L’épidémiologie de la fongémie dans un hôpital de maladies infectieuses de la ville de Mexico : Une revue rétrospective sur 10 ans

Abstract

L’épidémiologie des infections fongiques invasives a récemment changé dans les populations immunodéprimées suite à une infection par le VIH, une transplantation d’organe, une chimiothérapie et chez les patients âgés. Le diagnostic des infections fongiques invasives par culture est prolongé car les champignons se développent lentement in vitro.Nous avons voulu estimer la fréquence des diagnostics de fongémie établis par le laboratoire de mycologie clinique au cours des 10 dernières années ; par une étude rétrospective ; les données ont été obtenues à partir du registre des patients du laboratoire de l’hôpital des maladies infectieuses des patients ayant un isolat fongique systémique entre 2005 et 2014. Cent trente-deux (132) infections fongiques systémiques ont été identifiées. Elles étaient plus fréquentes chez les hommes, dans le groupe d’âge entre 20 et 59 ans et chez les patients avec un diagnostic de SIDA. Les agents les plus fréquemment isolés appartenaient au genre Candida et à d’autres comme Histoplasma sp., Cryptococcus sp., Aspergillus sp. et Coccidioides sp. Sur l’ensemble des cultures de sang et de moelle osseuse reçues, 17,9 % présentaient un développement fongique ; parmi celles-ci, dans 70 % des cas, il s’agissait d’hémocultures. En général, les agents fongiques n’ont pas été suspectés sur le plan diagnostique. Nous avons identifié que Soixante pour cent (60 %) des fongémies se sont développées chez les patients atteints du SIDA, suivis par les patients atteints de septicémie. Les agents les plus courants appartenaient au genre Candida, principalement l’espèce albicans. Ils ont été plus fréquemment identifiés par hémoculture que par culture de moelle osseuse. Les infections fongiques invasives n’ont pas suivi un schéma clinique habituel et ne sont pas facilement reconnaissables.

Introduction

L’épidémiologie des infections invasives a connu des changements récents en termes d’incidence des infections fongiques dans les populations immunodéprimées par le virus de l’immunodéficience humaine (VIH), la transplantation d’organes, la chimiothérapie, et chez les patients âgés. La littérature décrit un nombre important d’infections fongiques systémiques dues à des micro-organismes filamenteux, levuriformes ou endémiques dimorphiques. 1

Deux catégories d’infections fongiques doivent être soulignées : celles d’origine opportuniste et celles d’origine endémique. Les infections endémiques sont considérées comme primaires et la susceptibilité à l’infection dépend de l’exposition géographique au champignon dans son habitat naturel. Cela est illustré par l’accès de l’hôte, par les voies respiratoires, à des organismes tels que Histoplasma capsulatum, Coccidioides immitis et Blastomyces dermatitidis.2-5

Les agents plus connus conduisant à des mycoses opportunistes comprennent Candida albicans, Cryptococcus neoformans, Aspergillus fumigatus et Pneumocystis jirovecii, qui envahissent généralement les voies respiratoires, le tractus gastro-intestinal ou les dispositifs intravasculaires. 6 En ce qui concerne la fréquence de ces infections dans certaines populations immunodéprimées, l’incidence annuelle estimée de la candidémie a été rapportée comme étant de 72 à 290 infections par million, 30 à 66 infections par million dans le cas de C. neoformans et 12 à 34 infections par million pour Aspergillus sp.7

Plus de 17 espèces différentes de Candida ont été identifiées comme agents étiologiques de la candidose systémique. Les espèces les plus courantes sont C. albicans, C. glabrata, C. parapsilosis et C. tropicalis.8, 9 Au cours des deux dernières décennies, la candidémie a augmenté chez les patients hospitalisés et chez les patients ambulatoires porteurs de cathéters à demeure à long terme. 10 , 11 La candidose est la cause la plus fréquente d’infections fongiques invasives chez les patients hospitalisés et la quatrième cause d’infection fongique en milieu de soins intensifs. 12 , 13 D’autres infections telles que la cryptococcose, l’histoplasmose et la coccidiomycose ont également augmenté en fréquence dans les populations immunodéprimées. La cryptococcose est une infection opportuniste fréquente, non seulement chez les patients séropositifs, mais aussi chez les receveurs d’organes solides et de cellules souches. 14 , 15 Cette augmentation progressive des infections fongiques invasives a eu un impact sur la morbidité et la mortalité des patients affectés ; 16 de plus, la réponse au traitement dans le contexte de la résistance antifongique intrinsèque est devenue un problème dans la gestion de ces infections et compromet davantage les taux de mortalité associés. 17

Dans cette perspective, il est nécessaire de reconnaître les tendances actuelles et l’incidence des agents fongiques pathogènes et ainsi, orienter éventuellement le clinicien en termes de diagnostic et de thérapie. En général, nous nous basons sur des données basées sur les résultats microbiologiques et les caractéristiques cliniques de l’hôte obtenues à partir de différentes études et institutions. Une étude a rapporté 983 cas d’infection fongique invasive prouvée et 875 cas probables sur une période de 5 ans, dans lesquels l’aspergillose invasive était le diagnostic le plus fréquent (43 % des cas), suivie par la candidose invasive dans 28 % des cas et la zygomycose dans 8 % des cas, 17 bien que ces résultats varient selon l’institution médicale. En 2002, l’Organisation européenne pour la recherche et le traitement du cancer et des mycoses (EORTC) a défini les facteurs établissant la classification des infections comme prouvées, probables ou possibles. 18 , 19

Nous considérons qu’il est important de connaître la fréquence des diagnostics de mycose sur la base du registre des patients de l’hôpital laboratoire de mycologie, enregistré au cours des 10 dernières années maladies infectieuses.

Matériel et méthodes

Il s’agit d’une étude rétrospective et descriptive. Les données ont été obtenues à partir du registre des patients du laboratoire de l’hôpital des maladies infectieuses, à Mexico, entre janvier 2005 et décembre 2014. Les hémocultures ont été traitées avec les systèmes automatisés BACTEC ® 9240 (Becton Dickinson Diagnostic Systems, Sparks, MD, USA) et Bact/ALERT ® 3D (bioMérieux, France). L’identification des levures a été effectuée par des procédures phénotypiques, y compris l’ensemencement dans une gélose chromogène et des tests biochimiques avec des cartes commerciales Vitek ® (bioMérieux, France). Les champignons filamenteux ont été identifiés par leurs caractéristiques macro et micromorphologiques. 20

Pour les besoins de l’étude, la fongémie a été définie comme la croissance de champignons dans le sang, la moelle osseuse ou la biopsie ; cette définition était basée sur celle des mycoses systémiques avérées établie par consensus international. 18

Analyse statistique

L’analyse globale des données et le test de normalité ont été réalisés avec des méthodes descriptives mesurant les tendances, les fréquences simples et la distribution en pourcentage des caractéristiques générales des sujets de l’étude.

Considérations éthiques

Cette étude s’est appuyée sur des données obtenues à partir du registre de la section mycologie, ainsi aucune manipulation de variables pouvant compromettre l’autonomie du patient ou affecter le principe de bienfaisance-non-malfaisance de l’individu n’a été mise en péril. Toutes les dispositions du Code de la santé en matière d’investigation et de la Déclaration d’Helsinki examinées lors de la 64e Assemblée générale qui s’est tenue à Fortaleza, au Brésil, en octobre 2013, ont été respectées ; la Déclaration s’adressait principalement aux médecins participant à des recherches sur des sujets humains et portait essentiellement sur la confidentialité des données. En outre, les règlements des lois générales sur la santé en termes de recherche en santé, article 17, ont également été remplis : cette étude ne présentait aucun risque pour les patients.

Résultats

Nous avons mené une étude descriptive basée sur les dossiers de fongémie du laboratoire de mycologie médicale entre janvier 2005 et décembre 2014 ; cent trente-deux (132) infections systémiques d’origine fongique ont été identifiées. En général, quatre flacons d’hémoculture de chaque patient ont été reçus et nous avons inclus une seule culture positive pour l’étude, même s’il y avait plus d’une hémoculture consécutive cultivant le même organisme. Les infections étaient plus fréquentes chez les hommes (75,8 %), et la plus grande fréquence de cas a été observée dans le groupe des 20 à 59 ans (moyenne 39,4 ans, écart type (ET) 13,2 ans). Dans le groupe des enfants de moins de 16 ans, l’infection a été détectée à un âge moyen de 52,8 mois (écart-type 54,1 mois) ; dans 26 cas, l’âge du patient n’était pas disponible. La maladie sous-jacente était le VIH/sida dans 63 % des cas, suivie par la septicémie, le diabète sucré et les maladies hématologiques (tableau 1 ).

Les agents les plus fréquemment isolés étaient du genre Candida (58/132), en particulier Candida albicans , suivi de Candida parapsilosis, Candida glabrata, Candida tropicalis . D’autres levures ont été identifiées, telles que plusieurs espèces de Cryptococcus . Les champignons filamenteux comprenaient Histoplasma capsulatum dans 36 cas, deux espèces d’Aspergillus sp. et deux cas de Coccidioides sp. (tableaux 2 et 3 ).

Des champignons ont été identifiés par hémoculture dans 70.5 % des cas et par culture de moelle osseuse dans 29 % des cas ; dans 20 % des cas, des champignons ont été isolés dans deux spécimens différents provenant du même patient (cultures de sang et de moelle osseuse). En termes de diagnostics présomptifs, 13% avaient été considérés comme des infections cryptococciques et 43% étaient seulement étiquetés comme un syndrome fébrile.

Nous manquons des dossiers complets sur le type de spécimen cultivé entre 2005 et 2008, seulement nous avons le rapport identifié croissance fongique. Par conséquent, nous avons évalué uniquement les données sur les spécimens avec développement fongique reçus au laboratoire depuis 2009 : 3227 spécimens ont été reçus pour une culture de sang et de moelle osseuse et un diagnostic d’infection systémique basé sur l’hémoculture a été établi dans environ 11 % des cas ; des isolats mycosiques dans les cultures de moelle osseuse étaient présents dans 6 % des échantillons (tableau 4 ).

Discussion

La fongémie présente un risque de mortalité important, notamment dans le contexte de la pandémie mondiale de VIH. 21-23 Dans des régions comme le Mexique, où les mycoses endémiques sont fréquentes, l’impact de la fongémie peut être encore plus important. Bien que la littérature médicale publiée présente certaines données épidémiologiques concernant les infections fongiques invasives, nous pensons que des facteurs tels que la suspicion clinique locale et l’approche diagnostique du clinicien sont essentiels au diagnostic opportun des infections d’origine endémique, comme d’autres l’ont mentionné. 24

Les résultats de cette étude suggèrent que les agents étiologiques de la fongémie sont similaires à ceux précédemment rapportés dans la littérature médicale ; cependant, dans notre étude, la fongémie était principalement associée au VIH/SIDA, à la septicémie et au diabète sucré plutôt que due à la transplantation d’organes. Le VIH/SIDA était un facteur prédisposant les patients à la cryptococcose, à l’histoplasmose et à la coccidioïdomycose ; ces infections semblaient suivre une évolution plus aiguë et plus sévère, probablement en raison du faible nombre de cellules CD4 dans le sang périphérique. 25-27

Dans notre étude, la plupart des fongémies étaient causées par les genres Candida, Histoplasma et Cryptococcus. Histoplasma était le deuxième champignon le plus fréquemment identifié, probablement en raison de son endémicité au Mexique. Les candidoses dues à des espèces non albicans étaient probablement le résultat de changements épidémiologiques secondaires à la prophylaxie antifongique ou d’autres facteurs affectant le spectre des pathogènes fongiques invasifs, notamment l’état clinique du patient. Les tumeurs malignes concomitantes ou la neutropénie, la chirurgie gastro-intestinale, la prématurité ou l’âge avancé, la présence de cathéters à demeure, l’utilisation d’antibiotiques à large spectre, l’insuffisance rénale, la colonisation par Candida, l’hospitalisation dans une unité de soins intensifs et l’utilisation d’une alimentation parentérale sont autant de facteurs connus pour augmenter le risque de candidémie et d’aspergillose. 6 , 14 , 28 Par fréquence, les espèces de Candida identifiées dans cette étude étaient : C. albicans, C. parapsilosis, C. glabrata et C. tropicalis , un schéma similaire à celui identifié dans d’autres publications. 2 , 29

La sensibilité diagnostique des hémocultures est faible (50 %) puisque la présence d’organismes viables dans le sang ou les fluides et le volume de sang prélevé sont essentiels à la réussite de la croissance. En outre, la culture est lente, nécessitant jusqu’à quatre semaines pour la croissance, 30 et plusieurs jours supplémentaires sont nécessaires pour l’identification des espèces. Les cultures doivent être pures pour l’identification phénotypique. 31-33

Bien que les progrès techniques en matière d’immunodiagnostic permettent un diagnostic rapide des infections fongiques, ils ont encore des limites, comme l’absence de réponse des anticorps chez les patients immunodéprimés, ce qui peut conduire à un mauvais diagnostic. Ce rapport confirme que les hémocultures font partie des procédures de dépistage requises dans l’approche diagnostique des infections chez les patients immunodéprimés présentant de la fièvre. Les techniques microbiologiques et histologiques conventionnelles restent la pierre angulaire des diagnostics fongiques, en particulier dans les pays où les développements techniques diagnostiques ne sont pas généralement disponibles.

Gratitude aux médecins, aux infirmières et au personnel de laboratoire de l’hôpital des maladies infectieuses.

Financement

Aucune source de financement externe n’a été reçue pour cette étude.

Déclaration d’intérêt

Les auteurs ne signalent aucun conflit d’intérêts. Les auteurs sont seuls responsables du contenu et de la rédaction de l’article.

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