FlyBase: The Drosophila Database

FlyBase are un depozit pentru imagini (flybase/allied-data/ images). Este în curs de desfășurare un proiect, împreună cu Dr. N. Patel, pentru a capta imagini ale liniilor de capcane enhancer. Aceste imagini vor fi legate de alte obiecte (de exemplu, stocuri, alele) în FlyBase.

Deși nu sunt date aliate, FlyBase pune la dispoziție textul complet și neschimbat al lui Lindsley și Zimm ( 3 ) (cu permisiunea Academic Press) și păstrează un fișier cu erorile din această carte care au fost observate. Textul cărții anterioare Lindsley și Grell ( 2 ) este, de asemenea, disponibil pe FlyBase.

Implementare

FlyBase este construit cu un sistem de management al bazelor de date relaționale (Sybase). Schema actuală a fost implementată pentru majoritatea datelor și majoritatea fișierelor accesate prin intermediul serverelor FlyBase sunt produse ale tabelelor Sybase. În prezent, schema este în curs de extindere pentru a găzdui hărți fizice și secvențe din principalele proiecte privind genomul Drosophila.

Datele FlyBase sunt întreținute de curatori care lucrează din literatura de specialitate și completează un formular standard care este analizat în tabelele Sybase.

Acces

FlyBase oferă utilizatorilor o varietate de moduri de acces: WWW, gopher, ftp de fișiere plate și, prin intermediul Encyclopaedia of Drosophila , care utilizează o versiune ACeDB.

FlyBase este în prezent accesibilă în trei locații, la Universitățile Harvard și Indiana. Serverul WWW FlyBase de la Harvard (a se vedea adresele de mai jos) oferă acces la instrumentele de căutare CytoSearch (pentru căutarea pe baza poziției pe harta citologică) și SymbolSearch (pentru căutarea după simbolul genei, aberației sau transpozonului, cu suport complet pentru wild cards), precum și acces la întregul set de servicii de date FlyBase disponibile prin serverul din Indiana. Serverul de la Harvard suportă doar http și, prin urmare, necesită un browser precum Mosaic, Netscape sau Lynx. Serverul de la Indiana suportă mai multe protocoale, inclusiv http, Gopher și ftp și este accesibil pentru o gamă largă de clienți. Fișierele plate structurate care provin de la Sybase sunt disponibile pentru interogare, copiere sau navigare. Utilizatorii de clienți interactivi (de exemplu, Gopher+, Mosaic, Netscape) pot solicita stocuri, actualiza sau adăuga la directorul de lucrători Drosophila și pot trimite e-mailuri către consorțiul FlyBase din cadrul FlyBase.

Arhivele plate derivate din tabelele Sybase sunt adesea disponibile în mai multe formate, precum și indexate pentru interogări. De exemplu, bibliografia este disponibilă în format Unix REFER (care poate fi utilizat de multe pachete bibliografice), precum și în format text și în format „comma separated values”. Datele genetice sunt disponibile în formate text lizibile și într-un format în care diferite câmpuri sunt codificate (acestea din urmă permit utilizatorilor să scrie un cod simplu pentru a-și construi propriile interogări asupra datelor).

FlyBase publică un subset de date în formă tipărită ca numere speciale ale Drosophila Information Service . Două astfel de numere au fost publicate în iunie 1994: DIS 73 include date privind loci de gene, funcția genelor și sinonimele genelor și alelelor; DIS 74 este o bibliografie a literaturii despre Drosophila pentru perioada 1982-1993.

FlyBase și Berkeley Drosophila Genome Project publică în comun The Encyclopaedia of the Drosophila Genome (versiunea 2, octombrie 1995). Aceasta prezintă o fuziune a informațiilor din FlyBase cu datele proiectului Berkeley, care pot fi vizualizate prin intermediul unui client ACeDB. Acest proiect de colaborare a implicat adaptarea ACeDB pentru Drosophila (de către Suzanna Lewis din Berkeley), o portare a ACeDB pe platforme Mac (de către Cyrus Harmon din Berkeley) și o interfață între Sybase și ACeDB (de către Eddy Welbourne din Cambridge). Enciclopedia este disponibilă de la FlyBase sub formă de CD-ROM (pentru Mac) sau prin ftp de pe serverul FlyBase din Indiana pentru platformele Unix și Mac.

Interacțiunea cu comunitatea de utilizatori este vitală pentru succesul FlyBase. Încurajăm trimiterea de noi date, corectarea erorilor și idei pentru ca această bază de date să fie și mai utilă pentru comunitate.

Documentație

Un manual de referință complet al FlyBase este disponibil pe serverele FlyBase sub formă de fișiere text sau Postscript (flybase/docs/Reference-manual.txt; flybase/docs/Reference-manual.ps). Un manual de utilizare mai scurt este, de asemenea, disponibil (flybase/docs/User-manual.txt și.ps), precum și o scurtă introducere „About FlyBase” (flybase/About-fly-base).

Știri despre modificările aduse la FlyBase sunt postate pe grupul de știri bionet. drosophila.

Referencing FlyBase

Sugerim ca FlyBase să fie menționat după cum urmează:

Sugerim ca abrevierea FB să fie folosită pentru FlyBase, indiferent de produsul FlyBase particular.

Adrese

Serverul FlyBase de la Harvard are adresa URL http://morgan.harvard.edu/ .

Un CD-ROM al Encyclopaedia of Drosophila (pentru Mac) poate fi achiziționat la un cost nominal de la dna D. Palmer, Biological Laboratories, 16 Divinity Avenue, Harvard University, Cambridge, MA 02138, SUA (FAX +1 617 495 9300).

The Encyclopaedia of Drosophila este disponibilă pentru sistemele Unix (Sun, SGI și DEC Alpha) și pentru Mac-uri prin ftp de la flybase.bio.indiana.edu (conectați-vă cu numele de utilizator eofd și parola FlyBase).

Întrebările despre serverul Indiana FlyBase pot fi adresate la [email protected] .

Cererile de ajutor și întrebările despre FlyBase pot fi adresate la [email protected] . Rapoartele privind erori în FlyBase sau actualizări de date, trebuie adresate la [email protected] . Poșta poate fi adresată la FlyBase, Biological Laboratories, Harvard University, 16 Divinity Avenue, Cambridge, MA 02138, SUA.

Recunoștințe

FlyBase este susținut de un grant de la National Institutes of Health (National Center for Human Genome Research). De asemenea, a fost susținută de un grant de la Medical Research Council, Londra. John Merriam (UCLA) a fost membru al consorțiului până în iulie 1994. Îi mulțumim pentru contribuțiile sale neprețuite.

Note ale autorului

.