GROMACS Tutorials

Tutoriale te zostały zaprojektowane jako materiał wprowadzający do korzystania z pakietu symulacyjnego GROMACS. GROMACS jest darmowym, otwartym oprogramowaniem i konsekwentnie jest jednym z najszybszych (jeśli nie najszybszym) dostępnym kodem dynamiki molekularnej.

Dostępnych jest obecnie siedem samouczków:

1. Lizozym w wodzie: Celem tego samouczka jest zapewnienie nowym użytkownikom podstawowego wprowadzenia do narzędzi używanych do przygotowania, uruchomienia i wykonania prostych analiz na „typowym” systemie z GROMACS.
2. KALP15 w DPPC: Ten samouczek jest bardziej zaawansowany i jest przeznaczony dla bardziej doświadczonych użytkowników, którzy chcą symulować białka membranowe i zrozumieć strukturę i modyfikacje pola siłowego.
3. Próbkowanie parasola: Również nieco zaawansowany, ten samouczek jest przeznaczony dla użytkowników, którzy chcą nauczyć się używać próbkowania parasolowego do obliczania potencjału średniej siły (PMF) wzdłuż pojedynczego, liniowego stopnia swobody.
4. Układy dwufazowe: Konstrukcja dwufazowego układu cykloheksan-woda.
5. Kompleks białko-ligand: Piąty samouczek instruuje użytkownika jak radzić sobie z układem białko-ligand, z naciskiem na właściwą parametryzację ligandu i obsługę topologii.
6. Energia swobodna solwatacji: Ten tutorial opisuje procedurę przeprowadzania prostego obliczenia energii swobodnej, eliminacji oddziaływań van der Waalsa pomiędzy prostą cząsteczką (metan) a wodą. Omówiono również bardziej skomplikowane układy.
7. Witryny wirtualne: Ten tutorial prowadzi użytkownika przez ręczne konstruowanie wirtualnych miejsc dla bardzo prostej liniowej, trójatomowej cząsteczki (CO2).

Wszystkie te tutoriale zakładają, że używasz GROMACS w wersji 2018 lub nowszej. Jeśli używasz starszej wersji, nie wszystkie funkcje tutaj opisane będą działać! Niektóre opcje .mdp i argumenty wiersza poleceń zmieniają się między wersjami, szczególnie w przypadku nowych funkcji wprowadzonych w wersjach 5.0 i 5.1, a nawet niektórych zmian od serii 2016.x. Jeśli używasz innej wersji, bądź ostrzeżony: samouczki prawdopodobnie nie będą działać zgodnie z oczekiwaniami.

Na końcu każdego samouczka znajdziesz moje dane kontaktowe w celu dostarczenia komentarza lub zgłoszenia wszystkiego, co uznasz za błędne. Naprawdę doceniam tego rodzaju informacje zwrotne, ponieważ pomagają mi one tworzyć lepsze tutoriale i poprawiać rzeczy, które nie są jasne (lub czasami błędne, ups). Proszę nie kontaktować się ze mną w celu uzyskania ogólnej pomocy dotyczącej GROMACSa lub porady w sprawie projektu. Jestem nieustannie zalewany prośbami o pomoc i po prostu nie mam czasu, aby być pomocnym dla każdego.

Mam nadzieję, że te tutoriale okażą się przydatne. Jeśli użyjecie tych protokołów w swoich badaniach, proszę o zacytowanie pracy, która wyjaśnia teoretyczne tło tych samouczków:

J.A. Lemkul (2018) „From Proteins to Perturbed Hamiltonians: A Suite of Tutorials for the GROMACS-2018 Molecular Simulation Package, v1.0” Living J. Comp. Mol. Sci. In Press. GitHub

Happy simulating!

Instrukcje instalacji GROMACS znajdują się tutaj.