Bisulfite Sequencing

DNAメチル化は、哺乳類の遺伝子制御、ゲノムインプリンティング、トランスポゾンの抑制において役割を果たすことが知られているエピジェネティックなメカニズムである。 メチル化パターンは、特定の遺伝子座を調査することによって、あるいはゲノム全体のメチル化プロファイリングによって特徴付けることができる。 重亜硫酸塩処理は、DNAメチル化測定の標準的な方法と考えられています。
重亜硫酸ナトリウムは、非修飾シトシンをウラシルに脱アミノ化しますが、5-メチルシトシンに影響を与えません。 重亜硫酸塩処理したDNAをPCRで増幅すると、5-メチルシトシンはシトシンとして、ウラシルはチミンとして増幅される。 その後、DNA配列を決定することにより、目的の領域やゲノム全体のメチル化状態を1塩基単位で解明することができる。
バイサルファイト処理されたDNAのPCR増幅には、ウラシル含有DNAと高ATターゲット（未修飾シトシンをチミンに変換するとターゲットDNAのAT比が増加する）を許容できる酵素が必要である。 NEBのEpiMark Taq DNA polymeraseは、バイサルファイト処理DNAの増幅に成功するように最適化されている

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