FlyBase: The Drosophila Database

FlyBase heeft een depot voor afbeeldingen (flybase/allied-data/ images). Een project, met Dr N. Patel, om beelden van enhancer val lijnen vast te leggen is aan de gang. Deze beelden zullen worden gekoppeld aan andere objecten (bijvoorbeeld bestanden, allelen) in FlyBase.

Hoewel niet geallieerde gegevens, FlyBase maakt de volledige ongewijzigde tekst van Lindsley en Zimm ( 3 ) beschikbaar (met toestemming van Academic Press) en houdt een bestand bij van fouten in dit boek die zijn opgevallen. De tekst van de eerdere Lindsley en Grell ( 2 ) is ook beschikbaar op FlyBase.

Implementatie

FlyBase is gebouwd met een relationeel database management systeem (Sybase). Het huidige schema is geïmplementeerd voor de meeste gegevens en de meeste bestanden die via de FlyBase servers worden benaderd zijn de produkten van de Sybase tabellen. Het schema wordt nu uitgebreid met fysische kaarten en sequenties van de grote Drosophila-genoomprojecten.

FlyBase gegevens worden bijgehouden door curatoren die vanuit de literatuur werken en een standaardformulier invullen dat in de Sybase tabellen wordt ingelezen.

Toegang

FlyBase biedt gebruikers een verscheidenheid van toegangsmogelijkheden: WWW, gopher, ftp van flat files en, via de Encyclopaedia of Drosophila , die gebruik maakt van een versie ACeDB.

FlyBase is momenteel toegankelijk op drie sites, Harvard en Indiana Universities. De FlyBase WWW server te Harvard (zie hieronder voor adressen) geeft toegang tot de zoekinstrumenten CytoSearch (voor het zoeken op basis van cytologische kaartpositie) en SymbolSearch (voor het zoeken op gen-, aberratie- of transposon-symbool, met volledige ondersteuning van wild cards) alsmede toegang tot de volledige reeks FlyBase-datadiensten die beschikbaar zijn via de server te Indiana. De Harvard-server ondersteunt alleen http, en vereist daarom een browser zoals Mosaic, Netscape of Lynx. De server in Indiana ondersteunt meerdere protocollen, waaronder http, Gopher en ftp, en is toegankelijk voor een breed scala van clients. Gestructureerde platte bestanden die door Sybase worden uitgevoerd, kunnen worden opgevraagd, gekopieerd of doorzocht. Gebruikers van interactieve clients (b.v. Gopher+, Mosaic, Netscape) kunnen vanuit FlyBase bestanden opvragen, bijwerken of toevoegen aan de directory van Drosophila werkers, en e-mail sturen naar het FlyBase consortium.

De platte bestanden die zijn afgeleid van de Sybase tabellen zijn vaak beschikbaar in verschillende formaten, en zijn tevens geïndexeerd voor queries. De bibliografie is bijvoorbeeld beschikbaar in Unix REFER-formaat (dat door veel bibliografische pakketten kan worden gebruikt) en in tekst- en “comma separated values”-formaat. De genetische gegevens zijn beschikbaar in leesbare tekstformaten en in een formaat waarin verschillende velden zijn gecodeerd (dit laatste stelt gebruikers in staat eenvoudige code te schrijven om hun eigen query’s op de gegevens te construeren).

FlyBase publiceert een subset van de gegevens in gedrukte vorm als speciale uitgaven van de Drosophila Information Service . In juni 1994 werden twee van dergelijke uitgaven gepubliceerd: DIS 73 bevat gegevens over genloci, genfunctie en gen- en allelsynoniemen; DIS 74 is een bibliografie van de Drosophila-literatuur over de periode 1982-1993.

FlyBase en het Berkeley Drosophila Genome Project publiceren gezamenlijk The Encyclopaedia of the Drosophila Genome (versie 2, oktober 1995). Deze presenteert een samenvoeging van de informatie in FlyBase met de gegevens van het Berkeley project die via een ACeDB client kunnen worden bekeken. Dit samenwerkingsproject omvatte de aanpassing van ACeDB voor Drosophila (door Suzanna Lewis in Berkeley), een port van ACeDB naar Mac-platforms (door Cyrus Harmon in Berkeley) en een interface tussen Sybase en ACeDB (door Eddy Welbourne in Cambridge). De Encyclopedie is verkrijgbaar bij FlyBase als CD-ROM (voor Macs) of via ftp van de Indiana FlyBase server voor Unix en Mac platforms.

Interactie met de gebruikersgemeenschap is van vitaal belang voor het succes van FlyBase. Wij moedigen de indiening van nieuwe gegevens, de correctie van fouten en ideeën om deze database van nog groter nut voor de gemeenschap te maken aan.

Documentatie

Een volledige FlyBase Referentie Handleiding is beschikbaar bij de FlyBase servers als tekst of Postscript bestanden (flybase/docs/Reference-manual.txt; flybase/docs/Reference-manual.ps). Een kortere gebruikershandleiding is ook beschikbaar (flybase/docs/User-manual.txt en.ps) evenals een korte inleiding ‘Over FlyBase’ (flybase/About-fly-base).

Nieuws over veranderingen aan FlyBase wordt geplaatst in de bionet. drosophila nieuwsgroep.

Referencing FlyBase

Wij stellen voor om als volgt naar FlyBase te verwijzen:

Wij stellen voor om de afkorting FB te gebruiken voor FlyBase, ongeacht het specifieke FlyBase product.

Adressen

De Harvard FlyBase server heeft de URL http://morgan.harvard.edu/ .

Een CD-ROM van de Encyclopaedia of Drosophila (voor Macs) kan tegen nominale kosten worden gekocht bij mevrouw D. Palmer, Biological Laboratories, 16 Divinity Avenue, Harvard University, Cambridge, MA 02138, USA (FAX +1 617 495 9300).

De Encyclopaedia of Drosophila is beschikbaar voor Unix systemen (Sun, SGI en DEC Alpha) en voor Macs via ftp van flybase.bio.indiana.edu (inloggen met gebruikersnaam eofd en wachtwoord FlyBase).

Vragen over de Indiana FlyBase server kunnen worden gericht aan [email protected] .

Verzoeken om hulp en vragen over FlyBase kunnen worden gericht aan [email protected] . Meldingen van fouten in FlyBase of updates van gegevens, moeten worden gericht aan [email protected] . Post kan worden gericht aan FlyBase, Biological Laboratories, Harvard University, 16 Divinity Avenue, Cambridge, MA 02138, USA.

Acknowledgements

FlyBase wordt gesteund door een subsidie van de National Institutes of Health (National Center for Human Genome Research). Het is ook ondersteund door een subsidie van de Medical Research Council, Londen. John Merriam (UCLA) was tot juli 1994 lid van het consortium. Wij danken hem voor zijn onschatbare bijdragen.

Author notes