FlyBase: The Drosophila Database

FlyBase har ett arkiv för bilder (flybase/allied-data/ images). Ett projekt, tillsammans med Dr N. Patel, för att ta bilder av enhancer trap-linjer pågår. Dessa bilder kommer att länkas till andra objekt (t.ex. bestånd, alleler) i FlyBase.

Även om det inte rör sig om allied data gör FlyBase hela den oförändrade texten i Lindsley och Zimm ( 3 ) tillgänglig (med tillåtelse från Academic Press) och för en fil med de fel i denna bok som har uppmärksammats. Texten i den tidigare Lindsley och Grell ( 2 ) är också tillgänglig på FlyBase.

Implementering

FlyBase är byggd med ett relationellt databashanteringssystem (Sybase). Det nuvarande schemat har implementerats för de flesta data och de flesta filer som nås via FlyBase-servrarna är produkter av Sybase-tabellerna. Schemat håller nu på att utvidgas för att rymma fysiska kartor och sekvenser från de större Drosophila-genomprojekten.

FlyBase-data underhålls av kuratorer som arbetar utifrån litteraturen och fyller i ett standardformulär som analyseras i Sybase-tabellerna.

Access

FlyBase erbjuder användarna en mängd olika sätt att få tillgång till data: WWW, gopher, ftp av platta filer och via Encyclopaedia of Drosophila , som använder en version av ACeDB.

FlyBase är för närvarande tillgänglig på tre platser, Harvard och Indiana Universities. FlyBase WWW-serveren vid Harvard (se adresserna nedan) ger tillgång till sökverktygen CytoSearch (för sökning på grundval av cytologisk kartposition) och SymbolSearch (för sökning efter gen-, aberrations- eller transposonsymbol, med fullt stöd för wildcards) samt tillgång till alla FlyBase-datatatjänster som finns tillgängliga via Indiana-servern. Harvard-servern stöder endast http och kräver därför en webbläsare som Mosaic, Netscape eller Lynx. Servern i Indiana stöder flera protokoll, inklusive http, Gopher och ftp, och är tillgänglig för ett stort antal klienter. Strukturerade platta filer som produceras av Sybase är tillgängliga för sökning, kopiering eller bläddring. Användare av interaktiva klienter (t.ex. Gopher+, Mosaic, Netscape) kan begära lager, uppdatera eller lägga till i katalogen över Drosophila-arbetare och skicka e-post till FlyBase-konsortiet från FlyBase.

De platta filer som härleds från Sybase-tabellerna är ofta tillgängliga i flera olika format, samt indexerade för sökningar. Bibliografin finns till exempel tillgänglig i Unix REFER-format (som kan användas av många bibliografiska paket) samt i text- och ”comma separated values”-format. De genetiska uppgifterna finns i läsbara textformat och i ett format där olika fält är kodade (det senare gör det möjligt för användare att skriva enkel kod för att konstruera egna sökningar på uppgifterna).

FlyBase publicerar en delmängd av uppgifterna i tryckt form i form av specialnummer av Drosophila Information Service . Två sådana nummer publicerades i juni 1994: DIS 73 innehåller uppgifter om genloci, genfunktion och synonymer för gener och alleler. DIS 74 är en bibliografi över Drosophila-litteraturen för perioden 1982-1993.

FlyBase och Berkeley Drosophila Genome Project publicerar tillsammans The Encyclopaedia of the Drosophila Genome (version 2, oktober 1995). Här presenteras en sammanslagning av informationen i FlyBase med data från Berkeley-projektet som kan ses via en ACeDB-klient. Detta samarbetsprojekt har inneburit en anpassning av ACeDB för Drosophila (av Suzanna Lewis i Berkeley), en anpassning av ACeDB till Mac-plattformar (av Cyrus Harmon i Berkeley) och ett gränssnitt mellan Sybase och ACeDB (av Eddy Welbourne i Cambridge). Encyklopedin är tillgänglig från FlyBase på cd-rom (för Mac) eller via ftp från FlyBase-servern i Indiana för Unix- och Mac-plattformar.

Interaktion med användargruppen är avgörande för FlyBases framgång. Vi uppmuntrar inlämning av nya data, rättelse av fel och idéer för att göra denna databas ännu mer användbar för samhället.

Dokumentation

En fullständig FlyBase Reference Manual finns tillgänglig från FlyBase-servrarna som antingen text- eller Postscript-filer (flybase/docs/Reference-manual.txt; flybase/docs/Reference-manual.ps). En kortare användarhandbok finns också tillgänglig (flybase/docs/User-manual.txt och.ps) liksom en kort introduktion ”About FlyBase” (flybase/About-fly-base).

Nyheter om ändringar i FlyBase skickas till nyhetsgruppen bionet. drosophila.

Referenser till FlyBase

Vi föreslår att FlyBase refereras på följande sätt:

Vi föreslår att förkortningen FB används för FlyBase, oavsett vilken FlyBase-produkt som används.

Adresser

Harvard FlyBase-serveren har URL http://morgan.harvard.edu/ .

En cd-rom med Drosophila Encyclopaedia of Drosophila (för Mac) kan köpas till ett nominellt pris från D. Palmer, Biological Laboratories, 16 Divinity Avenue, Harvard University, Cambridge, MA 02138, USA (FAX +1 617 495 9300).

Encyclopaedia of Drosophila finns tillgänglig för Unix-system (Sun, SGI och DEC Alpha) och för Macs via ftp från flybase.bio.indiana.edu (logga in med användarnamn eofd och lösenord FlyBase).

Frågor om Indiana FlyBase-servern kan ställas till [email protected] .

Förfrågningar om hjälp och frågor om FlyBase ska ställas till [email protected] . Rapporter om fel i FlyBase eller uppdateringar av data ska skickas till [email protected] . Post kan skickas till FlyBase, Biological Laboratories, Harvard University, 16 Divinity Avenue, Cambridge, MA 02138, USA.

Acknowledgements

FlyBase stöds av ett bidrag från National Institutes of Health (National Center for Human Genome Research). Den har också fått stöd av ett bidrag från Medical Research Council, London. John Merriam (UCLA) var medlem av konsortiet fram till juli 1994. Vi tackar honom för hans ovärderliga bidrag.

Författarnoter