Tutoriais GROMACS

Estes tutoriais foram concebidos como material introdutório ao uso do pacote de simulação GROMACS. GROMACS é software livre, de código aberto, e tem sido consistentemente um dos mais rápidos (se não o mais rápido) códigos de dinâmica molecular disponíveis.

Existem atualmente sete tutoriais disponíveis:

1. Lysozyme in Water: A intenção deste tutorial é dar aos novos usuários uma introdução básica sobre as ferramentas utilizadas para preparar, executar e executar análises simples em um sistema “típico” com GROMACS.
2. KALP15 em DPPC: Este tutorial é mais avançado e foi desenvolvido para usuários mais experientes que querem simular proteínas de membrana e entender a estrutura e modificação do campo de força.
3. Amostragem de Umbrella: Também um pouco avançado, este tutorial é destinado a usuários que desejam aprender a usar a amostragem guarda-chuva para calcular o potencial da força média (FPM) ao longo de um único grau linear de liberdade.
4. Sistemas Bifásicos: A construção de um sistema bifásico ciclohexano-água.
5. Complexo proteína-ligante: O quinto tutorial instrui o usuário sobre como lidar com um sistema proteína-ligante, com foco na parametrização adequada dos ligantes e manipulação da topologia.
6. Energia Livre de Solvação: Este tutorial descreve o procedimento para realizar um simples cálculo de energia livre, a eliminação das interacções van der Waals entre uma molécula simples (metano) e água. Sistemas mais complicados são discutidos.
7. Sites Virtuais: Este tutorial guia o usuário através da construção manual de sites virtuais para uma molécula triatômica linear muito simples (CO2).

Todos estes tutoriais assumem que você está usando GROMACS versão 2018 ou mais recente. Se você estiver usando uma versão mais antiga, nem todas as características detalhadas aqui funcionarão! Algumas das opções .mdp e argumentos de linha de comando mudam entre versões, especialmente com as novas funcionalidades introduzidas nas versões 5.0 e 5.1, e até mesmo algumas alterações desde a série 2016.x. Se você estiver usando uma versão diferente, fique avisado: os tutoriais provavelmente não funcionarão como esperado.

No final de cada tutorial você encontrará minhas informações de contato a fim de fornecer comentários ou reportar qualquer coisa que você ache incorreta. Eu realmente aprecio este tipo de feedback, pois ele me ajuda a desenhar melhores tutoriais e consertar coisas que não estão claras (ou às vezes erradas, oops). Devo pedir que não me contactem para obter ajuda geral do GROMACS ou conselhos sobre o vosso projecto. Estou continuamente inundado com pedidos de ajuda e simplesmente não tenho tempo para ser útil para todos.

Espero que vocês achem estes tutoriais úteis. Se você usar estes protocolos para sua pesquisa, eu peço que você cite o artigo que explica o histórico teórico destes tutoriais:

J.A. Lemkul (2018) “From Proteins to Perturbed Hamiltonians: A Suite of Tutorials for the GROMACS-2018 Molecular Simulation Package, v1.0” Living J. Comp. Mol. Sci. In Press. GitHub

Simulação Feliz!

Para instruções de instalação do GROMACS, consulte aqui.