a partire! Tuttavia, se stai usando un computer Windows, potresti aver bisogno di installare un software per emulare questo ambiente Unix.

Un modo per ottenere un terminale Unix in Windows è installare Cygwin. Questo software open-source vi permette di interagire direttamente con il vostro computer digitando istruzioni in una linea di comando. Una volta che hai installato EDirect, questo software riconoscerà anche i comandi EDirect che ti permettono di cercare, scaricare e riformattare PubMed e altri dati NLM. Se scegli di usare Cygwin, dovrai assicurarti di includere il linguaggio di programmazione Perl nella tua installazione (vedi sotto).

Linguaggio di programmazione Perl

Per installare il software EDirect, dovrai assicurarti che il linguaggio di programmazione Perl sia installato sul tuo sistema. Mentre non devi necessariamente conoscere Perl per usare EDirect, il processo di installazione di EDirect usa alcuni comandi Perl.

Il terminale Mac e molte distribuzioni Linux hanno Perl preinstallato. Se stai usando Windows, dovrai assicurarti che il software che stai usando per emulare l’ambiente Unix abbia Perl installato. Se state usando Cygwin per emulare Unix, il programma di installazione di Cygwin vi offrirà una grande varietà di strumenti che potete installare con Cygwin, inclusi linguaggi di programmazione come Perl e Python, e molte diverse utilità.

Quando installi Cygwin, puoi scegliere quali linguaggi e utilità installare nella pagina “Select Packages” del programma di installazione. Per assicurarti di avere tutti i pacchetti Perl necessari, assicurati che “Category” sia selezionato nel menu a tendina “View” in alto a sinistra, quindi trova la categoria “Perl” nella lista. Per installare tutti i pacchetti Perl, clicca sull’icona a forma di cerchio con le frecce (proprio a destra della parola “Perl”) finché l’etichetta accanto non passa da “Default” a “Install”. Se in precedenza hai installato Cygwin senza i pacchetti richiesti, puoi eseguire nuovamente il programma di installazione per aggiungere ulteriori pacchetti alla tua installazione.

Installazione di EDirect

Per installare EDirect, apri il tuo terminale Unix ed esegui i seguenti comandi. (Il modo più semplice per farlo è copiare l’intero blocco e incollarlo direttamente nella finestra del tuo terminale.)

cd ~/bin/bashperl -MNet::FTP -e \ '$ftp = new Net::FTP("ftp.ncbi.nlm.nih.gov", Passive => 1); $ftp->login; $ftp->binary; $ftp->get("/entrez/entrezdirect/edirect.tar.gz");'gunzip -c edirect.tar.gz | tar xf -rm edirect.tar.gzbuiltin exitexport PATH=$PATH:$HOME/edirect >& /dev/null || setenv PATH "${PATH}:$HOME/edirect"./edirect/setup.sh

Questo installa il software EDirect e lo rende pronto all’uso. A seconda della configurazione del tuo sistema, potresti vedere il seguente messaggio:

In order to complete the configuration process, please execute the following:

seguito da un comando che assomiglia a:

echo "export PATH=$PATH:$HOME/edirect" >> $HOME/.bash_profile

Se vedi questo prompt, copia il comando fornito e incollalo nel tuo terminale.

Una volta che l’installazione è completa, vedrai il seguente messaggio nella finestra del tuo terminale:

Entrez Direct has been successfully downloaded and installed.

Puoi confermare che EDirect è installato correttamente usando lo script di test qui sotto.

Test della tua installazione EDirect

Per confermare che EDirect è installato e funziona correttamente, puoi eseguire il tuo primo script EDirect! Basta digitare (o copiare e incollare) il seguente codice nella tua finestra di terminale, e premere Invio.

echo "***********************" > installconfirmecho "esearch version:" >> installconfirmesearch -version >> installconfirmecho "xtract version:" >> installconfirmxtract -version >> installconfirmecho "EDirect install status:" >> installconfirmesearch -db pubmed -query "Babalobi OO AND 2008" | \efetch -format xml | \xtract -pattern Author -if Affiliation -contains Medicine \-element Initials >> installconfirmecho "***********************" >> installconfirmcat installconfirmrm installconfirm

Il risultato dovrebbe essere un messaggio simile al seguente:

***********************esearch version:10.9xtract version:10.9EDirect install status:OK***********************

Se vedi questo output, hai installato EDirect con successo!

Tuttavia, se la vostra versione di esearch o xtract è precedente al numero indicato sopra, potreste aver bisogno di aggiornare all’ultima versione di EDirect. Se il vostro output non assomiglia all’esempio di cui sopra (ad esempio le vostre versioni di esearch e xtract non corrispondono, ottenete un ulteriore “OO” dopo l'”OK”, ecc.), o ottenete invece un messaggio di errore, contattateci per ulteriore assistenza.

Aggiornamento di EDirect

Di tanto in tanto, NCBI rilascia nuove versioni del software EDirect, risolvendo problemi e incorporando nuove funzionalità. Le nuove versioni sono annunciate nelle Note di rilascio della documentazione EDirect dell’NCBI.

Per aggiornare la tua installazione di EDirect all’ultima versione, puoi semplicemente reinstallare EDirect sopra la tua installazione esistente, usando lo stesso script che hai usato per l’installazione iniziale. Vedi Installazione di EDirect sopra.

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