Baza de date CAZy/baza de date privind enzimele active în carbohidrați (CAZy): Principles and Usage Guidelines

Abstract

Carbohydrate-Active enZymes (CAZymes) asamblează, descompun și modifică glicani și glicoconjugate folosind modulele lor catalitice și de legare (domenii proteice funcționale). Baza de date CAZy oferă din 1998 o clasificare online și actualizată continuu a modulelor CAZyme (Lombard et al. 2014). Fiecare familie de module din clasificarea CAZy a fost creată pe baza modulelor proteice caracterizate experimental din literatura de specialitate, iar familiile sunt populate cu secvențe de module înrudite din bazele de date publice de secvențe proteice. Deoarece niciun prag universal nu permite clasificarea sistematică a diferitelor familii CAZyme, adnotările CAZy rezultă dintr-o combinație expertă de modelare/calibrare a modulelor și de curatoriat uman. Adnotările CAZy sunt puse la dispoziția publicului pentru toate proteinele publicate de GenBank (Benson et al. 2012), Swiss-Prot (Boutet et al. 2016) și de Protein Data Bank (PDB; http://www.rcsb.org; (Berman et al. 2000)). Mai mult, informațiile structurale funcționale și tridimensionale, curatoriate din literatura de specialitate în mod regulat, constituie valori adăugate esențiale pentru adnotarea CAZy. În acest spirit, a fost dezvoltată recent afișarea informațiilor despre liganzi din complexele cristalografice (Lombard et al. 2014). Acest capitol va ghida cititorul prin utilizarea CAZy pentru a căuta adnotări enzimatice. De asemenea, va răspunde la întrebări frecvente, cum ar fi: (i) cum se obțin adnotările CAZy pentru o anumită proteină, un genom sau un metagenom, (ii) cum se face ca o familie recent caracterizată să fie inclusă în schema de clasificare CAZy, (iii) de ce CAZy nu acoperă toate familiile de proteine legate de glicani/glicoconjugate și (iv) de ce CAZy nu transferă adnotările funcționale la secvențe similare. În cele din urmă, prezentăm aici un instrument recent asociat cu CAZy, și anume, predictorul și baza de date Polysaccharide Utilization Loci (PUL) în speciile Bacteroidetes (Terrapon et al. 2015).

.