Articles /

Installing EDirect

Observera att efter lanseringen av den nya versionen av PubMed kan de resultat som returneras av E-utilities sökningar i PubMed skilja sig något från de som returneras i webbversionen av PubMed. Ett nytt PubMed API håller för närvarande på att utvecklas: mer information kommer att meddelas när den är tillgänglig.

För att komma igång med EDirect behöver du tre saker:

  1. En Unix kommandoradsmiljö…
  2. Med programmeringsspråket Perl installerat, så att du kan exekvera…
  3. Den EDirect installationspaketet

När du har installerat EDirect kan du:

  • Testa din EDirect-installation
  • uppdatera till den senaste versionen av EDirect

Unix kommandoradsmiljö

Unix är ett enkelt operativsystem för att ge instruktioner till en dator. Före grafiska användargränssnitt som Microsoft Windows eller Mac OS X var alla användare som ville interagera med en dator tvungna att skriva in sina instruktioner i ett kommandoradsgränssnitt.

Och även om vi numera har andra sätt att interagera med en dator, är användningen av ett kommandoradsgränssnitt (även kallat ”terminalemulator” eller ”terminal”) fortfarande ett kraftfullt och flexibelt sätt att tala om för en dator vad den ska göra. Om du använder en Mac- eller Linux-dator har du redan en Unix-kommandoradsmiljö redo att användas! Om du däremot använder en Windows-dator kan du behöva installera programvara för att emulera denna Unix-miljö.

Ett sätt att få en Unix-terminal i Windows är att installera Cygwin. Med denna programvara med öppen källkod kan du interagera direkt med datorn genom att skriva in instruktioner på en kommandorad. När du har installerat EDirect kommer denna programvara också att känna igen EDirect-kommandon som låter dig söka, ladda ner och omformatera PubMed och andra NLM-data. Om du väljer att använda Cygwin måste du se till att du inkluderar programmeringsspråket Perl i din installation (se nedan).

Programspråk Perl

För att kunna installera EDirect-programvaran måste du se till att programmeringsspråket Perl är installerat på ditt system. Du behöver inte nödvändigtvis kunna Perl för att använda EDirect, men i EDirects installationsprocess används vissa Perl-kommandon.

Mac Terminal och många Linuxdistributioner har Perl förinstallerat. Om du använder Windows måste du se till att den programvara du använder för att emulera Unix-miljön har Perl installerat. Om du använder Cygwin för att emulera Unix kommer Cygwins installationsprogram att erbjuda dig ett stort antal verktyg som du kan installera med Cygwin, inklusive programmeringsspråk som Perl och Python och många olika verktyg.

När du installerar Cygwin kan du välja vilka språk och verktyg som ska installeras på sidan ”Select Packages” i installationsprogrammet. För att se till att du har alla nödvändiga Perl-paket ser du till att ”Category” är valt i rullgardinsmenyn ”View” uppe till vänster och letar sedan upp kategorin ”Perl” i listan. För att installera alla Perl-paket klickar du på ikonen med en cirkel med pilar (precis till höger om ordet ”Perl”) tills etiketten bredvid byter från ”Default” till ”Install”. Om du tidigare installerat Cygwin utan de nödvändiga paketen kan du köra installationsprogrammet på nytt för att lägga till ytterligare paket till din installation.

EDirect-installation

För att installera EDirect öppnar du din Unix-terminal och utför följande kommandon. (Det enklaste sättet att göra detta är att kopiera hela blocket och klistra in det direkt i ditt terminalfönster.)

cd ~/bin/bashperl -MNet::FTP -e \ '$ftp = new Net::FTP("ftp.ncbi.nlm.nih.gov", Passive => 1); $ftp->login; $ftp->binary; $ftp->get("/entrez/entrezdirect/edirect.tar.gz");'gunzip -c edirect.tar.gz | tar xf -rm edirect.tar.gzbuiltin exitexport PATH=$PATH:$HOME/edirect >& /dev/null || setenv PATH "${PATH}:$HOME/edirect"./edirect/setup.sh

Detta installerar EDirect-programmet och gör det redo att användas. Beroende på systemets konfiguration kan du se följande meddelande:

In order to complete the configuration process, please execute the following:

följt av ett kommando som ser ut ungefär så här:

echo "export PATH=$PATH:$HOME/edirect" >> $HOME/.bash_profile

Om du ser den här prompten kopierar du det angivna kommandot och klistrar in det i din terminal.

När installationen är klar ser du följande meddelande i ditt terminalfönster:

Entrez Direct has been successfully downloaded and installed.

Du kan bekräfta att EDirect är korrekt installerat genom att använda testskriptet nedan.

Testa din EDirect-installation

För att bekräfta att EDirect är installerat och fungerar som det ska kan du köra ditt första EDirect-skript! Skriv in (eller kopiera och klistra in) följande kod i ditt terminalfönster och tryck på Enter.

echo "***********************" > installconfirmecho "esearch version:" >> installconfirmesearch -version >> installconfirmecho "xtract version:" >> installconfirmxtract -version >> installconfirmecho "EDirect install status:" >> installconfirmesearch -db pubmed -query "Babalobi OO AND 2008" | \efetch -format xml | \xtract -pattern Author -if Affiliation -contains Medicine \-element Initials >> installconfirmecho "***********************" >> installconfirmcat installconfirmrm installconfirm

Resultatet bör vara ett meddelande som liknar följande:

***********************esearch version:10.9xtract version:10.9EDirect install status:OK***********************

Om du ser denna utdata har du installerat EDirect framgångsrikt!

Om din version av esearch eller xtract är äldre än det nummer som anges ovan kan du dock behöva uppdatera till den senaste versionen av EDirect. Om ditt utdata inte liknar exemplet ovan (t.ex. om dina esearch- och xtract-versioner inte stämmer överens, om du får ytterligare ett ”OO” efter ”OK” etc.), eller om du istället får ett felmeddelande, vänligen kontakta oss för ytterligare hjälp.

Uppdatering av EDirect

Från och till släpper NCBI nya versioner av EDirect-mjukvaran, där problem rättas till och nya funktioner införs. Nya versioner tillkännages i Release Notes i NCBI:s EDirect-dokumentation.

För att uppdatera din EDirect-installation till den senaste versionen kan du helt enkelt installera EDirect på nytt över din befintliga installation, genom att använda samma skript som du använde för den första installationen. Se EDirect-installation ovan.

Leave a Reply