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EDirectのインストール

注意：PubMedの新しいバージョンのリリースに伴い、PubMedのEユーティリティクエリーで返される結果が、Web版PubMedの結果と若干異なる場合があります。 新しいPubMed APIは現在開発中であり、利用可能になり次第お知らせします。

  1. Unixのコマンドライン環境・・・
  2. プログラミング言語Perlがインストールされ、実行可能・・・
  3. EDirectインストールパッケージ

EDirectをインストールしたら、次の3つのものが必要です。

  • EDirect のインストールをテストする
  • EDirect の最新版にアップデートする

Unix コマンドライン環境

Unixはコンピューターに指示を出すためのシンプルなオペレーティングシステムです。 Microsoft Windows や Mac OS X のようなグラフィカルユーザーインターフェイスが登場する以前は、コンピュータと対話したいユーザーはコマンドラインインターフェイスに指示を入力する必要がありました。 Mac や Linux を使っているのなら、すでに Unix のコマンドライン環境が整っています。 しかし、Windows コンピューターを使用している場合、この Unix 環境をエミュレートするソフトウェアをインストールする必要があるかもしれません。

WindowsでUnixターミナルを手に入れる方法の1つは、Cygwinをインストールすることです。 このオープン ソース ソフトウェアは、コマンド ラインに指示を入力することにより、コンピュータと直接対話することができます。 EDirectをインストールすれば、PubMedやその他のNLMデータの検索、ダウンロード、再フォーマットを行うEDirectコマンドも認識できるようになります。 Cygwin を使用する場合、Perl プログラミング言語がインストールされていることを確認する必要があります（以下を参照）。

Perl プログラミング言語

EDirect ソフトウェアをインストールするには、システムに Perl プログラミング言語がインストールされていることを確認する必要があります。 EDirect を使用するために、必ずしも Perl を知っている必要はありませんが、EDirect のインストールプロセスでは、いくつかの Perl コマンドを使用します。

Macターミナルと多くの Linux ディストリビューションには、Perl がプリインストールされています。 Windows を使用している場合、Unix 環境をエミュレートするために使用しているソフトウェアに Perl がインストールされているかどうかを確認する必要があります。 Unix をエミュレートするために Cygwin を使用している場合、Cygwin のインストーラは、Perl や Python などのプログラミング言語や、多くの異なるユーティリティなど、Cygwin でインストールできる多くの種類のツールを提供しています。

Cygwin をインストールするとき、インストーラの “Select Packages” ページで、インストールする言語とユーティリティを選択できます。 必要な Perl パッケージがすべて揃っていることを確認するには、左上の “View” ドロップダウン・メニューで “Category” が選択されていることを確認し、リストの中から “Perl” カテゴリを見つけます。 Perl パッケージをすべてインストールするには、矢印のついた丸いアイコン (「Perl」という文字のすぐ右) を、その横のラベルが「Default」から「Install」に切り替わるまでクリックします。 必要なパッケージなしでCygwinをインストールした場合、インストーラーを再実行して、インストールに追加のパッケージを追加することができます。

EDirect インストール

EDirect をインストールするには、Unix ターミナルを開き、次のコマンドを実行します。 (ブロック全体をコピーして、ターミナルウィンドウに直接貼り付けるのが一番簡単な方法です。)

cd ~/bin/bashperl -MNet::FTP -e \ '$ftp = new Net::FTP("ftp.ncbi.nlm.nih.gov", Passive => 1); $ftp->login; $ftp->binary; $ftp->get("/entrez/entrezdirect/edirect.tar.gz");'gunzip -c edirect.tar.gz | tar xf -rm edirect.tar.gzbuiltin exitexport PATH=$PATH:$HOME/edirect >& /dev/null || setenv PATH "${PATH}:$HOME/edirect"./edirect/setup.sh

これで、EDirect ソフトウェアがインストールされ、使用できる状態になります。 システムの構成によっては、次のようなメッセージが表示されることがあります： 

In order to complete the configuration process, please execute the following:

その後に次のようなコマンドが表示されます： 

echo "export PATH=$PATH:$HOME/edirect" >> $HOME/.bash_profile

このプロンプトが表示されたら、提供されたコマンドをコピーしてターミナルに貼り付けてください。

インストールが完了すると、ターミナル ウィンドウに次のメッセージが表示されます。

Entrez Direct has been successfully downloaded and installed.

以下のテスト スクリプトを使用して、EDirect が正しくインストールされているか確認できます。 ターミナル ウィンドウに次のコードを入力して (またはコピーして貼り付けて)、Enter キーを押します。

echo "***********************" > installconfirmecho "esearch version:" >> installconfirmesearch -version >> installconfirmecho "xtract version:" >> installconfirmxtract -version >> installconfirmecho "EDirect install status:" >> installconfirmesearch -db pubmed -query "Babalobi OO AND 2008" | \efetch -format xml | \xtract -pattern Author -if Affiliation -contains Medicine \-element Initials >> installconfirmecho "***********************" >> installconfirmcat installconfirmrm installconfirm

結果は次のようなメッセージになるはずです。

ただし、esearch や xtract のバージョンが上記の番号よりも古い場合は、EDirect の最新バージョンに更新する必要があるかもしれません。 もし、上記のような出力が出ない場合（esearchとxtractのバージョンが一致しない、”OK “の後に “OO “が追加される等）、またはエラーメッセージが出る場合は、弊社までお問い合わせください。 新しいリリースは、NCBI の EDirect ドキュメントのリリースノートで発表されます。

EDirect を最新版にアップデートするには、最初にインストールしたときと同じスクリプトを使って、既存のインストールに EDirect を再インストールするだけでよいのです。 上記の EDirect のインストールを参照してください。

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