Installation von EDirect

Bitte beachten Sie: Nach der Veröffentlichung der neuen Version von PubMed können die Ergebnisse von E-Utilities-Abfragen von PubMed leicht von denen der Web-Version von PubMed abweichen. Eine neue PubMed-API befindet sich derzeit in der Entwicklung: Weitere Informationen werden bekannt gegeben, sobald sie verfügbar sind.

Um mit EDirect zu beginnen, benötigen Sie drei Dinge:

1. Eine Unix-Befehlszeilenumgebung…
2. Mit der installierten Programmiersprache Perl, so dass Sie…
3. Das EDirect-Installationspaket

Wenn Sie EDirect installiert haben, können Sie:

• Testen Sie Ihre EDirect-Installation
• Aktualisieren Sie auf die neueste Version von EDirect

Unix-Befehlszeilenumgebung

Unix ist ein einfaches Betriebssystem, um Anweisungen an einen Computer zu geben. Bevor es grafische Benutzeroberflächen wie Microsoft Windows oder Mac OS X gab, musste jeder Benutzer, der mit einem Computer interagieren wollte, seine Anweisungen in eine Befehlszeilenschnittstelle eingeben.

Auch wenn es heute andere Möglichkeiten gibt, mit einem Computer zu interagieren, ist die Verwendung einer Befehlszeilenschnittstelle (auch „Terminalemulator“ oder „Terminal“ genannt) immer noch eine leistungsstarke und flexible Möglichkeit, einem Computer mitzuteilen, was er tun soll. Wenn Sie einen Mac oder Linux-Computer verwenden, haben Sie bereits eine Unix-Befehlszeilenumgebung zur Verfügung! Wenn Sie jedoch einen Windows-Computer verwenden, müssen Sie möglicherweise Software installieren, um diese Unix-Umgebung zu emulieren.

Eine Möglichkeit, ein Unix-Terminal unter Windows zu erhalten, ist die Installation von Cygwin. Mit dieser Open-Source-Software können Sie direkt mit Ihrem Computer interagieren, indem Sie Anweisungen in eine Befehlszeile eingeben. Wenn Sie EDirect installiert haben, erkennt diese Software auch EDirect-Befehle, mit denen Sie PubMed und andere NLM-Daten suchen, herunterladen und neu formatieren können. Wenn Sie sich für die Verwendung von Cygwin entscheiden, müssen Sie sicherstellen, dass die Programmiersprache Perl in Ihrer Installation enthalten ist (siehe unten).

Perl-Programmiersprache

Um die EDirect-Software zu installieren, müssen Sie sicherstellen, dass die Programmiersprache Perl auf Ihrem System installiert ist. Sie müssen Perl zwar nicht unbedingt kennen, um EDirect zu benutzen, aber der EDirect-Installationsprozess verwendet einige Perl-Befehle.

Auf dem Mac Terminal und vielen Linux-Distributionen ist Perl bereits vorinstalliert. Wenn Sie Windows verwenden, müssen Sie sicherstellen, dass die Software, die Sie zur Emulation der Unix-Umgebung verwenden, Perl installiert hat. Wenn Sie Cygwin verwenden, um Unix zu emulieren, bietet Ihnen das Cygwin-Installationsprogramm eine große Auswahl an Tools an, die Sie mit Cygwin installieren können, einschließlich Programmiersprachen wie Perl und Python und viele verschiedene Dienstprogramme.

Wenn Sie Cygwin installieren, können Sie auf der Seite „Select Packages“ des Installationsprogramms auswählen, welche Sprachen und Hilfsprogramme installiert werden sollen. Um sicherzustellen, dass Sie alle notwendigen Perl-Pakete haben, stellen Sie sicher, dass „Kategorie“ im Dropdown-Menü „Ansicht“ oben links ausgewählt ist, und suchen Sie dann die Kategorie „Perl“ in der Liste. Um alle Perl-Pakete zu installieren, klicken Sie auf das Symbol mit dem Kreis und den Pfeilen (rechts neben dem Wort „Perl“), bis die Beschriftung daneben von „Standard“ auf „Installieren“ wechselt. Wenn Sie Cygwin zuvor ohne die erforderlichen Pakete installiert haben, können Sie das Installationsprogramm erneut ausführen, um zusätzliche Pakete zu Ihrer Installation hinzuzufügen.

EDirect-Installation

Um EDirect zu installieren, öffnen Sie Ihr Unix-Terminal und führen Sie die folgenden Befehle aus. (Am einfachsten ist es, wenn Sie den gesamten Block kopieren und direkt in Ihr Terminalfenster einfügen.)

cd ~/bin/bashperl -MNet::FTP -e \ '$ftp = new Net::FTP("ftp.ncbi.nlm.nih.gov", Passive => 1); $ftp->login; $ftp->binary; $ftp->get("/entrez/entrezdirect/edirect.tar.gz");'gunzip -c edirect.tar.gz | tar xf -rm edirect.tar.gzbuiltin exitexport PATH=$PATH:$HOME/edirect >& /dev/null || setenv PATH "${PATH}:$HOME/edirect"./edirect/setup.sh

Dadurch wird die EDirect-Software installiert und einsatzbereit gemacht. Abhängig von der Konfiguration Ihres Systems sehen Sie möglicherweise die folgende Meldung:

In order to complete the configuration process, please execute the following:

gefolgt von einem Befehl, der etwa so aussieht:

echo "export PATH=$PATH:$HOME/edirect" >> $HOME/.bash_profile

Wenn Sie diese Eingabeaufforderung sehen, kopieren Sie den angegebenen Befehl und fügen Sie ihn in Ihr Terminal ein.

Nach Abschluss der Installation sehen Sie folgende Meldung in Ihrem Terminalfenster:

Entrez Direct has been successfully downloaded and installed.

Sie können bestätigen, dass EDirect korrekt installiert wurde, indem Sie das folgende Testskript verwenden:

Testen Sie Ihre EDirect-Installation

Um zu bestätigen, dass EDirect installiert ist und richtig funktioniert, können Sie Ihr erstes EDirect-Skript ausführen! Geben Sie einfach den folgenden Code in Ihr Terminalfenster ein (oder kopieren und fügen Sie ihn ein) und drücken Sie die Eingabetaste.

echo "***********************" > installconfirmecho "esearch version:" >> installconfirmesearch -version >> installconfirmecho "xtract version:" >> installconfirmxtract -version >> installconfirmecho "EDirect install status:" >> installconfirmesearch -db pubmed -query "Babalobi OO AND 2008" | \efetch -format xml | \xtract -pattern Author -if Affiliation -contains Medicine \-element Initials >> installconfirmecho "***********************" >> installconfirmcat installconfirmrm installconfirm

Das Ergebnis sollte eine Meldung ähnlich der folgenden sein:

***********************esearch version:10.9xtract version:10.9EDirect install status:OK***********************

Wenn Sie diese Ausgabe sehen, haben Sie EDirect erfolgreich installiert!

Wenn Ihre esearch- oder xtract-Version jedoch älter ist als die oben angegebene Zahl, müssen Sie möglicherweise auf die neueste Version von EDirect aktualisieren. Wenn Ihre Ausgabe nicht mit dem obigen Beispiel übereinstimmt (z. B. stimmen Ihre esearch- und xtract-Versionen nicht überein, Sie erhalten ein zusätzliches „OO“ nach dem „OK“ usw.) oder Sie erhalten stattdessen eine Fehlermeldung, wenden Sie sich bitte an uns, um weitere Unterstützung zu erhalten.

Aktualisierung von EDirect

Von Zeit zu Zeit veröffentlicht das NCBI neue Versionen der EDirect-Software, in denen Probleme behoben und neue Funktionen integriert werden. Neue Versionen werden in den Versionshinweisen der EDirect-Dokumentation des NCBI angekündigt.

Um Ihre EDirect-Installation auf die neueste Version zu aktualisieren, können Sie EDirect einfach über Ihre bestehende Installation neu installieren, indem Sie dasselbe Skript wie bei der Erstinstallation verwenden. Siehe EDirect-Installation oben.