Grunderna för 2D DIGE

Tekniken för tvådimensionell (2D) gelelektrofores är ett kraftfullt verktyg för att separera komplexa blandningar av proteiner, men sedan den började användas i mitten av 1970-talet har den fått rykte om sig att vara mycket svår att behärska, och den har i allmänhet använts på bästa sätt av experter. Introduktionen av kommersiellt tillgängliga immobiliserade pH-gradienter i början av 1990-talet gav ökad reproducerbarhet och enklare protokoll, vilket ledde till en markant ökning av teknikens popularitet. Variationen från gel till gel var dock fortfarande svår att kontrollera utan användning av tekniska replikat. I mitten av 1990-talet (samtidigt som ”proteomiken” föddes) förverkligades konceptet med multiplexering av fluorescensmärkta proteiner för 2D-gelseparation av Jon Mindens grupp och har lett till möjligheten att utforma experiment för att praktiskt taget eliminera variationen från gel till gel, vilket resulterade i att biologiska replikat användes för statistisk analys med möjlighet att upptäcka mycket små förändringar i den relativa proteinmängden. Denna teknik kallas 2D difference gel electrophoresis (2D DIGE).