Séquençage au bisulfite

La méthylation de l’ADN est un mécanisme épigénétique connu pour jouer un rôle dans la régulation des gènes des mammifères, l’empreinte génomique et la suppression des éléments transposables. Les modèles de méthylation peuvent être caractérisés en interrogeant des loci spécifiques ou par le profilage de méthylation à l’échelle du génome. Le traitement au bisulfite est considéré comme la méthode de référence pour déterminer la méthylation de l’ADN.
Le bisulfite de sodium désamine les cytosines non modifiées en uracile mais n’affecte pas les 5-méthylcytosines. L’ADN traité au bisulfite est ensuite amplifié par PCR, au cours de laquelle les 5-méthylcytosines sont amplifiées sous forme de cytosines et les uraciles sont amplifiées sous forme de thymines . Le séquençage de l’ADN peut ensuite être utilisé pour élucider le statut de méthylation d’une région d’intérêt ou d’un génome entier à une résolution mononucléotidique.
L’amplification par PCR d’ADN traité au bisulfite nécessite une enzyme capable de tolérer les ADN contenant de l’uracile et les cibles à AT élevé (la conversion des cytosines non modifiées en thymines augmente le rapport AT de l’ADN cible). L’ADN polymérase EpiMark Taq de NEB a été optimisée pour une amplification réussie de l’ADN traité au bisulfite.