CellProfiler / CellProfiler-Analyst

—————–

CellProfiler Analyst permite explorarea și analiza interactivă a datelor,în special din experimente de mare randament, bazate pe imagini. Este inclus un sistem de învățare automată supervizată care poate fi antrenat să recunoască fenotipuri complexe și subtile, pentru evaluarea automată a milioane de celule.

Instalare

Descărcați CellProfiler Analyst

CellProfiler Analyst necesită JDK 1.8 să fie instalat (nu doar JRE). verificați calea Java.

Rețineți că aceasta este ramura de dezvoltare a CPA și va fi actualizată în mod regulat.

Căutați toate versiunile aici.

Pentru un început, descărcați un set de date de exemplu aici: Example Dataset for CPA (zipped)

Developer build

Constituirea CPA pe calculatorul dumneavoastră necesită dependențele CellProfiler. Consultați wikipentru instrucțiuni de instalare mai detaliate.

• Pandas
• Seaborn
• Scikit-learn
• Javabridge
• Verlib
• Python-bioformats

Documentație

Wiki

Forum

Dezvoltarea analistului CellProfiler este discutată pe lista de forumuri CellProfiler.

Cum să depuneți probleme noi

Vă rugăm să atașați suficiente informații pentru a reproduce problema. Pentru multe bug-uri, este adecvat să atașați un fișier de proprietăți, un set de antrenament,sau o captură de ecran.

Cum se citează

David Dao, Adam N Fraser, Jane Hung, Vebjorn Ljosa, Shantanu Singh și Anne E Carpenter
CellProfiler Analyst: interactive data exploration, analysis and classification of large biological image sets
Bioinformatics (2016) doi:10.1093/bioinformatics/btw390

Thouis R Jones, In Han Kang, Douglas B Wheeler, Robert A Lindquist, Adam Papallo, David M Sabatini, Polina Golland și Anne E Carpenter
CellProfiler Analyst: software de explorare și analiză a datelor pentru ecrane complexe bazate pe imagini
BMC Bioinformatics (2008) doi:10.1186/1471-2105-9-482

Contributori

David Dao, Adam Fraser, Vebjorn Ljosa, Thouis R. Jones, Jane Hung, Shantanu Singh, Mark Bray, Lee Kamentsky, Anne Carpenter

Kudos

David Logan, Allen Goodman, Alison Kozol, Mohammad Hossein Rohban