A Base de Dados CAZy/ Base de Dados de Enzimas Ativas de Carboidratos (CAZy): Princípios e diretrizes de uso

Abstract

Carbohydrate-Active enZymes (CAZymes) montam, decompõem e modificam glicanos e glicoconjugados usando seus módulos catalíticos e de ligação (domínios proteicos funcionais). O banco de dados CAZy oferece desde 1998 uma classificação online e continuamente atualizada dos módulos CAZyme (Lombard et al. 2014). Cada família de módulos na classificação CAZy foi criada com base em módulos proteicos caracterizados experimentalmente a partir da literatura, e as famílias são povoadas por seqüências de módulos relacionados a partir de bancos de dados públicos de seqüências proteicas. Como nenhum limiar universal permite a classificação sistemática das várias famílias CAZyme, as anotações CAZy resultam de uma combinação especializada de modelagem/calibração de módulos e cura humana. As anotações CAZy são disponibilizadas publicamente para todas as proteínas liberadas pelo GenBank (Benson et al. 2012), Swiss-Prot (Boutet et al. 2016) e o Banco de Dados de Proteínas (PDB; http://www.rcsb.org; (Berman et al. 2000)). Além disso, as informações funcionais e estruturais em 3-D, curadas a partir da literatura regularmente, constituem valores agregados essenciais para a anotação CAZy. Neste espírito, a exibição de informação ligand de complexos cristalográficos foi recentemente desenvolvida (Lombard et al. 2014). Este capítulo irá orientar o leitor através do uso da CAZy para pesquisar anotações enzimáticas. Também responderá perguntas frequentes como (i) como obter anotações CAZy para uma proteína específica, um genoma ou um metagenoma, (ii) como ter uma família recentemente caracterizada incluída no esquema de classificação CAZy, (iii) porque CAZy não cobre todas as famílias de proteínas relacionadas com glicanos/glicoconjugados, e (iv) porque CAZy não transfere anotações funcionais para sequências similares. Finalmente, apresentamos aqui uma ferramenta recente associada à CAZy, a saber, o preditor de utilização de Polissacarídeos Loci (PUL) e base de dados em espécies de Bacteroidetes (Terrapon et al. 2015).