Identificação e caracterização de uma nova neurotoxina botulínica
Bases de dados genômicos revelaram um novo gene BoNT
Na tentativa de pesquisar o panorama evolutivo dos BoNTs, realizamos pesquisas iterativas do modelo Hidden Markov da base de dados de sequências Uniprot. Nossa pesquisa identificou todos os subtipos conhecidos de BoNT e toxinas do mosaico, bem como a neurotoxina do tétano relacionada (Fig. 1a; Suplemento Fig. 1). Para nossa surpresa, a busca revelou um BoNT potencialmente novo, provisoriamente designado BoNT/X (Fig. 1a, GenBank no.: BAQ12790.1), da sequência genômica recentemente relatada da cepa 111 de C. botulinum. BoNT/X mostrou a menor identidade de sequência proteica com as outras BoNTs em comparações de pares (Fig. 1b). Além disso, a baixa semelhança de sequência é distribuída uniformemente ao longo de toda a sequência BoNT/X (Fig. 1c), indicando que não se trata de uma toxina em mosaico. Apesar desta baixa identidade de sequência, a disposição geral de domínio de BoNTs é conservada em BoNT/X (Fig. 1c), incluindo um motivo protease dependente de zinco HEXXH (resíduos 227-231, HELVH) no LC (ref. 33), e um motivo SXWY no HC (resíduos 1.274-1.277, SAWY), que reconhece os gangliosides receptores lipídicos34.
Semelhante aos outros BoNTs, o gene BoNT/X está localizado em um cluster de genes23. Todas as sete BoNTs estabelecidas são co-expressas com outra proteína de 150 kDa conhecida como NTNHA (non-toxic non-magglutinininin protein), que forma um complexo pH-dependente com BoNTs e as protege das proteases do trato gastrointestinal35. O gene BoNT/X também é precedido por um potencial gene NTNHA (Fig. 1d). Além de BoNT e NTNHA, um cluster típico de genes BoNT contém genes que codificam um dos dois tipos de proteínas acessórias: (1) o cluster HA que codifica três proteínas conservadas HA17, HA33 e HA70, que formam um complexo com BoNT/NTNHA e facilitam a absorção de toxinas através da barreira epitelial intestinal36,37,38; ou (2) o cluster OrfX que codifica as proteínas OrfX1, OrfX2, OrfX3 e P47 conservadas com função desconhecida23. O gene BoNT/X está localizado em um cluster de genes OrfX, assim como BoNT/E, F e membros de BoNT/A. Curiosamente, o cluster BoNT/X tem duas características únicas (Fig. 1d): (1) há um gene OrfX2 adicional que não existe em nenhum outro cluster BoNT (nós o designamos como OrfX2b); (2) o quadro de leitura dos genes OrfX é geralmente oposto aos genes BoNT/NTNHA, mas tem a mesma direção que o gene BoNT/X no cluster BoNT/X (Fig. 1d). Estes achados sugerem que BoNT/X é um ramo único da família BoNT.
A LC de BoNT/X clivagem VAMP2 em um novo site
Para caracterizar BoNT/X, nós focamos primeiro em sua LC (X-LC, resíduos 1-439) e a produzimos como uma proteína His6-tagged em Escherichia coli. As LCs de BoNT/A (A-LC) e BoNT/B (B-LC) foram produzidas e ensaiadas em paralelo como controles. A incubação do X-LC com extratos de detergente cerebral de rato (BDE) não afetou a sintaxe 1 ou SNAP-25, mas aboliu os sinais de immunoblot VAMP2 (Fig. 2a). LCs de BoNTs são proteases dependentes de zinco33. Como esperado, EDTA preveniu a clivagem das proteínas SNARE por X-, A- e B-LCs (Fig. 2a). Além disso, a incubação do X-LC com o domínio citosólico recombinante purificado do VAMP2 (resíduos 1-93) converteu o VAMP2 em duas bandas de baixo peso molecular (Fig. 2a). 2b), confirmando que o X-LC clivou VAMP2.
Para identificar o local de clivagem, analisamos a proteína VAMP2 (1-93), com ou sem pré-incubação com X-LC, por espectrometria de massa por cromatografia líquida-tandem (LC-MS/MS, Fig. 2c-e). Um único pico de peptídeo dominante surgiu após a incubação com X-LC (Fig. 2c,e; Suplemento Fig. 2). Seu peso molecular é de 3.081,7, que se encaixa apenas na seqüência de peptídeos A67-L93 do VAMP2 (Fig. 2c,e). Consistentemente, outro fragmento desde o início da his6-tag até o resíduo R66 do VAMP2 também foi detectado (Fig. 2d). Para confirmar este achado, repetimos o ensaio com um fragmento diferente de VAMP2: glutationa S-transferase (GST) marcou VAMP2 (33-86) (Suplemento Fig. 3). A incubação com X-LC gerou um único pico peptídico dominante com um peso molecular de 2.063,1, que cabe apenas A67-R86 de VAMP2 (Suplemento Fig. 3). Juntos, estes resultados demonstram que X-LC tem um único sítio de clivagem no VAMP2 entre R66 e A67.
R66-A67 é um novo sítio de clivagem no VAMP2, distinto de todos os sítios alvo estabelecidos de BoNTs (Fig. 2f). É também o único local de clivagem BoNT localizado dentro de uma região previamente conhecida como motivo SNARE (Fig. 2f, regiões sombreadas)39. A família de proteínas VAMP inclui VAMP1, 2, 3, 4, 5, 7 e 8, bem como as Sec22b e Ykt6 relacionadas. O R66-A67 é conservado no VAMP1 e 3, que são altamente homólogos ao VAMP2. Para validar a especificidade do X-LC, expressamos VAMP1, 3, 7, 8 e Myc-tagged Sec22b e Ykt6 em células HEK293 via transfecção transitória. Os lisados celulares foram incubados com X-LC. Ambos VAMP1 e 3 foram clivados por X-LC, enquanto VAMP7, VAMP8 e Sec22b foram resistentes a X-LC (Fig. 2g).
BoNT/X clivam VAMP4, VAMP5 e Ykt6
Unexpectedly, Ykt6 was also cleaved by X-LC (Fig. 2g). Este achado foi confirmado usando um fragmento Ykt6 marcado com GST purificado, que se deslocou para uma faixa de baixo peso molecular após incubação com X-LC (Fig. 2h). O local de clivagem foi determinado como K173-S174 pela análise de espectrometria de massa do Ykt6 intacto versus Ykt6 clivado por X-LC (Fig. 4 Suplementar). Este local é homólogo ao local de clivagem de BoNT/X no VAMP2 (Fig. 2f). Entre as proteínas da família VAMP, o VAMP4 contém o mesmo par de resíduos (K87-S88) neste local que o Ykt6. Descobrimos que o X-LC clivou tanto o domínio citoplasmático purificado do VAMP4 (Fig. 2i), como o VAMP4 nativo no BDE (Fig. 2j). Como controle, o Sec22b não foi clivado pelo X-LC no BDE. Além disso, o domínio citoplasmático do VAMP5, marcado com GST, também foi clivado (Fig. 2i). Os sítios de clivagem foram determinados pela análise de espectrometria de massa K87-S88 no VAMP4 e R40-S41 no VAMP5 (Fig. 5 Suplementar). Ambos os locais são homólogos ao local de clivagem da BoNT/X no VAMP2 (Fig. 2f), demonstrando que a localização do local de clivagem é conservada através de diferentes VAMPs. A capacidade do X-LC de clivagem do VAMP4, VAMP5 e Ykt6 é altamente incomum, pois suas seqüências são substancialmente diferentes do VAMP1/2/3. BoNT/X é o primeiro e único BoNT conhecido que pode clivar VAMPs além dos alvos canônicos VAMP1, 2 e 3 (ref. 40).
Ativação proteolítica de BoNT/X
A seguir examinamos a região de ligação entre o LC e o HC, que deve ser clivada por proteases bacterianas ou proteases hospedeiras para converter a toxina em uma forma de cadeia dupla ‘ativa’. Produzimos um fragmento recombinante de X-LC-HN (resíduos 1-891) em E. coli e o submetemos a uma proteólise limitada por endoproteinase Lys-C. As amostras foram analisadas através da rotulagem Tandem Mass Tag (TMT) e espectrometria de massa em tandem. TMT rotula N-termini livre (e lisinas). A proteólise limitada por Lys-C produziu um novo terminal N livre mapeado ao resíduo N439 na região linker (Fig. 3a; Dados Suplementares 1), confirmando que a região linker é suscetível a proteases.
Examinamos então se a ativação proteolítica aumenta a potência de BoNT/X. Foi mostrado que a incubação de altas concentrações de LC-HN de BoNT com neurônios cultivados resulta na entrada de LC-HN, provavelmente através da absorção não específica em neurônios41. Similarmente, o X-LC-HN entrou em neurônios corticais de rato cultivados e VAMP2 clivado de forma dependente da concentração (Fig. 3b). A ativação por Lys-C aumentou a potência do X-LC-HN: 10 nM ativado X-LC-HN clivado níveis semelhantes de VAMP2 como 150 nM intacto X-LC-HN (Fig. 3b). O X-LC-HN ativado parece ser mais potente que o LC-HN ativado de BoNT/A (A-LC-HN) e BoNT/B (B-LC-HN), que não mostraram nenhuma clivagem detectável de seus substratos sob as mesmas condições de ensaio (Fig. 3b).
A ligação de dissulfeto entre cadeias em BoNT/X
Como outras BoNT, a região de ligação de BoNT/X contém duas cisteínas conservadas, mas há também uma cisteína adicional (C461) exclusiva de BoNT/X (Fig. 3a). Para determinar os resíduos de cisteína que formam a ligação essencial entre as cadeias de dissulfeto, geramos três mutantes X-LC-HN, cada um com um dos três resíduos de cisteína mutantes (C423S, C461S e C467S). Estes mutantes, assim como o tipo selvagem (WT) X-LC-HN, foram submetidos a proteólise limitada com Lys-C e depois analisados através da coloração SDS-PAGE e Coomassie Blue, com ou sem o agente redutor dithiothreitol (DTT; Fig. 3c). Espera-se que a única cisteína na LC (C423S), em mutação, elimine a ligação de dissulfeto entre as cadeias. De forma consistente, o C423S mutante separou-se em duas bandas ∼50 kDa sem TDT. Em contraste, ambos os mutantes C461S e C467S apresentaram como uma única banda a 100 kDa na ausência da TDT e separados em duas bandas ∼50 kDa na presença da TDT. Estes resultados sugerem que o C423 no LC pode formar a ligação de dissulfeto entre as cadeias com C461 ou C467 no HC. Também descobrimos que o tratamento com Lys-C degradou uma porção significativa de C423S mutante em comparação com C461S ou C467S mutante (Fig. 3c, +DTT), sugerindo que a perda da ligação dissulfeto inter-cadeia torna a molécula mais suscetível a proteases. Observamos que uma porção de WT X-LC-HN formou agregados no topo do gel SDS-PAGE (Fig. 3c, marcada por um asterisco). Estes agregados desapareceram na presença da TDT. C423/C461/C467 são as únicas três cisteínas no X-LC-HN; a mutação de qualquer uma delas aboliu a formação de agregados (Fig. 3c, -DTT), sugerindo que estes agregados são formados por ligações de dissulfeto intermoleculares devido à existência de uma cisteína extra na região do linker.
Interessantemente, a maioria dos WT ativados X-LC-HN separados em duas bandas ∼50 kDa sem TDT (Fig. 3c), que é semelhante ao mutante C423S. Por outro lado, o WT X-LC-HN não apresentou aumento da degradação por Lys-C em relação ao C423S mutante (Fig. 3c, +DTT). Uma explicação possível é que o WT X-LC-HN contém uma ligação de dissulfeto entre cadeias sob condições nativas, mas essa ligação pode se rearranjar para o par C461-C467 intra-cadeia sob condições de desnaturação no buffer SDS. Este fenômeno é conhecido como embaralhamento da ligação de bissulfeto, que ocorre frequentemente entre cisteínas adjacentes. Para testar esta hipótese, utilizamos um reagente alquilante, N-Ethylmaleimida (NEM), que bloqueia permanentemente as cisteínas livres e impede o embaralhamento da ligação de dissulfeto. Como mostrado na Fig. 3d, o WT X-LC-HN pré-tratado com NEM mostrou como uma única banda a 100 kDa na ausência da TDT, e separada em duas bandas ∼50 kDa na presença da TDT. Estes resultados confirmam que o WT X-LC-HN contém principalmente uma ligação de dissulfeto inter-cadeia, mas é suscetível ao embaralhamento da ligação de dissulfeto devido a uma cisteína extra na região do linker (Fig. 3e).
Examinamos ainda mais a atividade dos três mutantes de cisteína X-LC-HN em neurônios cultivados. Como esperado, o mutante C423S estava inativo, enquanto os mutantes C461S e C467S apresentaram níveis de atividade similares aos do WT X-LC-HN (Fig. 3f). Esses resultados confirmam que a ligação dissulfeto inter-cadeia é crítica para a atividade de BoNT/X.
Geração de BoNT/X a todo comprimento através de ligadura ordenado-mediada
Procuramos então determinar se BoNT/X a todo comprimento é uma toxina funcional. Como não existem antisoros contra BoNT/X, decidimos evitar a geração do gene da toxina activa a todo o comprimento. Em vez disso, desenvolvemos uma abordagem para gerar uma quantidade limitada de BoNT a todo o comprimento em tubos de ensaio por ligação enzimática de dois fragmentos não tóxicos de BoNT. Este método utiliza uma transpeptidase conhecida como sortase42,43, que reconhece o motivo peptídeo LPXTG, cliva-se entre T-G, e simultaneamente forma uma nova ligação peptídeo com outras proteínas/peptídeos contendo N-terminal glycine (Fig. 4a). Produzimos dois fragmentos não tóxicos de BoNT/X: (1) LC-HN com um motivo LPETGG e uma His6-tag fundida ao terminal C; e (2) o HC de BoNT/X (X-HC) com uma etiqueta GST, local de clivagem da trombina e um resíduo adicional de glicina no seu terminal N. O corte por trombina libera X-HC com uma glicina livre em seu terminal N. A incubação destes dois fragmentos com sortase gerou uma pequena quantidade de ∼150 kD BoNT/X (X-FL, Fig. 4a,b). Observamos que o X-HC mostrou baixa solubilidade e forte tendência à agregação, o que pode ser a razão da baixa eficiência de ligadura (Fig. 4b). Em contraste, a ligadura do X-LC-HN com o HC da BoNT/A (A-HC) alcançou uma melhor eficiência, com a maioria do X-LC-HN ligado a uma toxina quimérica XA (Suplemento Fig. 6a). Para garantir a biossegurança, a quantidade de fragmentos precursores na reação é estritamente limitada para gerar a quantidade mínima de toxina ligada necessária para os ensaios funcionais.
Analisamos primeiro a atividade de BoNT/X ligado usando neurônios corticais de rato cultivados. Os neurônios foram expostos à mistura de ligação de sortase e misturas de controle em meio de cultura. Como mostrado na Fig. 4c, somente o X-LC-HN clivou algum VAMP2 devido a sua alta concentração na mistura de reação. Misturando X-HC com X-LC-HN sem clivagem de separação ligeiramente melhorada do VAMP2 em relação ao X-LC-HN sozinho, sugerindo que o X-HC pode estar associado ao X-LC-HN através de interações não covalentes. Essa interação parece ser específica, pois misturar A-HC com X-LC-HN não melhorou a clivagem do VAMP2 em neurônios (Suplemento Fig. 6b). A ligação do X-LC-HN com o X-HC por meio de clivagem claramente melhorada do VAMP2 em comparação com a mistura de X-LC-HN e X-HC sem a clivagem (Fig. 4c). Estes resultados demonstraram que o X-HC é funcional para células-alvo e que o BoNT/X ligado a todo o comprimento entrou nos neurônios e clivou o VAMP2. Similarmente, o XA ligado também entrou nos neurônios e o VAMP2 clivado (Suplemento Fig. 6b).
BoNT/X não foi reconhecido por anti-soros contra BoNTs conhecidas
Realizamos em seguida ensaios de ponto blot usando anti-soros levantados contra BoNTs conhecidas, incluindo todos os sete serótipos, bem como uma toxina em mosaico (BoNT/DC), para confirmar que BoNT/X é serologicamente único. Foram utilizados quatro antissoros de cavalo (anti-BoNT/A, B e E, anti-BoNT/C, anti-BoNT/DC e anti-BoNT/F), bem como dois antissoros de cabra (anti-BoNT/G e anti-BoNT/D). A especificidade e potência destes antissoros foram primeiramente validadas através da análise da sua capacidade de neutralizar a BoNT em neurónios cultivados. Como esperado, todos os antissoros neutralizaram os seus anti-BoNTs alvo, sem afectar a actividade de um serótipo diferente (Fig. 7 Suplementar). Descobrimos que estes antissoros reconheceram suas BoNTs correspondentes no ensaio dot blot, mas nenhum reconheceu BoNT/X (Fig. 4d).
Analisamos ainda se a toxicidade da BoNT/X em neurônios pode ser neutralizada por estes antissoros. O X-FL gerado pela ligadura por meios de ordenação foi primeiramente ativado com proteólise limitada usando tripsina. Utilizámos a tripsina para activar a X-FL em vez da Lys-C para ensaios funcionais, uma vez que a tripsina nos permite parar a proteólise utilizando inibidores de tripsina. O X-FL activado entrou nos neurónios corticais de rato de cultura e clivou tanto o VAMP2 como o VAMP4 de forma dependente da concentração (Fig. 4e). As combinações de antissoros contra BoNTs conhecidos (Ab1 (antissoros de cavalo): anti-BoNT/A, B e E trivalente, anti-BoNT/C e anti-BoNT/F; Ab2 (antissoros de cabra): anti-BoNT/G e anti-BoNT/D) não afetaram a atividade do X-FL ligado, como evidenciado por graus similares de clivagem VAMP2 e VAMP4 na presença desses antissoros (Fig. 4e). Estes resultados confirmaram que BoNT/X é um novo sorotipo de BoNT.
BoNT/X paralisia flácida induzida in vivo em ratos
A seguir procuramos determinar se BoNT/X é ativo in vivo usando um ensaio bem estabelecido e não letal em ratos, conhecido como ensaio DAS (Digit Abduction Score), que mede a paralisia muscular local após a injeção de BoNTs nos músculos dos membros posteriores do rato44. BoNTs causam paralisia flácida dos músculos dos membros, que se manifesta como a incapacidade de espalhar os dedos dos pés em resposta a um estímulo de susto. Injetamos X-FL ligado (0,5 μg, ativado pelo tratamento com tripsina) nos músculos gastrocnêmicos do membro posterior direito em camundongos, o que induziu paralisia flácida típica e a não propagação dos dedos dos pés (Fig. 4f), indicando que BoNT/X é capaz de causar paralisia flácida in vivo. Observamos que a potência do X-FL ligado parece ser muito menor do que a de outros BoNTs neste ensaio. Para confirmar ainda mais a baixa toxicidade do X-FL ligado, injetamos 1 μg de X-FL ligado por via intraperitoneal (n=3). Nenhum rato mostrou qualquer efeito sistémico e todos sobreviveram a esta dose. Assim, o X-FL ligado tem uma toxicidade in vivo bastante baixa em camundongos em comparação com outros BoNT nativos, que geralmente têm doses letais a baixos níveis de picograma por camundongo.
BoNT/X
Finalmente, desenvolvemos um mutante inativo de BoNT/X como um reagente potencial para gerar anticorpos neutralizantes. Mutações em dois resíduos (R362A/Y365F) em BoNT/A inativam a atividade protease do LC e abolem a toxicidade do BoNT/A in vivo45,46. Estes dois resíduos são conservados em BoNT/X. Introduzimos as mutações correspondentes (R360A/Y363F) em BoNT/X e geramos uma forma inativa completa, designada como BoNT/XRY. Como mostrado na Fig. 4g, BoNT/XRY foi purificada como uma proteína his6-tagged em E. coli, e não teve atividade em neurônios cultivados (Suplemento Fig. 8a). Além disso, a injeção intraperitoneal de ratos com 30 μg BoNT/XRY (ativada pelo tratamento com tripsina) não causou nenhum efeito adverso (n=5), demonstrando que não é tóxica in vivo. Uma porção substancial de BoNT/XRY formou agregados na parte superior do gel SDS-PAGE (Fig. 4g). A adição de TDT reduziu estes agregados a BoNT/XRY monoméricos (Fig. 4g). Assim, BoNT/X a todo o comprimento é susceptível de formar ligações de dissulfureto intermoleculares. No entanto, a forma monomérica de BoNT/X pode ser purificada e é estável em solução (Fig. 4g). Além disso, desenvolvemos um protocolo de purificação em escala, que gerou BoNT/XRY com um rendimento de ∼3 mg por litro de cultura e pureza de ∼3% (Suplemento Fig. 8b). BoNT/XRY altamente purificado permaneceu estável em solução até 10 mg ml-1 na presença de agente redutor. Este BoNT/XRY atóxico será um reagente valioso para gerar anticorpos neutralizantes.
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