Installing EDirect

Uwaga: po wydaniu nowej wersji PubMed, wyniki zwracane przez E-utilities zapytania PubMed mogą się nieznacznie różnić od tych zwracanych w internetowej wersji PubMed. Nowy PubMed API jest obecnie w trakcie opracowywania: więcej informacji zostanie ogłoszonych, gdy będą dostępne.

Aby rozpocząć pracę z EDirect, potrzebujesz trzech rzeczy:

1. Uniksowego środowiska wiersza poleceń…
2. Z zainstalowanym językiem programowania Perl, więc możesz wykonywać…
3. Pakiet instalacyjny EDirect

Po zainstalowaniu EDirect, możesz:

• Testować swoją instalację EDirect
• Uaktualnić do najnowszej wersji EDirect

Środowisko wiersza poleceń Unix

Unix jest prostym systemem operacyjnym służącym do wydawania instrukcji komputerowi. Przed graficznymi interfejsami użytkownika, takimi jak Microsoft Windows lub Mac OS X, każdy użytkownik, który chciał współdziałać z komputerem musiał wpisywać swoje instrukcje do interfejsu wiersza poleceń.

Mimo, że mamy teraz inne sposoby współdziałania z komputerem, używanie interfejsu wiersza poleceń (zwanego również „emulatorem terminala” lub „terminalem”) jest nadal potężnym i elastycznym sposobem mówienia komputerowi, co ma robić. Jeśli używasz komputera z systemem Mac lub Linux, masz już gotowe środowisko wiersza poleceń systemu Unix! Jeśli jednak używasz komputera z systemem Windows, może być konieczne zainstalowanie oprogramowania emulującego to środowisko uniksowe.

Jednym ze sposobów uzyskania terminala uniksowego w systemie Windows jest zainstalowanie programu Cygwin. To oprogramowanie open-source pozwala na bezpośrednią interakcję z komputerem poprzez wpisywanie instrukcji do wiersza poleceń. Po zainstalowaniu EDirect, to oprogramowanie będzie również rozpoznawać komendy EDirect, które pozwalają na wyszukiwanie, pobieranie i przeformatowywanie PubMed i innych danych NLM. Jeśli zdecydujesz się na używanie Cygwin, będziesz musiał upewnić się, że w instalacji zawarty jest język programowania Perl (zobacz poniżej).

Język programowania Perl

Aby zainstalować oprogramowanie EDirect, musisz upewnić się, że język programowania Perl jest zainstalowany w Twoim systemie. Chociaż nie musisz znać Perla, aby używać EDirecta, proces instalacji EDirecta używa niektórych poleceń Perla.

Mac Terminal i wiele dystrybucji Linuksa posiada preinstalowany Perl. Jeśli używasz Windows, musisz się upewnić, że oprogramowanie, którego używasz do emulacji środowiska Unix ma zainstalowany Perl. Jeśli używasz Cygwin do emulowania Uniksa, instalator Cygwin zaoferuje ci szeroką gamę narzędzi, które możesz zainstalować za pomocą Cygwin, w tym języki programowania takie jak Perl i Python oraz wiele różnych narzędzi.

Podczas instalacji Cygwin możesz wybrać języki i narzędzia, które chcesz zainstalować na stronie „Wybierz pakiety” instalatora. Aby upewnić się, że masz wszystkie niezbędne pakiety Perla, upewnij się, że „Kategoria” jest wybrana w menu rozwijanym „Widok” w lewym górnym rogu, a następnie znajdź kategorię „Perl” na liście. Aby zainstalować wszystkie pakiety Perla, kliknij na ikonę koła ze strzałkami (tuż na prawo od słowa „Perl”), aż etykieta obok niej zmieni się z „Domyślnie” na „Zainstaluj”. Jeśli wcześniej zainstalowałeś Cygwin bez wymaganych pakietów, możesz ponownie uruchomić instalator, aby dodać dodatkowe pakiety do swojej instalacji.

Instalacja EDirect

Aby zainstalować EDirect, otwórz terminal Unix i wykonaj następujące polecenia. (Najłatwiejszym sposobem jest skopiowanie całego bloku i wklejenie go bezpośrednio do okna terminala.)

cd ~/bin/bashperl -MNet::FTP -e \ '$ftp = new Net::FTP("ftp.ncbi.nlm.nih.gov", Passive => 1); $ftp->login; $ftp->binary; $ftp->get("/entrez/entrezdirect/edirect.tar.gz");'gunzip -c edirect.tar.gz | tar xf -rm edirect.tar.gzbuiltin exitexport PATH=$PATH:$HOME/edirect >& /dev/null || setenv PATH "${PATH}:$HOME/edirect"./edirect/setup.sh

To instaluje oprogramowanie EDirect i przygotowuje je do użycia. Zależnie od konfiguracji systemu, możesz zobaczyć następujący komunikat:

In order to complete the configuration process, please execute the following:

po którym pojawi się komenda wyglądająca jak:

echo "export PATH=$PATH:$HOME/edirect" >> $HOME/.bash_profile

Jeśli zobaczysz ten znak zachęty, skopiuj podaną komendę i wklej ją do swojego terminala.

Po zakończeniu instalacji, zobaczysz następującą wiadomość w oknie terminala:

Entrez Direct has been successfully downloaded and installed.

Możesz potwierdzić, że EDirect jest zainstalowany poprawnie poprzez użycie poniższego skryptu testowego.

Testuj instalację EDirect

Aby potwierdzić, że EDirect jest zainstalowany i działa poprawnie, możesz uruchomić swój pierwszy skrypt EDirect! Po prostu wpisz (lub skopiuj i wklej) następujący kod do okna terminala i naciśnij Enter.

echo "***********************" > installconfirmecho "esearch version:" >> installconfirmesearch -version >> installconfirmecho "xtract version:" >> installconfirmxtract -version >> installconfirmecho "EDirect install status:" >> installconfirmesearch -db pubmed -query "Babalobi OO AND 2008" | \efetch -format xml | \xtract -pattern Author -if Affiliation -contains Medicine \-element Initials >> installconfirmecho "***********************" >> installconfirmcat installconfirmrm installconfirm

Wynikiem powinna być wiadomość podobna do poniższej:

***********************esearch version:10.9xtract version:10.9EDirect install status:OK***********************

Jeśli widzisz to wyjście, zainstalowałeś EDirect pomyślnie!

Jednakże, jeśli Twoje wersje esearch lub xtract są wcześniejsze niż powyższa, być może będziesz musiał zaktualizować EDirect do najnowszej wersji. Jeśli Twoje dane wyjściowe nie przypominają powyższej próbki (np. wersje esearch i xtract nie pasują do siebie, dostajesz dodatkowe „OO” po „OK”, itp.), lub zamiast tego dostajesz komunikat o błędzie, skontaktuj się z nami w celu uzyskania dalszej pomocy.

Uaktualnianie EDirect

Od czasu do czasu NCBI wydaje nowe wersje oprogramowania EDirect, naprawiając błędy i wprowadzając nowe funkcje. Nowe wersje są ogłaszane w uwagach do wydania w dokumentacji EDirect NCBI.

Aby zaktualizować EDirect do najnowszej wersji, możesz po prostu przeinstalować EDirect na istniejącej instalacji, używając tego samego skryptu, którego użyłeś do pierwszej instalacji. Zobacz Instalacja EDirect powyżej.