FlyBase: A Base de Dados Drosophila

FlyBase tem um depósito de imagens (flybase/allied-dados/ imagens). Um projeto, com o Dr. N. Patel, para capturar imagens de linhas de armadilha melhoradoras está em andamento. Estas imagens serão ligadas a outros objectos (por exemplo, stocks, alelos) no FlyBase.

Embora não sejam dados aliados, o FlyBase disponibiliza o texto completo inalterado de Lindsley e Zimm ( 3 ) (por permissão da Academic Press) e mantém um ficheiro de erros neste livro que foram notados. O texto do anterior Lindsley e Grell ( 2 ) também está disponível no FlyBase.

Implementação

FlyBase é construído com um sistema de gerenciamento de banco de dados relacional (Sybase). O presente esquema foi implementado para a maioria dos dados e a maioria dos arquivos acessados através dos servidores do FlyBase são os produtos das tabelas Sybase. O esquema está agora sendo estendido para acomodar mapas físicos e seqüências dos principais projetos do genoma Drosophila.

Os dados do FlyBase são mantidos por curadores que trabalham a partir da literatura e preenchem um formulário padrão que é analisado nas tabelas Sybase.

Acesso

FlyBase fornece aos usuários uma variedade de modos de acesso: WWW, gopher, ftp de arquivos planos e, através da Enciclopédia de Drosophila , que usa uma versão ACeDB.

FlyBase está actualmente acessível em três sites, Harvard e Indiana Universities. O servidor WWW do FlyBase em Harvard (veja abaixo os endereços) dá acesso às ferramentas de busca CytoSearch (para busca com base na posição do mapa citológico) e SymbolSearch (para busca por gene, aberração ou símbolo de transposição, com suporte total de wild cards), bem como acesso ao conjunto completo de serviços de dados do FlyBase disponíveis através do servidor de Indiana. O servidor de Harvard só suporta http, e portanto requer um navegador como Mosaic, Netscape ou Lynx. O servidor de Indiana suporta múltiplos protocolos, incluindo http, Gopher e ftp e é acessível por uma vasta gama de clientes. Arquivos planos estruturados que saem da Sybase estão disponíveis para consulta, cópia ou navegação. Usuários de clientes interativos (por exemplo, Gopher+, Mosaic, Netscape) podem solicitar ações, atualizar ou adicionar ao diretório de trabalhadores do Drosophila, e enviar e-mail para o consórcio FlyBase de dentro do FlyBase.

Os arquivos planos derivados das tabelas Sybase estão frequentemente disponíveis em vários formatos, assim como são indexados para consultas. Por exemplo, a bibliografia está disponível no formato Unix REFER (que pode ser usado por muitos pacotes bibliográficos), assim como nos formatos de texto e ‘valores separados por vírgulas’. Os dados genéticos estão disponíveis em formatos de texto legíveis e em um formato no qual diferentes campos são codificados (este último permite aos usuários escrever códigos simples para construir suas próprias consultas sobre os dados).

FlyBase publica um subconjunto dos dados em formato impresso como números especiais do Serviço de Informação Drosophila . Dois desses números foram publicados em junho de 1994: DIS 73 inclui dados sobre loci gênico, função gênica e sinônimos gênicos e alelos; DIS 74 é uma bibliografia da literatura de Drosophila para o período 1982-1993.

FlyBase e o Projeto Genoma de Berkeley Drosophila publicam conjuntamente A Enciclopédia do Genoma de Drosophila (versão 2, outubro de 1995). Isto apresenta uma fusão das informações no FlyBase com os dados do projeto Berkeley visualizáveis através de um cliente ACeDB. Este projeto colaborativo envolveu a customização do ACeDB para Drosophila (por Suzanna Lewis em Berkeley), um porto de ACeDB para plataformas Mac (por Cyrus Harmon em Berkeley) e uma interface entre Sybase e ACeDB (por Eddy Welbourne em Cambridge). A Enciclopédia está disponível no FlyBase como CD-ROM (para Macs) ou por ftp no servidor do Indiana FlyBase para plataformas Unix e Mac.

Interacção com a comunidade de utilizadores é vital para o sucesso do FlyBase. Nós encorajamos a submissão de novos dados, a correção de erros e idéias para tornar esta base de dados ainda mais útil para a comunidade.

Documentação

Um Manual de Referência completo do FlyBase está disponível nos servidores do FlyBase como arquivos texto ou Postscript (flybase/docs/Reference-manual.txt; flybase/docs/Reference-manual.ps). Um Manual do Usuário mais curto também está disponível (flybase/docs/User-manual.txt e.ps) como uma breve introdução ‘Sobre o FlyBase’ (flybase/About-fly-base).

Notícias sobre mudanças no FlyBase são postadas no grupo de notícias bionet. drosophila.

Referenciamento do FlyBase

Só sugerimos que o FlyBase seja referenciado da seguinte forma:

Só sugerimos que a abreviatura FB seja usada para FlyBase, independentemente do produto FlyBase em particular.

Endereços

O servidor Harvard FlyBase tem a URL http://morgan.harvard.edu/ .

Um CD-ROM da Enciclopédia de Drosophila (para Macs) pode ser adquirido a custo nominal da Sra. D. Palmer, Biological Laboratories, 16 Divinity Avenue, Harvard University, Cambridge, MA 02138, USA (FAX +1 617 495 9300).

A Enciclopédia de Drosophila está disponível para sistemas Unix (Sun, SGI e DEC Alpha) e para Macs por ftp do flybase.bio.indiana.edu (login com o nome de usuário eofd e senha FlyBase).

Perguntas sobre o servidor do Indiana FlyBase podem ser endereçadas para [email protected] .

Pedidos de ajuda e perguntas sobre o FlyBase devem ser endereçados a [email protected] . Relatórios de erros no FlyBase ou atualizações de dados, devem ser endereçados para [email protected] . O correio pode ser endereçado para FlyBase, Biological Laboratories, Harvard University, 16 Divinity Avenue, Cambridge, MA 02138, USA.

Acknowledgements

FlyBase é apoiada por uma bolsa do National Institutes of Health (National Center for Human Genome Research). Também tem sido apoiada por uma bolsa do Conselho de Pesquisa Médica, Londres. John Merriam (UCLA) foi um membro do consórcio até julho de 1994. Agradecemos-lhe pelas suas inestimáveis contribuições.

Author notes