CellProfiler / CellProfiler-Analyst

—————–

Version	Documentation	Forum

CellProfiler Analyst maakt interactieve verkenning en analyse van gegevens mogelijk,met name van high-throughput, beeldgebaseerde experimenten. Inbegrepen is een machine learning systeem dat getraind kan worden om complexe en subtiele fenotypes te herkennen, voor automatische scoring van miljoenen cellen.

Installatie

Download CellProfiler Analyst

CellProfiler Analyst vereist JDK 1.8 worden geïnstalleerd (niet alleen JRE).Controleer het Java-pad.

Let er op dat dit de ontwikkelingstak van CPA is en het zal regelmatig worden bijgewerkt.

Vind alle releases hier.

Voor een voorsprong, download voorbeeld dataset hier: Voorbeeld dataset voor CPA (gezipped)

Developer build

Het bouwen van CPA op uw machine vereist afhankelijkheden van CellProfiler. Zie de wikif voor meer gedetailleerde installatie-instructies.

• Pandas
• Seaborn
• Scikit-learn
• Javabridge
• Verlib
• Python-bioformats

Documentatie

Wiki

Forum

CellProfiler Analyst ontwikkeling wordt besproken op de CellProfiler Forumlijst.

Hoe u nieuwe problemen kunt indienen

Voeg informatie bij om de bug te kunnen reproduceren. Voor veel bugs kunt u een eigenschappenbestand, een trainingsset of een screenshot bijvoegen.

Hoe citeren

David Dao, Adam N Fraser, Jane Hung, Vebjorn Ljosa, Shantanu Singh en Anne E Carpenter
CellProfiler Analyst: interactieve data-exploratie, analyse en classificatie van grote biologische beeldsets
Bioinformatics (2016) doi:10.1093/bioinformatics/btw390

Thouis R Jones, In Han Kang, Douglas B Wheeler, Robert A Lindquist, Adam Papallo, David M Sabatini, Polina Golland and Anne E Carpenter
CellProfiler Analyst: data exploration and analysis software for complex image-based screens
BMC Bioinformatics (2008) doi:10.1186/1471-2105-9-482

Contributors

David Dao, Adam Fraser, Vebjorn Ljosa, Thouis R. Jones, Jane Hung, Shantanu Singh, Mark Bray, Lee Kamentsky, Anne Carpenter

Kudos

David Logan, Allen Goodman, Alison Kozol, Mohammad Hossein Rohban