Bisulfitové sekvenování

Metylace DNA je epigenetický mechanismus, o němž je známo, že hraje roli v regulaci genů savců, genomickém imprintingu a potlačování transpozabilních elementů. Metylační vzorce lze charakterizovat dotazováním specifických lokusů nebo pomocí profilování metylace v celém genomu. Bisulfitová úprava je považována za zlatý standard metody pro stanovení metylace DNA.
Bisulfit sodný deaminuje nemodifikované cytosiny na uracil, ale neovlivňuje 5-metylcytosiny. DNA ošetřená bisulfitem se poté amplifikuje pomocí PCR, při níž se 5-methylcytosiny amplifikují jako cytosiny a uracily jako thyminy . Sekvenování DNA lze poté použít k objasnění metylačního stavu oblasti zájmu nebo celého genomu s rozlišením jednoho nukleotidu.
PCR amplifikace DNA ošetřené bisulfitem vyžaduje enzym schopný tolerovat DNA obsahující uracil a cílové DNA s vysokým AT (přeměna nemodifikovaných cytosinů na thyminy zvyšuje poměr AT cílové DNA). EpiMark Taq DNA polymeráza společnosti NEB byla optimalizována pro úspěšnou amplifikaci DNA ošetřené bisulfitem

.