GROMACS-handledning

Dessa handledningar är utformade som introduktionsmaterial till användningen av simuleringspaketet GROMACS. GROMACS är en gratis programvara med öppen källkod och har konsekvent varit en av de snabbaste (om inte den snabbaste) molekyldynamikkoderna som finns tillgängliga.

Det finns för närvarande sju handledningar tillgängliga:

1. Lysozym i vatten: Syftet med denna handledning är att ge nya användare en grundläggande introduktion till de verktyg som används för att förbereda, köra och utföra enkla analyser på ett ”typiskt” system med GROMACS.
2. KALP15 i DPPC: Denna handledning är mer avancerad och avsedd för mer erfarna användare som vill simulera membranproteiner och förstå kraftfältets struktur och modifiering.
3. Umbrella Sampling: Denna handledning är också något avancerad och är avsedd för användare som vill lära sig att använda paraplyprovtagning för att beräkna potentialen för medelkraft (PMF) längs en enda, linjär frihetsgrad.
4. Bifasiska system: Den femte handledningen instruerar användaren om hur man hanterar ett protein-ligandsystem, med fokus på korrekt ligandparametrering och hantering av topologi.
5. Lösningsenergi: Den femte handledningen instruerar användaren om hur man hanterar ett protein-ligandsystem, med fokus på korrekt ligandparametrering och hantering av topologi.
6. Lösningsenergin: Denna handledning beskriver förfarandet för att utföra en enkel beräkning av fri energi, eliminering av van der Waals-interaktioner mellan en enkel molekyl (metan) och vatten. Mer komplicerade system diskuteras.
7. Virtuella platser: Denna handledning guidar användaren genom manuell konstruktion av virtuella platser för en mycket enkel linjär, triatomär molekyl (CO2).

Alla dessa handledningar förutsätter att du använder GROMACS version 2018 eller senare. Om du använder en äldre version kommer inte alla funktioner som beskrivs här att fungera! Vissa av .mdp-alternativen och kommandoradsargumenten ändras mellan versionerna, särskilt med nya funktioner som infördes i versionerna 5.0 och 5.1, och även vissa ändringar sedan 2016.x-serien. Om du använder en annan version ska du vara förvarnad: handledningarna kommer sannolikt inte att fungera som förväntat.

I slutet av varje handledning hittar du mina kontaktuppgifter så att du kan ge kommentarer eller rapportera något som du tycker är felaktigt. Jag uppskattar verkligen den här typen av feedback, eftersom den hjälper mig att utforma bättre handledningar och rätta till saker som inte är tydliga (eller ibland felaktiga, oops). Jag måste be er att inte kontakta mig för allmän GROMACS-hjälp eller råd om ert projekt. Jag översvämmas ständigt av förfrågningar om hjälp och jag har helt enkelt inte tid att hjälpa alla.

Jag hoppas att du finner dessa handledningar användbara. Om du använder dessa protokoll för din forskning ber jag dig att citera den artikel som förklarar den teoretiska bakgrunden till dessa handledningar:

J.A. Lemkul (2018) ”From Proteins to Perturbed Hamiltonians: A Suite of Tutorials for the GROMACS-2018 Molecular Simulation Package, v1.0” Living J. Comp. Mol. Sci. In Press. GitHub

Happy simulering!

För GROMACS installationsinstruktioner, se här.