Articles /

Installing EDirect

Let op: na de release van de nieuwe versie van PubMed kunnen de resultaten van E-utilities queries van PubMed enigszins afwijken van de resultaten van de webversie van PubMed. Momenteel wordt een nieuwe PubMed API ontwikkeld: meer informatie zal worden bekendgemaakt zodra deze beschikbaar is.

Om met EDirect aan de slag te kunnen, heeft u drie dingen nodig:

  1. Een Unix command line omgeving…
  2. Met de programmeertaal Perl geïnstalleerd, zodat u…
  3. Het EDirect installatiepakket

Als u EDirect heeft geïnstalleerd, kunt u:

  • Test uw EDirect installatie
  • Update naar de nieuwste versie van EDirect

Unix command line omgeving

Unix is een eenvoudig besturingssysteem voor het geven van instructies aan een computer. Vóór grafische gebruikersinterfaces zoals Microsoft Windows of Mac OS X, moest elke gebruiker die met een computer wilde communiceren, zijn instructies in een opdrachtregelinterface typen.

Hoewel we nu andere manieren hebben om met een computer te communiceren, is het gebruik van een opdrachtregelinterface (ook wel een “terminal emulator” of “terminal” genoemd) nog steeds een krachtige en flexibele manier om een computer te vertellen wat hij moet doen. Als u een Mac of Linux-computer gebruikt, hebt u al een Unix-opdrachtregelomgeving klaarstaan! Als u echter een Windows-computer gebruikt, moet u wellicht software installeren om deze Unix-omgeving te emuleren.

Eén manier om een Unix-terminal in Windows te krijgen is door Cygwin te installeren. Met deze open-source software kunt u direct met uw computer communiceren door instructies in een commandoregel te typen. Als u EDirect heeft geïnstalleerd, zal deze software ook EDirect commando’s herkennen waarmee u PubMed en andere NLM data kunt doorzoeken, downloaden en opnieuw formatteren. Als u ervoor kiest Cygwin te gebruiken, moet u ervoor zorgen dat u de programmeertaal Perl in uw installatie opneemt (zie hieronder).

Perl programmeertaal

Om de EDirect software te kunnen installeren, moet u ervoor zorgen dat de programmeertaal Perl op uw systeem is geïnstalleerd. Hoewel u niet per se Perl hoeft te kennen om EDirect te kunnen gebruiken, maakt het EDirect installatieproces gebruik van enkele Perl commando’s.

De Mac Terminal en veel Linux distributies worden geleverd met Perl voorgeïnstalleerd. Als u Windows gebruikt, moet u ervoor zorgen dat de software die u gebruikt om de Unix omgeving te emuleren, Perl geïnstalleerd heeft. Als u Cygwin gebruikt om Unix te emuleren, biedt het Cygwin-installatieprogramma u een grote verscheidenheid aan gereedschappen die u met Cygwin kunt installeren, waaronder programmeertalen als Perl en Python, en veel verschillende hulpprogramma’s.

Wanneer u Cygwin installeert, kunt u kiezen welke talen en hulpprogramma’s u wilt installeren op de “Select Packages” pagina van het installatieprogramma. Om er zeker van te zijn dat u alle benodigde Perl packages hebt, moet u ervoor zorgen dat “Categorie” is geselecteerd in het “Weergave” drop-down menu linksboven, zoek dan de “Perl” categorie in de lijst. Om alle Perl packages te installeren, klikt u op het cirkel-met-pijlen icoontje (net rechts van het woord “Perl”) totdat het label ernaast verandert van “Standaard” naar “Installeren”. Als u Cygwin eerder hebt geïnstalleerd zonder de vereiste pakketten, kunt u het installatieprogramma opnieuw uitvoeren om extra pakketten aan uw installatie toe te voegen.

EDirect installatie

Om EDirect te installeren, opent u uw Unix terminal en voert u de volgende commando’s uit. (De makkelijkste manier om dit te doen is door het hele blok te kopiëren en direct in uw terminal venster te plakken.)

cd ~/bin/bashperl -MNet::FTP -e \ '$ftp = new Net::FTP("ftp.ncbi.nlm.nih.gov", Passive => 1); $ftp->login; $ftp->binary; $ftp->get("/entrez/entrezdirect/edirect.tar.gz");'gunzip -c edirect.tar.gz | tar xf -rm edirect.tar.gzbuiltin exitexport PATH=$PATH:$HOME/edirect >& /dev/null || setenv PATH "${PATH}:$HOME/edirect"./edirect/setup.sh

Dit installeert de EDirect software en maakt het klaar voor gebruik. Afhankelijk van de configuratie van uw systeem, kunt u de volgende melding te zien krijgen:

In order to complete the configuration process, please execute the following:

gevolgd door een commando dat er ongeveer zo uitziet:

echo "export PATH=$PATH:$HOME/edirect" >> $HOME/.bash_profile

Als u deze prompt ziet, kopieer dan het gegeven commando en plak het in uw terminal.

Als de installatie voltooid is, ziet u het volgende bericht in uw terminal venster:

Entrez Direct has been successfully downloaded and installed.

U kunt bevestigen dat EDirect correct is geïnstalleerd door het onderstaande testscript te gebruiken.

Test uw EDirect installatie

Om te bevestigen dat EDirect is geïnstalleerd en correct werkt, kunt u uw eerste EDirect script uitvoeren! Typ (of kopieer en plak) de volgende code in uw terminal venster, en druk op Enter.

echo "***********************" > installconfirmecho "esearch version:" >> installconfirmesearch -version >> installconfirmecho "xtract version:" >> installconfirmxtract -version >> installconfirmecho "EDirect install status:" >> installconfirmesearch -db pubmed -query "Babalobi OO AND 2008" | \efetch -format xml | \xtract -pattern Author -if Affiliation -contains Medicine \-element Initials >> installconfirmecho "***********************" >> installconfirmcat installconfirmrm installconfirm

Het resultaat zou een bericht moeten zijn dat lijkt op het volgende:

***********************esearch version:10.9xtract version:10.9EDirect install status:OK***********************

Als u deze uitvoer ziet, heeft u EDirect succesvol geïnstalleerd!

Als uw esearch- of xtract-versie echter ouder is dan het bovenstaande nummer, moet u wellicht updaten naar de nieuwste versie van EDirect. Als uw uitvoer niet lijkt op het bovenstaande voorbeeld (bijv. uw esearch- en xtract-versies komen niet overeen, u krijgt een extra “OO” na de “OK”, etc.), of u krijgt een foutmelding in plaats daarvan, neem dan contact met ons op voor verdere assistentie.

Updating EDirect

Van tijd tot tijd brengt NCBI nieuwe versies van de EDirect-software uit, waarin problemen worden opgelost en nieuwe functies worden opgenomen. Nieuwe releases worden aangekondigd in de Release Notes van NCBI’s EDirect documentatie.

Om uw EDirect installatie te updaten naar de laatste versie, kunt u EDirect eenvoudigweg opnieuw installeren over uw bestaande installatie, met hetzelfde script dat u gebruikte voor de eerste installatie. Zie EDirect Installatie hierboven.

Leave a Reply