Bisulfit-sekventering

DNA-methylering er en epigenetisk mekanisme, der er kendt for at spille en rolle i pattedyrs genregulering, genomisk prægning og undertrykkelse af transposable elementer. Methyleringsmønstre kan karakteriseres ved at udspørge specifikke loci eller gennem genomdækkende methyleringsprofilering. Bisulfitbehandling anses for at være den gyldne standardmetode til bestemmelse af DNA-methylering.
Natriumbisulfit deaminerer umodificerede cytosiner til uracil, men påvirker ikke 5-methylcytosiner. Det bisulfitbehandlede DNA forstærkes derefter ved PCR, hvor 5-methylcytosinerne forstærkes som cytosiner, og uracilerne forstærkes som thyminer . DNA-sekventering kan derefter anvendes til at klarlægge methyleringsstatus for et område af interesse eller et helt genom med enkeltnukleotidopløsning.
PCR-amplifikation af bisulfitbehandlet DNA kræver et enzym, der er i stand til at tolerere uracil-holdigt DNA og mål med et højt AT-forhold (omdannelse af umodificerede cytosiner til thyminer øger mål-DNA’ets AT-forhold). NEB’s EpiMark Taq DNA-polymerase er blevet optimeret til succesfuld amplifikation af bisulfitbehandlet DNA.