CellProfiler / CellProfiler-Analyst

—————–

Version	Documentation	Forum

CellProfiler-Analytiker gör det möjligt att interaktivt undersöka och analysera data,särskilt från bildbaserade experiment med hög genomströmning. Inkluderat är ett övervakat system för maskininlärning som kan tränas för att känna igen komplexa och subtila fenotyper, för automatisk poängsättning av miljontals celler.

Installation

Ladda ner CellProfiler Analyst

CellProfiler Analyst kräver JDK 1.8 (inte bara JRE).Kontrollera Java-sökvägen.

Bemärk att detta är utvecklingsgrenen av CPA och att den kommer att uppdateras regelbundet.

Hitta alla utgåvor här.

För att få ett första intryck kan du ladda ner ett exempel på dataset här: För att få en första start, ladda ner här: Example Dataset for CPA (zipped)

Developer build

För att bygga CPA på din maskin krävs CellProfiler-beroenden. Se wikifor mer detaljerade installationsinstruktioner.

• Pandas
• Seaborn
• Scikit-learn
• Javabridge
• Verlib
• Python-bioformat

Dokumentation

Wiki

Forum

CellProfiler Analytikerutveckling diskuteras på CellProfiler Forumlist.

Hur man lämnar in nya problem

Bifoga tillräcklig information för att reproducera felet. För mångabugs är det lämpligt att bifoga en egenskapsfil, en träningsuppsättning eller en skärmdump.

Hur man citerar

David Dao, Adam N Fraser, Jane Hung, Vebjorn Ljosa, Shantanu Singh och Anne E Carpenter
CellProfiler Analyst: interaktiv dataexploration, analys och klassificering av stora biologiska bilduppsättningar
Bioinformatics (2016) doi:10.1093/bioinformatics/btw390

Thouis R Jones, In Han Kang, Douglas B Wheeler, Robert A Lindquist, Adam Papallo, David M Sabatini, Polina Golland och Anne E Carpenter
CellProfiler Analyst: datautforsknings- och analysmjukvara för komplexa bildbaserade screeningar
BMC Bioinformatics (2008) doi:10.1186/1471-2105-9-482

Medarbetare

David Dao, Adam Fraser, Vebjorn Ljosa, Thouis R. Jones, Jane Hung, Shantanu Singh, Mark Bray, Lee Kamentsky, Anne Carpenter

Kudos

David Logan, Allen Goodman, Alison Kozol, Mohammad Hossein Rohban