Installation d’EDirect

Veuillez noter : suite à la sortie de la nouvelle version de PubMed, les résultats renvoyés par les requêtes E-utilities de PubMed peuvent différer légèrement de ceux renvoyés dans la version web de PubMed. Une nouvelle API PubMed est actuellement en cours de développement : de plus amples informations seront annoncées lorsqu’elles seront disponibles.

Pour commencer avec EDirect, vous avez besoin de trois choses :

1. Un environnement de ligne de commande Unix…
2. Avec le langage de programmation Perl installé, afin que vous puissiez exécuter…
3. Le paquet d’installation d’EDirect

Une fois que vous avez installé EDirect, vous pouvez :

• Tester votre installation d’EDirect
• Mettre à jour vers la plus récente version d’EDirect

Environnement de ligne de commande Unix

Unix est un système d’exploitation simple pour émettre des instructions à un ordinateur. Avant les interfaces graphiques comme Microsoft Windows ou Mac OS X, tout utilisateur qui voulait interagir avec un ordinateur devait taper ses instructions dans une interface de ligne de commande.

Bien que nous ayons maintenant d’autres moyens d’interagir avec un ordinateur, l’utilisation d’une interface de ligne de commande (également appelée « émulateur de terminal » ou « terminal ») reste un moyen puissant et flexible de dire à un ordinateur ce qu’il doit faire. Si vous utilisez un ordinateur Mac ou Linux, vous disposez déjà d’un environnement de ligne de commande Unix prêt à fonctionner ! Cependant, si vous utilisez un ordinateur Windows, vous devrez peut-être installer un logiciel pour émuler cet environnement Unix.

Une façon d’obtenir un terminal Unix dans Windows est d’installer Cygwin. Ce logiciel open-source vous permet d’interagir directement avec votre ordinateur en tapant des instructions dans une ligne de commande. Une fois que vous avez installé EDirect, ce logiciel reconnaîtra également les commandes EDirect qui vous permettent de rechercher, télécharger et reformater PubMed et d’autres données NLM. Si vous choisissez effectivement d’utiliser Cygwin, vous devrez vous assurer d’inclure le langage de programmation Perl dans votre installation (voir ci-dessous).

Langage de programmation Perl

Pour installer le logiciel EDirect, vous devrez vous assurer que le langage de programmation Perl est installé sur votre système. Bien que vous n’ayez pas nécessairement besoin de connaître Perl pour utiliser EDirect, le processus d’installation d’EDirect utilise certaines commandes Perl.

Le terminal Mac et de nombreuses distributions Linux sont livrés avec Perl préinstallé. Si vous utilisez Windows, vous devrez vous assurer que le logiciel que vous utilisez pour émuler l’environnement Unix a Perl installé. Si vous utilisez Cygwin pour émuler Unix, l’installateur de Cygwin vous proposera une grande variété d’outils que vous pourrez installer avec Cygwin, notamment des langages de programmation comme Perl et Python, et de nombreux utilitaires différents.

Lorsque vous installez Cygwin, vous pouvez choisir les langages et les utilitaires à installer sur la page « Sélectionner les paquets » de l’installateur. Pour vous assurer que vous avez tous les paquets Perl nécessaires, assurez-vous que « Catégorie » est sélectionné dans le menu déroulant « Affichage » en haut à gauche, puis trouvez la catégorie « Perl » dans la liste. Afin d’installer tous les paquets Perl, cliquez sur l’icône en forme de cercle avec des flèches (juste à droite du mot « Perl ») jusqu’à ce que l’étiquette à côté passe de « Default » à « Install ». Si vous avez précédemment installé Cygwin sans les paquets requis, vous pouvez relancer le programme d’installation pour ajouter des paquets supplémentaires à votre installation.

Installation d’EDirect

Pour installer EDirect, ouvrez votre terminal Unix et exécutez les commandes suivantes. (Le plus simple est de copier tout le bloc et de le coller directement dans votre fenêtre de terminal.)

cd ~/bin/bashperl -MNet::FTP -e \ '$ftp = new Net::FTP("ftp.ncbi.nlm.nih.gov", Passive => 1); $ftp->login; $ftp->binary; $ftp->get("/entrez/entrezdirect/edirect.tar.gz");'gunzip -c edirect.tar.gz | tar xf -rm edirect.tar.gzbuiltin exitexport PATH=$PATH:$HOME/edirect >& /dev/null || setenv PATH "${PATH}:$HOME/edirect"./edirect/setup.sh

Ceci installe le logiciel EDirect et le rend prêt à être utilisé. Selon la configuration de votre système, vous pouvez voir le message suivant :

In order to complete the configuration process, please execute the following:

suivi d’une commande qui ressemble à quelque chose comme :

echo "export PATH=$PATH:$HOME/edirect" >> $HOME/.bash_profile

Si vous voyez cette invite, copiez la commande fournie et collez-la dans votre terminal.

Une fois l’installation terminée, vous verrez le message suivant dans votre fenêtre de terminal :

Entrez Direct has been successfully downloaded and installed.

Vous pouvez confirmer qu’EDirect est installé correctement en utilisant le script de test ci-dessous.

Tester votre installation EDirect

Pour confirmer qu’EDirect est installé et fonctionne correctement, vous pouvez exécuter votre premier script EDirect ! Il suffit de taper (ou de copier et coller) le code suivant dans votre fenêtre de terminal, et d’appuyer sur Entrée.

echo "***********************" > installconfirmecho "esearch version:" >> installconfirmesearch -version >> installconfirmecho "xtract version:" >> installconfirmxtract -version >> installconfirmecho "EDirect install status:" >> installconfirmesearch -db pubmed -query "Babalobi OO AND 2008" | \efetch -format xml | \xtract -pattern Author -if Affiliation -contains Medicine \-element Initials >> installconfirmecho "***********************" >> installconfirmcat installconfirmrm installconfirm

Le résultat devrait être un message similaire au suivant :

***********************esearch version:10.9xtract version:10.9EDirect install status:OK***********************

Si vous voyez cette sortie, vous avez installé EDirect avec succès !

Cependant, si votre version de esearch ou xtract sont antérieures au numéro indiqué ci-dessus, vous devrez peut-être mettre à jour la dernière version d’EDirect. Si votre sortie ne ressemble pas à l’échantillon ci-dessus (par exemple, vos versions esearch et xtract ne correspondent pas, vous obtenez un « OO » supplémentaire après le « OK », etc.), ou si vous obtenez un message d’erreur à la place, veuillez nous contacter pour une assistance supplémentaire.

Mise à jour d’EDirect

De temps en temps, le NCBI publie de nouvelles versions du logiciel EDirect, corrigeant des problèmes et intégrant de nouvelles fonctionnalités. Les nouvelles versions sont annoncées dans les notes de version de la documentation EDirect du NCBI.

Pour mettre à jour votre installation EDirect à la dernière version, vous pouvez simplement réinstaller EDirect sur votre installation existante, en utilisant le même script que vous avez utilisé pour l’installation initiale. Voir Installation d’EDirect ci-dessus.