GROMACS チュートリアル

これらのチュートリアルは、GROMACS シミュレーションパッケージの入門用資料として作成されました。 GROMACSは無料のオープンソースソフトウェアで、常に最速の分子動力学コードの1つとなっています。

これらのチュートリアルはすべて、GROMACSバージョン2018またはそれ以降を使用していることを前提としています。 古いバージョンを使用している場合、ここで詳述されている機能のすべてが動作するわけではありません! .mdpオプションやコマンドライン引数の一部は、特にバージョン5.0と5.1で導入された新機能、さらには2016.xシリーズからの変更によって、バージョン間で変化しています。 異なるバージョンを使用している場合、チュートリアルは期待どおりに動作しない可能性が高いので、ご注意ください。

各チュートリアルの終わりには、コメントを提供したり、間違っていることを報告するための私の連絡先情報が記載されています。 このようなフィードバックは、よりよいチュートリアルを設計し、不明な点 (または、時には間違っている点、おっと) を修正するのに役立つため、心から感謝します。 ただし、一般的なGROMACSのヘルプやあなたのプロジェクトに関するアドバイスのために私に連絡するのはご遠慮ください。 私は常にヘルプのリクエストであふれかえっており、すべての人に役立つようにする時間がないのです。 これらのプロトコルを研究に使用する場合は、これらのチュートリアルの理論的背景を説明する論文を引用するようお願いします：

J.A.Lemkul (2018) “From Proteins to Perturbed Hamiltonians: A Suite of Tutorials for the GROMACS-2018 Molecular Simulation Package, v1.0” Living J. Comp. Mol. Sci.インプレス。 GitHub

Happyシミュレーション！

GROMACSのインストール手順については、こちらを参照してください。