Tutoriale GROMACS

Aceste tutoriale sunt concepute ca material introductiv în utilizarea pachetului de simulare GROMACS. GROMACS este un software gratuit, open-source, și a fost în mod constant unul dintre cele mai rapide (dacă nu chiar cel mai rapid) coduri de dinamică moleculară disponibile.

Există în prezent șapte tutoriale disponibile:

1. Lysozyme in Water: Intenția acestui tutorial este de a oferi noilor utilizatori o introducere de bază în instrumentele utilizate pentru a pregăti, rula și efectua analize simple pe un sistem „tipic” cu GROMACS.
2. KALP15 în DPPC: Acest tutorial este mai avansat și este conceput pentru utilizatorii mai experimentați care doresc să simuleze proteine membranare și să înțeleagă structura și modificarea câmpului de forțe.
3. Umbrella Sampling: De asemenea, oarecum avansat, acest tutorial este destinat utilizatorilor care doresc să învețe să utilizeze eșantionarea umbrelă pentru a calcula potențialul forței medii (PMF) de-a lungul unui singur grad de libertate liniar.
4. Biphasic Systems: Construcția unui sistem bifazic ciclohexan-apă.
5. Complex proteină-ligand: Al cincilea tutorial instruiește utilizatorul cu privire la modul de abordare a unui sistem proteină-ligand, cu accent pe parametrizarea adecvată a ligandului și pe manipularea topologiei.
6. Free Energy of Solvation: Acest tutorial descrie procedura de efectuare a unui calcul simplu al energiei libere, eliminarea interacțiunilor van der Waals între o moleculă simplă (metan) și apă. Sunt discutate sisteme mai complicate.
7. Virtual Sites: Acest tutorial ghidează utilizatorul prin construirea manuală a site-urilor virtuale pentru o moleculă liniară foarte simplă, triatomică (CO2).

Toate aceste tutoriale presupun că utilizați GROMACS versiunea 2018 sau o versiune mai nouă. Dacă utilizați o versiune mai veche, nu toate caracteristicile detaliate aici vor funcționa! Unele dintre opțiunile .mdp și argumentele din linia de comandă se schimbă de la o versiune la alta, în special în cazul noilor caracteristici introduse în versiunile 5.0 și 5.1, și chiar unele modificări față de seria 2016.x. Dacă utilizați o versiune diferită, fiți avertizați: este posibil ca tutorialele să nu funcționeze conform așteptărilor.

La sfârșitul fiecărui tutorial veți găsi informațiile mele de contact pentru a oferi comentarii sau pentru a raporta orice lucru pe care îl considerați incorect. Apreciez sincer acest tip de feedback, deoarece mă ajută să concep tutoriale mai bune și să corectez lucrurile care nu sunt clare (sau uneori greșite, oops). Trebuie să vă rog să nu mă contactați pentru ajutor general GROMACS sau sfaturi despre proiectul dumneavoastră. Sunt în permanență inundat de cereri de ajutor și pur și simplu nu am timp să fiu de ajutor pentru toată lumea.

Sper că veți găsi aceste tutoriale utile. Dacă folosiți aceste protocoale pentru cercetarea dumneavoastră, vă rog să citați lucrarea care explică contextul teoretic al acestor tutoriale:

J.A. Lemkul (2018) „From Proteins to Perturbed Hamiltonians: A Suite of Tutorials for the GROMACS-2018 Molecular Simulation Package, v1.0” Living J. Comp. Mol. Sci. în curs de publicare. GitHub

Simulare fericită!

Pentru instrucțiunile de instalare a GROMACS, consultați aici.