Installing EDirect

Huomaa: PubMedin uuden version julkaisun jälkeen PubMedin E-utilities-kyselyjen palauttamat tulokset saattavat poiketa hieman PubMedin verkkoversion palauttamista tuloksista. Uusi PubMed API on parhaillaan kehitteillä: lisätietoja ilmoitetaan, kun ne ovat saatavilla.

Aloittaaksesi EDirectin käytön tarvitset kolme asiaa:

1. Unix-komentoriviympäristön…
2. Asennettuna Perl-ohjelmointikieli, jotta voit suorittaa…
3. Edirectin asennuspaketin

Kun olet asentanut EDirectin, voit:

• Testata EDirectin asennusta
• Päivittää EDirectin uusimpaan versioon

Unix-komentoriviympäristö

Unix on yksinkertainen käyttöjärjestelmä, jolla voidaan antaa ohjeita tietokoneelle. Ennen Microsoft Windowsin tai Mac OS X:n kaltaisia graafisia käyttöliittymiä jokaisen käyttäjän, joka halusi olla vuorovaikutuksessa tietokoneen kanssa, täytyi kirjoittaa käskynsä komentorivikäyttöliittymään.

Vaikka meillä on nykyään muitakin tapoja olla vuorovaikutuksessa tietokoneen kanssa, komentorivikäyttöliittymän (jota kutsutaan myös terminaali-emulaattoriksi tai päätelaitteeksi) käyttäminen on edelleen tehokas ja joustava tapa käskeä tietokoneelle, mitä tehdä. Jos käytät Mac- tai Linux-tietokonetta, sinulla on jo Unix-komentoriviympäristö valmiina! Jos kuitenkin käytät Windows-tietokonetta, saatat joutua asentamaan ohjelmiston emuloidaksesi tätä Unix-ympäristöä.

Yksi tapa saada Unix-pääte Windowsissa on asentaa Cygwin. Tämän avoimen lähdekoodin ohjelmiston avulla voit olla suoraan vuorovaikutuksessa tietokoneen kanssa kirjoittamalla ohjeita komentoriville. Kun olet asentanut EDirectin, tämä ohjelmisto tunnistaa myös EDirect-komennot, joiden avulla voit etsiä, ladata ja muotoilla uudelleen PubMed- ja muita NLM-tietoja. Jos päätät käyttää Cygwiniä, sinun on varmistettava, että asennukseen sisältyy Perl-ohjelmointikieli (ks. alla).

Perl-ohjelmointikieli

Voidaksesi asentaa EDirect-ohjelmiston sinun on varmistettava, että Perl-ohjelmointikieli on asennettu järjestelmääsi. Vaikka sinun ei välttämättä tarvitse osata Perl-ohjelmointikieltä voidaksesi käyttää EDirectiä, EDirectin asennusprosessi käyttää joitakin Perl-komentoja.

Mac Terminalissa ja monissa Linux-jakeluissa Perl on esiasennettuna. Jos käytät Windowsia, sinun on varmistettava, että Unix-ympäristön emulointiin käyttämässäsi ohjelmistossa on Perl asennettuna. Jos käytät Cygwiniä Unixin emulointiin, Cygwinin asennusohjelma tarjoaa sinulle laajan valikoiman työkaluja, joita voit asentaa Cygwinin kanssa, mukaan lukien ohjelmointikieliä, kuten Perl ja Python, sekä monia erilaisia apuohjelmia.

Kun asennat Cygwinin, voit valita asennettavat kielet ja apuohjelmat asennusohjelman ”Select Packages” -sivulla. Varmistaaksesi, että sinulla on kaikki tarvittavat Perl-paketit, varmista, että ”Kategoria” on valittuna vasemmassa yläkulmassa olevasta ”Näkymä”-pudotusvalikosta ja etsi sitten ”Perl”-luokka luettelosta. Jos haluat asentaa kaikki Perl-paketit, napsauta ympyrän ja nuolien muodostamaa kuvaketta (aivan sanan ”Perl” oikealla puolella), kunnes sen vieressä oleva merkintä vaihtuu ”Default” (oletusasetus) ja ”Install” (asenna) välillä. Jos olet aiemmin asentanut Cygwinin ilman tarvittavia paketteja, voit suorittaa asennusohjelman uudelleen lisätäksesi lisäpaketteja asennukseesi.

EDirectin asennus

Asenna EDirect, avaa Unix-pääte ja suorita seuraavat komennot. (Helpoin tapa tehdä tämä on kopioida koko lohko ja liittää se suoraan terminaali-ikkunaan.)

cd ~/bin/bashperl -MNet::FTP -e \ '$ftp = new Net::FTP("ftp.ncbi.nlm.nih.gov", Passive => 1); $ftp->login; $ftp->binary; $ftp->get("/entrez/entrezdirect/edirect.tar.gz");'gunzip -c edirect.tar.gz | tar xf -rm edirect.tar.gzbuiltin exitexport PATH=$PATH:$HOME/edirect >& /dev/null || setenv PATH "${PATH}:$HOME/edirect"./edirect/setup.sh

Tämä asentaa EDirect-ohjelmiston ja saa sen käyttövalmiiksi. Järjestelmäsi kokoonpanosta riippuen saatat nähdä seuraavan viestin:

In order to complete the configuration process, please execute the following:

seuraavana komento, joka näyttää jotakuinkin seuraavalta:

echo "export PATH=$PATH:$HOME/edirect" >> $HOME/.bash_profile

Jos näet tämän kehotteen, kopioi annettu komento ja liitä se terminaaliin.

Kun asennus on valmis, näet terminaali-ikkunassa seuraavan viestin:

Entrez Direct has been successfully downloaded and installed.

Voit varmistaa, että EDirect on asennettu oikein, käyttämällä alla olevaa testausskriptiä.

Testaa EDirectin asennusta

Vahvistaaksesi, että EDirect on asennettu ja että se toimii kunnolla, voit ajaa ensimmäisen EDirect-skriptisi! Kirjoita (tai kopioi ja liitä) seuraava koodi terminaali-ikkunaan ja paina Enter-näppäintä.

echo "***********************" > installconfirmecho "esearch version:" >> installconfirmesearch -version >> installconfirmecho "xtract version:" >> installconfirmxtract -version >> installconfirmecho "EDirect install status:" >> installconfirmesearch -db pubmed -query "Babalobi OO AND 2008" | \efetch -format xml | \xtract -pattern Author -if Affiliation -contains Medicine \-element Initials >> installconfirmecho "***********************" >> installconfirmcat installconfirmrm installconfirm

Tuloksena pitäisi olla seuraavan kaltainen viesti:

***********************esearch version:10.9xtract version:10.9EDirect install status:OK***********************

Jos näet tämän tulosteen, olet asentanut EDirectin onnistuneesti!

Jos esearch- tai xtract-versiosi on kuitenkin aikaisempi kuin edellä mainittu numero, sinun on ehkä päivitettävä EDirectin uusimpaan versioon. Jos tulosteesi ei muistuta yllä olevaa esimerkkiä (esim. esearch- ja xtract-versiot eivät täsmää, ”OK”-merkin jälkeen tulee ylimääräinen ”OO” jne.) tai saat sen sijaan virheilmoituksen, ota meihin yhteyttä saadaksesi lisäapua.

Edirectin päivittäminen

NCBI julkaisee aika ajoin uusia versioita EDirect-ohjelmistosta, joissa korjataan ongelmia ja lisätään uusia ominaisuuksia. Uusista versioista ilmoitetaan NCBI:n EDirect-dokumentaation julkaisutiedotteissa.

Päivittääksesi EDirect-asennuksesi uusimpaan versioon voit yksinkertaisesti asentaa EDirectin uudelleen olemassa olevan asennuksen päälle käyttäen samaa skriptiä, jota käytit alkuperäisessä asennuksessa. Katso EDirectin asennus yllä.