HHpred

Puteți ajuta EcoliWiki prin editarea conținutului acestei pagini. Pentru informații despre cum să deveniți un utilizator înregistrat și să obțineți privilegii de editare, consultați Ajutor:Conturi.

<protect>

HHpred

Detectă omologii la distanță prin compararea modelelor Markov ascunse

Dep. of Protein Evolution at the Max-Planck Institute for Developmental Biology

edit table

</protect>

Scurtă descriere

Împărtășiți-vă cunoștințele și ideile. Cum puteți ajuta. Vedeți paginile de ajutor dacă aveți nevoie de ajutor în utilizarea wiki

Pagina principală

HHsearch este un program pentru căutarea secvențelor de proteine care este gratuit pentru uz necomercial. HHpred este un server gratuit de predicție a funcțiilor și structurilor proteice bazat pe metoda HHsearch. HHpred/HHsearch se numără printre cele mai populare metode de predicție a structurii proteinelor și de detectare a secvențelor înrudite la distanță, fiind citate de peste 380 de ori.

Bucătările de secvențe sunt frecvent efectuate de biologi pentru a deduce funcția unei proteine necunoscute din secvența sa. În acest scop, secvența proteinei este comparată cu secvențele altor proteine din bazele de date publice, iar funcția sa este dedusă din cele ale secvențelor cele mai asemănătoare. Adesea, în cadrul unei astfel de căutări nu se pot găsi secvențe cu funcții adnotate. În acest caz, sunt necesare metode mai sensibile pentru a identifica mai multe proteine sau familii de proteine înrudite la distanță. Din aceste relații, se pot deduce ipoteze despre funcțiile, structura și compoziția domeniilor proteinei. HHsearch efectuează căutări cu o secvență de proteine prin intermediul bazelor de date. Serverul HHpred și pachetul software HHsearch oferă multe baze de date populare, actualizate în mod regulat, cum ar fi Protein Data Bank, precum și bazele de date InterPro, Pfam, COG și SCOP.

HHpred/HHsearch aparține clasei de instrumente de comparare profil-profil, care include cele mai sensibile metode de căutare a secvențelor de până acum. Acestea reprezintă atât secvența de interogare, cât și secvențele din baza de date prin profiluri de secvențe, numite și matrice de scoruri specifice poziției (PSSM). Profilurile sunt calculate dintr-o aliniere de secvențe multiple de secvențe înrudite, care sunt de obicei colectate cu ajutorul programului PSI-BLAST de la National Center for Biotechnology Information (NCBI). Un profil este o matrice care conține, pentru fiecare poziție din secvența de interogare, scorul de similaritate pentru cei 20 de aminoacizi. Aceste scoruri sunt calculate din frecvențele aminoacizilor în pozițiile corespunzătoare din alinierea secvențelor multiple. Deoarece profilurile conțin mult mai multe informații decât o singură secvență (de exemplu, gradul de conservare specific poziției), metodele de comparare profil-profil sunt mult mai puternice decât metodele de comparare secvență-secvență, cum ar fi BLAST, sau metodele de comparare profil-secvență, cum ar fi PSI-BLAST.

HHpred/HHsearch reprezintă proteinele din interogare și din baza de date prin modele Markov ascunse de profil (HMM), o extensie a profilurilor de secvență care înregistrează, de asemenea, frecvențele de inserție și deleție de aminoacizi specifice poziției. HHsearch caută într-o bază de date de HMM-uri cu un HMM de interogare. Înainte de a începe căutarea în baza de date reală de HMM-uri, HHsearch/HHpred construiește o aliniere de secvențe multiple de secvențe înrudite folosind o versiune a PSI-BLAST specifică contextului, numită CSI-BLAST. Din această aliniere, se calculează un profil HMM. Bazele de date conțin HMM-uri care sunt precalculate în același mod cu ajutorul PSI-BLAST. Rezultatul HHpred și HHsearch este o listă clasificată a corespondențelor din bazele de date (inclusiv valorile E și probabilitățile pentru o relație adevărată) și alinierile secvenței de interogare pe perechi între baza de date. O căutare în baza de date PDB a proteinelor cu structură 3D rezolvată durează câteva minute. Dacă în baza de date PDB se găsește o potrivire semnificativă cu o proteină cu structură cunoscută (un „șablon”), HHpred permite construirea unui model de omologie cu ajutorul software-ului MODELLER, pornind de la alinierea perechi interogare-șablon.

Aplicațiile HHpred/HHsearch includ predicția structurii proteice, predicția funcției, predicția domeniului, predicția limitei domeniului și clasificarea evolutivă a proteinelor. În experimentul de referință CASP7, HHpred5 s-a clasat pe locul 2 din 68 de servere de predicție automată a structurii, fiind în același timp de peste 50 de ori mai rapid decât cele mai bune 20 de servere.

Links

http://toolkit.tuebingen.mpg.de/hhpred

http://toolkit.lmb.uni-muenchen.de/hhpred

Requirements

Webserver

User notes

CASP website: http://predictioncenter.org/

Detecția homologiei proteinelor din membrana externă: HHomp

Vezi Help:References pentru cum să gestionezi referințele în EcoliWiki.

.