HHHpred

Você pode ajudar o EcoliWiki editando o conteúdo desta página. Para informações sobre como se tornar um usuário registrado e obter privilégios de edição, veja Help:Accounts.

<proteger>

Link/URL:

HHpred

What:

Detectar homologias remotas por comparação de modelos Markov ocultos

Dep. of Protein Evolution at the Max-Planck Institute for Developmental Biology

edit table

</protect>

Short Description

Partilhe os seus conhecimentos e ideias. Como você pode ajudar. Veja as páginas de Ajuda se você precisar de ajuda para usar o wiki

Página Inicial

Hsearch é um programa de busca de sequência de proteínas que é gratuito para uso não-comercial. HHpred é um servidor gratuito de previsão da função e estrutura da proteína baseado no método HHsearch. HHpred/HHsearch estão entre os métodos mais populares de predição da estrutura da proteína e detecção de seqüências remotamente relacionadas, tendo sido citado mais de 380 vezes.

Sequências de pesquisa são frequentemente realizadas por biólogos para inferir a função de uma proteína desconhecida a partir de sua seqüência. Para este fim, a sequência da proteína é comparada com as sequências de outras proteínas em bases de dados públicas e a sua função é deduzida das sequências mais semelhantes. Muitas vezes, não é possível encontrar sequências com funções anotadas em tal pesquisa. Neste caso, são necessários métodos mais sensíveis para identificar proteínas ou famílias de proteínas mais remotamente relacionadas. A partir destas relações, podem ser inferidas hipóteses sobre as funções, estrutura e composição do domínio da proteína. A HHsearch realiza pesquisas com uma sequência de proteínas através de bases de dados. O servidor HHpred e o pacote de software HHsearch oferecem muitos bancos de dados populares e regularmente atualizados, como o Banco de Dados de Proteínas, bem como os bancos de dados InterPro, Pfam, COG, e SCOP.

HHHpred/HHsearch pertence à classe de ferramentas de comparação de perfis, que inclui os métodos de pesquisa de seqüências mais sensíveis até o momento. Eles representam tanto a seqüência de consulta quanto as seqüências de bancos de dados por perfis de seqüência, também chamadas de matrizes de pontuação específicas de posição (PSSMs). Os perfis são calculados a partir de um alinhamento de sequências múltiplas de sequências relacionadas, que são normalmente recolhidas utilizando o programa PSI-BLAST do National Center for Biotechnology Information (NCBI). Um perfil é uma matriz contendo para cada posição na sequência de consulta a pontuação de similaridade para os 20 aminoácidos. Estas pontuações são calculadas a partir das frequências dos aminoácidos nas posições correspondentes no alinhamento da sequência múltipla. Como os perfis contêm muito mais informação do que uma única sequência (por exemplo, o grau de conservação específico da posição), os métodos de comparação de perfis são muito mais poderosos do que os métodos de comparação de sequências como BLAST ou métodos de comparação de sequências como PSI-BLAST.

HHHpred/HHsearch representa as proteínas de consulta e de base de dados por modelos Markov ocultos de perfil (HMMs), uma extensão dos perfis de sequência que também registam as frequências de inserção e eliminação de aminoácidos específicos da posição. HHsearch pesquisa um banco de dados de HMMs com uma consulta HMM. Antes de iniciar a pesquisa através do banco de dados real de HMMs, HHsearch/HHpred constrói um alinhamento múltiplo de seqüências relacionadas usando uma versão específica de contexto de PSI-BLAST, chamada CSI-BLAST. A partir desse alinhamento, um perfil HMM é calculado. Os bancos de dados contêm HMMs que são pré-calculados da mesma forma usando o PSI-BLAST. A saída de HHpred e HHsearch é uma lista classificada de correspondências de bancos de dados (incluindo valores E e probabilidades para uma verdadeira relação) e os alinhamentos de sequências de consulta e banco de dados em pares. Uma pesquisa através da base de dados PDB de proteínas com estrutura 3D resolvida leva alguns minutos. Se uma correspondência significativa com uma proteína de estrutura conhecida (um “template”) for encontrada na base de dados do PDB, HHpred permite construir um modelo homológico usando o software MODELLER, começando a partir do alinhamento do par de consulta-template.

Aplicações do HHpred/HHsearch incluem previsão da estrutura da proteína, previsão da função, previsão do domínio, previsão dos limites do domínio e classificação evolutiva das proteínas. No experimento CASP7 benchmark, HHpred5 foi classificado em 2º lugar entre 68 servidores automáticos de predição de estrutura, sendo mais de 50 vezes mais rápido que os melhores 20 servidores.

Links

http://toolkit.tuebingen.mpg.de/hhpred

http://toolkit.lmb.uni-muenchen.de/hhpred

Requisitos

Servidor Web

Notações do usuário

Site do CASP: http://predictioncenter.org/

Detecção de proteínas da membrana externa: HHomp

Ver Ajuda:Referências de como gerir referências no EcoliWiki.