Bisulfite Sequencing

La metilazione del DNA è un meccanismo epigenetico noto per avere un ruolo nella regolazione genica dei mammiferi, nell’imprinting genomico e nella soppressione degli elementi trasponibili. I modelli di metilazione possono essere caratterizzati interrogando loci specifici o attraverso un profilo di metilazione a livello genomico. Il trattamento con bisolfito è considerato il metodo gold standard per determinare la metilazione del DNA.
Il bisolfito di sodio deamina le citosine non modificate in uracile ma non influisce sulle 5-metilcitosine. Il DNA trattato con bisolfito viene poi amplificato tramite PCR, durante la quale le 5-metilcitosine vengono amplificate come citosine e gli uracili vengono amplificati come timine. Il sequenziamento del DNA può quindi essere utilizzato per chiarire lo stato di metilazione di una regione di interesse o di un intero genoma alla risoluzione del singolo nucleotide.
L’amplificazione PCR del DNA trattato con bisolfito richiede un enzima in grado di tollerare il DNA contenente uracelle e target ad alta AT (la conversione delle citosine non modificate in timine aumenta il rapporto AT del DNA target). La DNA polimerasi EpiMark Taq della NEB è stata ottimizzata per amplificare con successo il DNA trattato con bisolfito.