HHpred

Du kan hjälpa EcoliWiki genom att redigera innehållet på denna sida. Information om hur du blir en registrerad användare och får redigeringsrättigheter finns i Hjälp:Konton.

<protect>

HHHpred

Detektera avlägsna homologier genom att jämföra dolda Markovmodeller

Dep. Protein Evolution at the Max-Planck Institute for Developmental Biology

edit table

</protect>

kort beskrivning

Dela med dig av dina kunskaper och idéer. Hur du kan hjälpa till. Se hjälpsidorna om du behöver hjälp med att använda wikin

Hemsida

HHHsearch är ett program för sökning av proteinsekvenser som är gratis för icke-kommersiellt bruk. HHpred är en gratis server för prediktion av proteinfunktioner och proteinstrukturer som bygger på HHsearch-metoden. HHpred/HHsearch är bland de mest populära metoderna för prediktion av proteinstrukturer och upptäckt av fjärrrelaterade sekvenser och har citerats över 380 gånger.

Sekvenssökningar utförs ofta av biologer för att härleda ett okänt proteins funktion från dess sekvens. För detta ändamål jämförs proteinets sekvens med sekvenser av andra proteiner i offentliga databaser och dess funktion härleds från de mest likartade sekvenserna. Ofta kan inga sekvenser med antecknade funktioner hittas i en sådan sökning. I detta fall krävs mer känsliga metoder för att identifiera mer avlägset besläktade proteiner eller proteinfamiljer. Från dessa relationer kan hypoteser om proteinets funktioner, struktur och domänsammansättning härledas. HHsearch utför sökningar med en proteinsekvens genom databaser. HHpred-servern och programvarupaketet HHsearch erbjuder många populära, regelbundet uppdaterade databaser, t.ex. Protein Data Bank samt databaserna InterPro, Pfam, COG och SCOP.

HHHpred/HHsearch tillhör klassen av verktyg för jämförelse mellan profiler och profiler, som omfattar de hittills känsligaste metoderna för sekvenssökning. De representerar både söksekvensen och databassekvenserna genom sekvensprofiler, även kallade positionsspecifika poängmatriser (PSSMs). Profilerna beräknas från en multipel sekvensanpassning av relaterade sekvenser som vanligtvis samlas in med hjälp av programmet PSI-BLAST från National Center for Biotechnology Information (NCBI). En profil är en matris som för varje position i frågesekvensen innehåller likhetspoängen för de 20 aminosyrorna. Dessa poäng beräknas utifrån frekvensen av aminosyrorna på motsvarande positioner i den multipla sekvensanpassningen. Eftersom profiler innehåller mycket mer information än en enskild sekvens (t.ex. den positionsspecifika bevarandegraden) är metoder för jämförelse mellan profiler och profiler mycket kraftfullare än metoder för jämförelse mellan sekvenser som BLAST eller metoder för jämförelse mellan profiler och sekvenser som PSI-BLAST.

HHHpred/HHsearch representerar frågeproteiner och proteiner i databaser med hjälp av dolda Markovmodeller för profiler (HMMs), en utvidgning av sekvensprofiler som också registrerar positionsspecifika frekvenser för insättning och borttagning av aminosyror. HHsearch söker i en databas av HMM:er med en HMM för en fråga. Innan sökningen påbörjas i den aktuella databasen av HMM:er bygger HHsearch/HHpred upp en multipel sekvensanpassning av relaterade sekvenser med hjälp av en kontextspecifik version av PSI-BLAST, kallad CSI-BLAST. Från denna anpassning beräknas en profil HMM. Databaserna innehåller HMM:er som förberäknas på samma sätt med hjälp av PSI-BLAST. Resultatet av HHpred och HHsearch är en rangordnad lista över databasmatchningar (inklusive E-värden och sannolikheter för ett sant samband) och de parvisa sekvensanpassningarna mellan fråga och databas. En sökning i PDB-databasen över proteiner med löst 3D-struktur tar några minuter. Om en signifikant matchning med ett protein med känd struktur (en ”mall”) hittas i PDB-databasen gör HHpred det möjligt att bygga en homologimodell med hjälp av MODELLER-programvaran, med utgångspunkt i den parvisa anpassningen mellan fråga och mall.

Tillämpningar av HHpred/HHsearch omfattar prediktion av proteinstrukturer, prediktion av funktioner, prediktion av domäner, prediktion av domängränser och evolutionär klassificering av proteiner. I CASP7-jämförelseexperimentet rankades HHpred5 på andra plats av 68 servrar för automatisk strukturprediktion, samtidigt som den var mer än 50 gånger snabbare än de 20 bästa servrarna.

Länkar

http://toolkit.tuebingen.mpg.de/hhpred

http://toolkit.lmb.uni-muenchen.de/hhpred

Krav

Webserver

Anteckningar för användare

CASP-webbplats: http://predictioncenter.org/

Homologidetektion av proteiner från yttre membran: HHomp

Se Hjälp:Referenser för hur man hanterar referenser i EcoliWiki.