Sekwencjonowanie bisulfitowe

Metylacja DNA jest mechanizmem epigenetycznym, o którym wiadomo, że odgrywa rolę w regulacji genów u ssaków, imprintingu genomowym i supresji elementów transpozycyjnych. Wzorce metylacji mogą być scharakteryzowane poprzez badanie specyficznych loci lub poprzez profilowanie metylacji w całym genomie. Bisulfit jest uważany za złoty standard w określaniu metylacji DNA.
Bisulfit sodu deaminuje niemodyfikowane cytozyny do uracylu, ale nie wpływa na 5-metylocytozyny. DNA poddane działaniu bisulfitu jest następnie amplifikowane metodą PCR, podczas której 5-metylocytozyny są amplifikowane jako cytozyny, a uracyle są amplifikowane jako tyminy. Sekwencjonowanie DNA może być następnie wykorzystane do wyjaśnienia statusu metylacji regionu zainteresowania lub całego genomu z rozdzielczością pojedynczego nukleotydu.
PCR amplifikacja DNA poddanego działaniu bisulfitu wymaga enzymu zdolnego do tolerowania DNA zawierającego uracyl i celów o wysokim AT (konwersja niemodyfikowanych cytozyn do tymin zwiększa stosunek AT docelowego DNA). Polimeraza DNA EpiMark Taq firmy NEB została zoptymalizowana do skutecznej amplifikacji DNA poddanego działaniu bisulfitu.