FlyBase: The Drosophila Database

FlyBase posiada depozyt dla obrazów (flybase/allied-data/ images). Obecnie realizowany jest projekt z dr N. Patel, mający na celu przechwycenie obrazów linii pułapek enhancerowych. Obrazy te będą powiązane z innymi obiektami (np. stada, allele) w FlyBase.

Chociaż nie są to dane sprzymierzone, FlyBase udostępnia kompletny niezmieniony tekst Lindsleya i Zimma ( 3 ) (za zgodą Academic Press) i utrzymuje plik błędów w tej książce, które zostały zauważone. Tekst wcześniejszego Lindsleya i Grella ( 2 ) jest również dostępny na FlyBase.

Implementacja

FlyBase jest zbudowany w oparciu o system zarządzania relacyjną bazą danych (Sybase). Obecny schemat został zaimplementowany dla większości danych i większość plików dostępnych poprzez serwery FlyBase to produkty tabel Sybase. Schemat jest obecnie rozszerzany w celu uwzględnienia map fizycznych i sekwencji z głównych projektów genomu Drosophila.

Dane FlyBase są utrzymywane przez kuratorów pracujących z literaturą i wypełniających standardowy formularz, który jest parsowany do tabel Sybase.

Dostęp

FlyBase zapewnia użytkownikom różne sposoby dostępu: WWW, gopher, ftp plików płaskich oraz, poprzez Encyclopaedia of Drosophila , która korzysta z wersji ACeDB.

FlyBase jest obecnie dostępna w trzech miejscach, na Uniwersytetach Harvarda i Indiany. Serwer WWW FlyBase na Harvardzie (adresy poniżej) daje dostęp do narzędzi CytoSearch (do wyszukiwania na podstawie pozycji na mapie cytologicznej) i SymbolSearch (do wyszukiwania na podstawie symbolu genu, aberracji lub transpozonu, z pełną obsługą dzikich kart), jak również dostęp do pełnego zestawu usług danych FlyBase dostępnych przez serwer w Indianie. Serwer w Harvardzie obsługuje tylko protokół http i dlatego wymaga przeglądarki takiej jak Mosaic, Netscape lub Lynx. Serwer w Indianie obsługuje wiele protokołów, w tym http, Gopher i ftp, i jest dostępny dla szerokiej gamy klientów. Strukturalne pliki płaskie, które są wyprowadzane z Sybase są dostępne do odpytywania, kopiowania i przeglądania. Użytkownicy interaktywnych klientów (np. Gopher+, Mosaic, Netscape) mogą żądać zasobów, aktualizować lub dodawać do katalogu pracowników Drosophila oraz wysyłać e-maile do konsorcjum FlyBase z poziomu FlyBase.

Pliki płaskie pochodzące z tabel Sybase są często dostępne w kilku formatach, jak również są indeksowane dla zapytań. Na przykład, bibliografia jest dostępna w formacie Unix REFER (który może być używany przez wiele pakietów bibliograficznych), jak również w formatach tekstowych i 'comma separated values’. Dane genetyczne są dostępne w czytelnych formatach tekstowych i w formacie, w którym różne pola są zakodowane (te ostatnie pozwalają użytkownikom na napisanie prostego kodu do konstruowania własnych zapytań na danych).

FlyBase publikuje podzbiór danych w formie drukowanej jako specjalne wydania Drosophila Information Service . Dwa takie wydania zostały opublikowane w czerwcu 1994 roku: DIS 73 zawiera dane dotyczące loci genów, funkcji genów oraz synonimów genów i alleli; DIS 74 jest bibliografią literatury dotyczącej Drosophila za okres 1982-1993.

FlyBase i Berkeley Drosophila Genome Project wspólnie publikują The Encyclopaedia of the Drosophila Genome (wersja 2, październik 1995). Przedstawia ona połączenie informacji zawartych we FlyBase z danymi projektu Berkeley, które można przeglądać poprzez klienta ACeDB. Ten wspólny projekt obejmował dostosowanie ACeDB do potrzeb Drosophila (przez Suzanna Lewis w Berkeley), port ACeDB na platformy Mac (przez Cyrus Harmon w Berkeley) oraz interfejs między Sybase i ACeDB (przez Eddy Welbourne w Cambridge). Encyklopedia jest dostępna z FlyBase jako CD-ROM (dla Maców) lub przez ftp z serwera Indiana FlyBase dla platform Unix i Mac.

Interakcja ze społecznością użytkowników jest niezbędna dla sukcesu FlyBase. Zachęcamy do przesyłania nowych danych, poprawiania błędów i pomysłów na uczynienie tej bazy danych jeszcze bardziej użyteczną dla społeczności.

Dokumentacja

Kompletny podręcznik FlyBase Reference Manual jest dostępny na serwerach FlyBase jako plik tekstowy lub Postscript (flybase/docs/Reference-manual.txt; flybase/docs/Reference-manual.ps). Krótszy podręcznik użytkownika jest również dostępny (flybase/docs/User-manual.txt i.ps), podobnie jak krótkie wprowadzenie 'O FlyBase’ (flybase/About-fly-base).

Wiadomości o zmianach we FlyBase są umieszczane na grupie dyskusyjnej bionet. drosophila.

Odniesienia do FlyBase

Sugerujemy, aby do FlyBase odnosić się w następujący sposób:

Sugerujemy, aby używać skrótu FB dla FlyBase, niezależnie od konkretnego produktu FlyBase.

Adresy

Serwer Harvard FlyBase ma adres URL http://morgan.harvard.edu/ .

CD-ROM z Encyclopaedia of Drosophila (dla Macs) można nabyć za symboliczną opłatą od pani D. Palmer, Biological Laboratories, 16 Divinity Avenue, Harvard University, Cambridge, MA 02138, USA (FAX +1 617 495 9300).

The Encyclopaedia of Drosophila jest dostępna dla systemów Unix (Sun, SGI i DEC Alpha) oraz dla komputerów Mac przez ftp z flybase.bio.indiana.edu (login: eofd i hasło: FlyBase).

Pytania dotyczące serwera Indiana FlyBase mogą być kierowane na adres [email protected] .

Prośby o pomoc i pytania dotyczące FlyBase powinny być kierowane na adres [email protected] . Zgłoszenia błędów w FlyBase lub aktualizacje danych, powinny być kierowane na adres [email protected] . Poczta może być adresowana do FlyBase, Biological Laboratories, Harvard University, 16 Divinity Avenue, Cambridge, MA 02138, USA.

Podziękowania

FlyBase jest wspierany przez grant z National Institutes of Health (National Center for Human Genome Research). Jest również wspierana przez grant z Medical Research Council, London. John Merriam (UCLA) był członkiem konsorcjum do lipca 1994 roku. Dziękujemy mu za jego nieoceniony wkład.

Uwagi autorów

.