Instalace EDirect

Upozornění: po vydání nové verze PubMedu se výsledky vrácené dotazy E-utilities PubMedu mohou mírně lišit od výsledků vrácených ve webové verzi PubMedu. V současné době probíhá vývoj nového rozhraní API PubMed: další informace budou oznámeny, jakmile budou k dispozici.

K tomu, abyste mohli začít používat EDirect, potřebujete tři věci:

1. Prostředí příkazového řádku Unix…
2. S nainstalovaným programovacím jazykem Perl, abyste mohli spouštět…
3. Instalační balíček EDirect

Po instalaci EDirect můžete:

• Testovat instalaci EDirect
• Aktualizovat na nejnovější verzi EDirect

Prostředí příkazového řádku Unix

Unix je jednoduchý operační systém pro vydávání příkazů počítači. Před grafickými uživatelskými rozhraními, jako jsou Microsoft Windows nebo Mac OS X, musel každý uživatel, který chtěl komunikovat s počítačem, zadávat své pokyny do rozhraní příkazového řádku.

Přestože dnes máme jiné způsoby interakce s počítačem, je použití rozhraní příkazového řádku (nazývaného také „emulátor terminálu“ nebo „terminál“) stále výkonným a flexibilním způsobem, jak počítači říci, co má dělat. Pokud používáte počítač Mac nebo Linux, máte již prostředí unixového příkazového řádku připravené! Pokud však používáte počítač se systémem Windows, možná budete muset nainstalovat software, který toto unixové prostředí emuluje.

Jedním ze způsobů, jak získat unixový terminál v systému Windows, je instalace programu Cygwin. Tento software s otevřeným zdrojovým kódem umožňuje přímou interakci s počítačem zadáváním pokynů do příkazového řádku. Po instalaci softwaru EDirect tento software rozpozná také příkazy EDirect, které umožňují vyhledávat, stahovat a přeformátovat PubMed a další data NLM. Pokud se rozhodnete používat program Cygwin, musíte se ujistit, že je součástí instalace programovací jazyk Perl (viz níže).

Programovací jazyk Perl

Pro instalaci softwaru EDirect se musíte ujistit, že je v systému nainstalován programovací jazyk Perl. Ačkoli pro používání programu EDirect nemusíte nutně znát jazyk Perl, proces instalace programu EDirect používá některé příkazy jazyka Perl.

Terminál pro Mac a mnoho distribucí Linuxu jsou dodávány s předinstalovaným jazykem Perl. Pokud používáte Windows, musíte se ujistit, že software, který používáte k emulaci unixového prostředí, má nainstalovaný Perl. Používáte-li k emulaci Unixu program Cygwin, nabídne vám instalační program Cygwin velké množství nástrojů, které můžete pomocí Cygwinu nainstalovat, včetně programovacích jazyků jako Perl a Python a mnoha různých utilit.

Při instalaci Cygwinu si můžete na stránce „Výběr balíčků“ v instalačním programu vybrat, které jazyky a nástroje chcete nainstalovat. Chcete-li se ujistit, že máte všechny potřebné balíčky Perlu, ujistěte se, že je v rozbalovací nabídce „Zobrazit“ vlevo nahoře vybrána možnost „Kategorie“, a poté v seznamu vyhledejte kategorii „Perl“. Chcete-li nainstalovat všechny balíčky Perlu, klikněte na ikonu kruhu se šipkami (napravo od slova „Perl“), dokud se popisek vedle ní nepřepne z „Default“ na „Install“. Pokud jste dříve nainstalovali Cygwin bez požadovaných balíčků, můžete znovu spustit instalační program a přidat do instalace další balíčky.

Instalace EDirect

Pro instalaci EDirect otevřete terminál Unix a proveďte následující příkazy. (Nejjednodušší je zkopírovat celý blok a vložit jej přímo do okna terminálu)

cd ~/bin/bashperl -MNet::FTP -e \ '$ftp = new Net::FTP("ftp.ncbi.nlm.nih.gov", Passive => 1); $ftp->login; $ftp->binary; $ftp->get("/entrez/entrezdirect/edirect.tar.gz");'gunzip -c edirect.tar.gz | tar xf -rm edirect.tar.gzbuiltin exitexport PATH=$PATH:$HOME/edirect >& /dev/null || setenv PATH "${PATH}:$HOME/edirect"./edirect/setup.sh

Tím se nainstaluje software EDirect a připraví se k použití. V závislosti na konfiguraci vašeho systému se může zobrazit následující zpráva:

In order to complete the configuration process, please execute the following:

následovaná příkazem, který vypadá nějak takto:

echo "export PATH=$PATH:$HOME/edirect" >> $HOME/.bash_profile

Pokud se zobrazí tato výzva, zkopírujte uvedený příkaz a vložte jej do terminálu.

Po dokončení instalace se v okně terminálu zobrazí následující zpráva:

Entrez Direct has been successfully downloaded and installed.

Pomocí níže uvedeného testovacího skriptu můžete potvrdit správnou instalaci EDirect.

Testování instalace EDirect

Pro potvrzení, že je EDirect nainstalován a funguje správně, můžete spustit první skript EDirect! Stačí zadat (nebo zkopírovat a vložit) následující kód do okna terminálu a stisknout klávesu Enter.

echo "***********************" > installconfirmecho "esearch version:" >> installconfirmesearch -version >> installconfirmecho "xtract version:" >> installconfirmxtract -version >> installconfirmecho "EDirect install status:" >> installconfirmesearch -db pubmed -query "Babalobi OO AND 2008" | \efetch -format xml | \xtract -pattern Author -if Affiliation -contains Medicine \-element Initials >> installconfirmecho "***********************" >> installconfirmcat installconfirmrm installconfirm

Výsledkem by měla být zpráva podobná následující:

***********************esearch version:10.9xtract version:10.9EDirect install status:OK***********************

Pokud se zobrazí tento výstup, máte EDirect úspěšně nainstalován!

Jestliže je však vaše verze esearch nebo xtract starší než výše uvedené číslo, možná budete muset provést aktualizaci na nejnovější verzi EDirect. Pokud se váš výstup nepodobá výše uvedené ukázce (např. verze esearch a xtract se neshodují, po „OK“ se zobrazí další „OO“ atd.) nebo se místo toho zobrazí chybové hlášení, kontaktujte nás, prosím, pro další pomoc.

Aktualizace EDirect

Národní databanka NCBI čas od času vydává nové verze softwaru EDirect, které opravují problémy a obsahují nové funkce. Nové verze jsou oznámeny v poznámkách k vydání v dokumentaci k programu EDirect NCBI.

Chcete-li aktualizovat svou instalaci programu EDirect na nejnovější verzi, můžete jednoduše znovu nainstalovat program EDirect přes stávající instalaci pomocí stejného skriptu, který jste použili při původní instalaci. Viz výše Instalace EDirectu.