Installing EDirect

Figyelem: a PubMed új verziójának megjelenését követően a PubMed E-utilities lekérdezések által visszaküldött eredmények némileg eltérhetnek a PubMed webes verziójának eredményeitől. A PubMed új API-ja jelenleg fejlesztés alatt áll: további információkat jelentünk be, amint azok rendelkezésre állnak.

Az EDirect használatának megkezdéséhez három dologra van szüksége:

1. Egy Unix parancssori környezetre…
2. A Perl programozási nyelv telepítésével, hogy végre tudja hajtani…
3. Az EDirect telepítőcsomagot

Amikor telepítette az EDirect-et, akkor lehet:

• Tesztelheti az EDirect telepítését
• Frissítheti az EDirect legújabb verziójára

Unix parancssori környezet

A Unix egy egyszerű operációs rendszer a számítógépnek adott utasítások kiadására. Az olyan grafikus felhasználói felületek előtt, mint a Microsoft Windows vagy a Mac OS X, minden felhasználónak, aki interakcióba akart lépni a számítógéppel, be kellett gépelnie utasításait egy parancssori felületre.

Noha ma már más módjai is vannak a számítógéppel való interakciónak, a parancssori felület (más néven “terminál emulátor” vagy “terminál”) használata még mindig hatékony és rugalmas módja annak, hogy megmondjuk a számítógépnek, mit tegyen. Ha Mac vagy Linux számítógépet használ, akkor már készen áll a Unix parancssori környezet! Ha azonban Windows számítógépet használ, akkor szükség lehet egy olyan szoftver telepítésére, amely ezt a Unix környezetet emulálja.

Az egyik módja annak, hogy Unix terminált kapjon Windowsban, a Cygwin telepítése. Ez a nyílt forráskódú szoftver lehetővé teszi, hogy a parancssorba beírt utasításokkal közvetlenül interakcióba lépjen a számítógépével. Ha telepítette az EDirect-et, ez a szoftver felismeri az EDirect parancsokat is, amelyek segítségével kereshet, letölthet és újraformázhatja a PubMed és más NLM-adatokat. Ha a Cygwin használata mellett dönt, akkor gondoskodnia kell arról, hogy a Perl programozási nyelvet is tartalmazza a telepítés (lásd alább).

Perl programozási nyelv

Az EDirect szoftver telepítéséhez gondoskodnia kell arról, hogy a Perl programozási nyelv telepítve legyen a rendszerén. Bár az EDirect használatához nem feltétlenül kell ismernie a Perl nyelvet, az EDirect telepítési folyamata használ néhány Perl parancsot.

A Mac Terminal és számos Linux disztribúció rendelkezik előre telepített Perl nyelvvel. Ha Windows-t használ, akkor meg kell győződnie arról, hogy a Unix-környezet emulálására használt szoftverben telepítve van-e a Perl. Ha a Cygwint használja a Unix emulálására, a Cygwin telepítője számos olyan eszközt kínál, amelyet a Cygwinnel telepíthet, köztük olyan programozási nyelveket, mint a Perl és a Python, valamint számos különböző segédprogramot.

A Cygwin telepítésekor a telepítőprogram “Csomagok kiválasztása” oldalán kiválaszthatja, hogy mely nyelveket és segédprogramokat kívánja telepíteni. Ahhoz, hogy megbizonyosodjon arról, hogy az összes szükséges Perl csomag megvan, győződjön meg arról, hogy a bal felső sarokban lévő “View” legördülő menüben a “Category” van kiválasztva, majd keresse meg a “Perl” kategóriát a listában. Ahhoz, hogy az összes Perl csomagot telepítse, kattintson a kör alakú nyilakkal díszített ikonra (közvetlenül a “Perl” szó jobb oldalán), amíg a mellette lévő felirat “Alapértelmezett” helyett “Telepítés” feliratra nem vált. Ha korábban a Cygwint a szükséges csomagok nélkül telepítette, akkor a telepítőprogramot újra lefuttathatja, hogy további csomagokat adjon hozzá a telepítéshez.

EDirect telepítése

Az EDirect telepítéséhez nyissa meg a Unix terminálját, és hajtsa végre a következő parancsokat. (A legegyszerűbb, ha az egész blokkot kimásolja, és közvetlenül a terminál ablakába illeszti be.)

cd ~/bin/bashperl -MNet::FTP -e \ '$ftp = new Net::FTP("ftp.ncbi.nlm.nih.gov", Passive => 1); $ftp->login; $ftp->binary; $ftp->get("/entrez/entrezdirect/edirect.tar.gz");'gunzip -c edirect.tar.gz | tar xf -rm edirect.tar.gzbuiltin exitexport PATH=$PATH:$HOME/edirect >& /dev/null || setenv PATH "${PATH}:$HOME/edirect"./edirect/setup.sh

Ezzel telepíti az EDirect szoftvert, és használatra készen áll. A rendszer konfigurációjától függően a következő üzenetet láthatja:

In order to complete the configuration process, please execute the following:

Majd egy parancsot, amely valahogy így néz ki:

echo "export PATH=$PATH:$HOME/edirect" >> $HOME/.bash_profile

Ha ezt a promptot látja, másolja ki a megadott parancsot, és illessze be a termináljába.

A telepítés befejezése után a következő üzenetet fogja látni a terminálablakában:

Entrez Direct has been successfully downloaded and installed.

Az EDirect helyes telepítését az alábbi tesztelési szkript segítségével ellenőrizheti.

Tesztelje az EDirect telepítését

Az EDirect telepítésének és megfelelő működésének megerősítéséhez futtassa az első EDirect szkriptet! Csak írja be (vagy másolja be és illessze be) az alábbi kódot a terminál ablakába, majd nyomja meg az Enter billentyűt.

echo "***********************" > installconfirmecho "esearch version:" >> installconfirmesearch -version >> installconfirmecho "xtract version:" >> installconfirmxtract -version >> installconfirmecho "EDirect install status:" >> installconfirmesearch -db pubmed -query "Babalobi OO AND 2008" | \efetch -format xml | \xtract -pattern Author -if Affiliation -contains Medicine \-element Initials >> installconfirmecho "***********************" >> installconfirmcat installconfirmrm installconfirm

Az eredménynek egy, az alábbiakhoz hasonló üzenetnek kell lennie:

***********************esearch version:10.9xtract version:10.9EDirect install status:OK***********************

Ha ezt a kimenetet látja, akkor sikeresen telepítette az EDirect-et!

Ha azonban az esearch vagy xtract verziója korábbi, mint a fent megadott szám, akkor lehet, hogy frissítenie kell az EDirect legújabb verziójára. Ha a kimenete nem hasonlít a fenti mintára (pl. az esearch és xtract verziók nem egyeznek, az “OK” után egy további “OO” jelenik meg, stb.), vagy helyette hibaüzenetet kap, kérjük, forduljon hozzánk további segítségért.

Az EDirect frissítése

Az NCBI időről időre kiadja az EDirect szoftver új verzióit, amelyek javítják a problémákat és új funkciókat tartalmaznak. Az új kiadásokat az NCBI EDirect dokumentációjának kiadási jegyzeteiben jelentik be.

Az EDirect telepítésének a legújabb verzióra történő frissítéséhez egyszerűen újratelepítheti az EDirect-et a meglévő telepítése fölé, ugyanazzal a szkripttel, amelyet az első telepítéshez használt. Lásd fentebb az EDirect telepítését.