HHpred

Możesz pomóc EcoliWiki poprzez edycję zawartości tej strony. Aby uzyskać informacje na temat zostania zarejestrowanym użytkownikiem i uzyskania uprawnień do edycji, zobacz Pomoc:Konta.

<protect>

HHpred

Detect remote homologies by comparison of hidden Markov models

Dep. Ewolucji Białek w Max-Planck Institute for Developmental Biology

edit table

</protect>

Krótki opis

Podziel się swoją wiedzą i pomysłami. Jak możesz pomóc. Zobacz strony pomocy, jeśli potrzebujesz pomocy w używaniu wiki

Strona główna

HHHsearch jest programem do wyszukiwania sekwencji białek, który jest darmowy do użytku niekomercyjnego. HHpred jest darmowym serwerem przewidywania funkcji i struktury białek opartym na metodzie HHsearch. HHpred/HHsearch są jednymi z najpopularniejszych metod przewidywania struktury białek i wykrywania zdalnie powiązanych sekwencji, cytowanymi ponad 380 razy.

Sekwencje wyszukiwania są często wykonywane przez biologów w celu wnioskowania o funkcji nieznanego białka na podstawie jego sekwencji. W tym celu sekwencja białka jest porównywana z sekwencjami innych białek w publicznych bazach danych, a jego funkcja jest wnioskowana na podstawie sekwencji najbardziej podobnych. Często w takim poszukiwaniu nie udaje się znaleźć sekwencji z przypisanymi funkcjami. W takim przypadku konieczne jest zastosowanie bardziej czułych metod, pozwalających na identyfikację bardziej odległych białek lub rodzin białek. Na podstawie tych związków można wysnuć hipotezy dotyczące funkcji, struktury i składu domenowego białek. HHsearch przeprowadza wyszukiwanie sekwencji białek w bazach danych. Serwer HHpred i pakiet oprogramowania HHsearch oferują wiele popularnych, regularnie aktualizowanych baz danych, takich jak Protein Data Bank, a także bazy InterPro, Pfam, COG i SCOP.

HHHpred/HHsearch należy do klasy narzędzi porównujących profil-profil, która obejmuje najczulsze jak dotąd metody wyszukiwania sekwencji. Przedstawiają one zarówno sekwencję zapytania, jak i sekwencje z bazy danych za pomocą profili sekwencji, zwanych również matrycami punktacji specyficznej dla pozycji (PSSM). Profile obliczane są na podstawie wielokrotnego dopasowania sekwencji powiązanych ze sobą, które zazwyczaj zbierane są za pomocą programu PSI-BLAST z National Center for Biotechnology Information (NCBI). Profil jest macierzą zawierającą dla każdej pozycji w sekwencji zapytania wynik podobieństwa dla 20 aminokwasów. Wyniki te obliczane są na podstawie częstości występowania aminokwasów w odpowiadających im pozycjach w wielokrotnym wyrównaniu sekwencji. Ponieważ profile zawierają o wiele więcej informacji niż pojedyncza sekwencja (np. specyficzny dla pozycji stopień zachowania), metody porównywania profil-profil są o wiele bardziej wydajne niż metody porównywania sekwencja-sekwencja, takie jak BLAST lub metody porównywania profil-sekwencja, takie jak PSI-BLAST.

HHpred/HHsearch reprezentuje białka zapytania i bazy danych przez profilowe ukryte modele Markowa (HMM), rozszerzenie profili sekwencji, które również rejestrują specyficzne dla pozycji częstotliwości wstawiania i usuwania aminokwasów. HHsearch przeszukuje bazę danych HMM z zapytaniem HMM. Przed rozpoczęciem przeszukiwania aktualnej bazy HMM-ów, HHsearch/HHpred buduje wielokrotne dopasowanie sekwencji powiązanych ze sobą przy użyciu kontekstowej wersji PSI-BLAST, zwanej CSI-BLAST. Na podstawie tego wyrównania obliczany jest profil HMM. Bazy danych zawierają HMM, które są wstępnie obliczane w ten sam sposób przy użyciu PSI-BLAST. Wynikiem działania HHpred i HHsearch jest uszeregowana lista dopasowań do bazy danych (wraz z wartościami E i prawdopodobieństwami prawdziwego związku) oraz parami dopasowań sekwencji zapytanie – baza danych. Przeszukiwanie bazy PDB białek o rozwiązanej strukturze 3D zajmuje kilka minut. Jeżeli w bazie danych PDB zostanie znalezione znaczące dopasowanie do białka o znanej strukturze („szablon”), HHpred pozwala na zbudowanie modelu homologicznego przy użyciu oprogramowania MODELLER, zaczynając od wyrównania sekwencji para-zapytanie-szablon.

Zastosowania HHpred/HHsearch obejmują przewidywanie struktury białek, przewidywanie funkcji, przewidywanie domen, przewidywanie granic domen i klasyfikację ewolucyjną białek. W eksperymencie porównawczym CASP7, HHpred5 zajął 2 miejsce wśród 68 serwerów automatycznego przewidywania struktury, będąc jednocześnie ponad 50 razy szybszym od najlepszych 20 serwerów.

Linki

http://toolkit.tuebingen.mpg.de/hhpred

http://toolkit.lmb.uni-muenchen.de/hhpred

Wymagania

Serwer WWW

Uwagi użytkownika

Strona CASP: http://predictioncenter.org/

Homology detection of outer membrane proteins: HHomp

See Help:References for how to manage references in EcoliWiki.

.