GROMACS Tutorials

Deze tutorials zijn bedoeld als inleiding op het gebruik van het GROMACS-simulatiepakket. GROMACS is gratis, open-source software, en is consequent een van de snelste (zo niet de snelste) moleculaire dynamica codes beschikbaar.

Er zijn momenteel zeven tutorials beschikbaar:

1. Lysozyme in Water: De bedoeling van deze tutorial is om nieuwe gebruikers een basisinleiding te geven in de tools die worden gebruikt om een “typisch” systeem voor te bereiden, uit te voeren en eenvoudige analyses uit te voeren met GROMACS.
2. KALP15 in DPPC: Deze tutorial is meer geavanceerd, en is bedoeld voor meer ervaren gebruikers die membraaneiwitten willen simuleren en de krachtveldstructuur en -modificatie willen begrijpen.
3. Umbrella Sampling: Ook enigszins gevorderd, deze tutorial is bedoeld voor gebruikers die willen leren om paraplu sampling te gebruiken om de potentiaal van gemiddelde kracht (PMF) te berekenen langs een enkele, lineaire vrijheidsgraad.
4. Bifasische systemen: De constructie van een bifasisch cyclohexaan-water systeem.
5. Eiwit-Ligand Complex: De vijfde tutorial instrueert de gebruiker over hoe om te gaan met een eiwit-ligand systeem, met de nadruk op de juiste ligand parametrisatie en topologie handling.
6. Vrije Energie van Solvatie: Deze tutorial beschrijft de procedure voor het uitvoeren van een eenvoudige vrije energie berekening, de eliminatie van van der Waals interacties tussen een eenvoudige molecule (methaan) en water. Meer gecompliceerde systemen worden besproken.
7. Virtual Sites: Deze tutorial leidt de gebruiker door handmatige constructie van virtuele sites voor een zeer eenvoudig lineair, triatomisch molecuul (CO2).

Al deze tutorials gaan ervan uit dat u GROMACS versie 2018 of nieuwer gebruikt. Als u een oudere versie gebruikt, zullen niet alle hier beschreven functies werken! Sommige van de .mdp opties en commandoregel argumenten veranderen tussen versies, vooral met nieuwe functies geïntroduceerd in versies 5.0 en 5.1, en zelfs enkele wijzigingen sinds de 2016.x serie. Als u een andere versie gebruikt, wees dan gewaarschuwd: de tutorials zullen waarschijnlijk niet werken zoals verwacht.

Aan het eind van elke tutorial vindt u mijn contactinformatie om commentaar te geven of iets te melden dat u onjuist vindt. Ik stel dit soort feedback echt op prijs, omdat het me helpt betere tutorials te ontwerpen en dingen te herstellen die niet duidelijk (of soms fout, oeps) zijn. Ik moet u vragen om geen contact met mij op te nemen voor algemene GROMACS hulp of advies over uw project. Ik word voortdurend overspoeld met hulpverzoeken en ik heb simpelweg niet de tijd om iedereen van dienst te zijn.

Ik hoop dat u deze tutorials nuttig vindt. Als je deze protocollen gebruikt voor je onderzoek, vraag ik je om het paper te citeren dat de theoretische achtergrond van deze tutorials uitlegt:

J.A. Lemkul (2018) “From Proteins to Perturbed Hamiltonians: A Suite of Tutorials for the GROMACS-2018 Molecular Simulation Package, v1.0” Living J. Comp. Mol. Sci. In Press. GitHub

Happy simulating!

Voor GROMACS installatie-instructies, zie hier.