CellProfiler / CellProfiler-Analyst

—————–

Version	Documentation	Forum

CellProfiler Analyst pozwala na interaktywną eksplorację i analizę danych,w szczególności z eksperymentów o wysokiej wydajności, opartych na obrazach. Zawiera system uczenia maszynowego, który może być trenowany do rozpoznawania złożonych i subtelnych fenotypów, do automatycznej oceny milionów komórek.

Instalacja

Download CellProfiler Analyst

CellProfiler Analyst wymaga JDK 1.8 (nie tylko JRE).Sprawdź ścieżkę Javy.

Proszę pamiętać, że jest to gałąź rozwojowa CPA i będzie regularnie aktualizowana.

Znajdź wszystkie wydania tutaj.

Na początek, pobierz przykładowy zestaw danych tutaj: Example Dataset for CPA (zipped)

Developer build

Budując CPA na swojej maszynie wymagasz zależności CellProfiler. Sprawdź wiki dla bardziej szczegółowych instrukcji instalacji.

• Pandas
• Seaborn
• Scikit-learn
• Javabridge
• Verlib
• Python-bioformaty

Dokumentacja

Wiki

Forum

Rozwój analityka CellProfiler jest dyskutowany na liście CellProfiler Forumlist.

Jak zgłaszać nowe błędy

Proszę załączyć informacje wystarczające do odtworzenia błędu. Dla wielu błędów właściwe jest dołączenie pliku właściwości, zbioru treningowego lub zrzutu ekranu.

Jak cytować

David Dao, Adam N Fraser, Jane Hung, Vebjorn Ljosa, Shantanu Singh and Anne E Carpenter
CellProfiler Analyst: interactive data exploration, analysis and classification of large biological image sets
Bioinformatics (2016) doi:10.1093/bioinformatics/btw390

Thouis R Jones, In Han Kang, Douglas B Wheeler, Robert A Lindquist, Adam Papallo, David M Sabatini, Polina Golland and Anne E Carpenter
CellProfiler Analyst: data exploration and analysis software for complex image-based screens
BMC Bioinformatics (2008) doi:10.1186/1471-2105-9-482

Współautorzy

David Dao, Adam Fraser, Vebjorn Ljosa, Thouis R. Jones, Jane Hung, Shantanu Singh, Mark Bray, Lee Kamentsky, Anne Carpenter

Kudosy

David Logan, Allen Goodman, Alison Kozol, Mohammad Hossein Rohban