FlyBase: The Drosophila Database

FlyBaseに画像のデポジット（flybase/allied-data/images）がある。 Dr. N. Patelと共同でエンハンサートラップラインの画像を取得するプロジェクトが進行中である。

Allied Data ではありませんが、FlyBase では Lindsley and Zimm ( 3 ) のテキストを完全なまま利用でき (Academic Press の許可による)、この本で気がついた誤りをファイルとして保存しています。 また、それ以前のLindsley and Grell ( 2 ) のテキストもFlyBaseで公開されている。

実装

FlyBaseはリレーショナルデータベース管理システム（Sybase）を用いて構築されている。 現在のスキーマはほとんどのデータに対して実装されており、FlyBase サーバーを介してアクセスされるほとんどのファイルは Sybase のテーブルの産物です。 現在、主要なショウジョウバエゲノムプロジェクトからの物理地図と配列に対応するためにスキーマを拡張中である。

FlyBase のデータは、キュレーターが文献をもとに標準フォームに記入し、Sybase テーブルにパースして管理されています。 WWW、gopher、フラットファイルのftp、そして、ACeDBバージョンを使用しているEncyclopaedia of Drosophila経由などである。

FlyBase は現在、ハーバード大学とインディアナ大学の 3 サイトでアクセス可能です。 ハーバード大学の FlyBase WWW サーバ (アドレスは下記参照) では、 CytoSearch (細胞学的地図の位置をもとにした検索) および SymbolSearch (遺伝子、異常、トランスポゾンのシンボルで検索、ワイルドカードを完全サポート) の検索ツールに加え、Indiana サーバで利用できる FlyBase データサービスのフルセットにアクセスすることが可能です。 ハーバード大学のサーバーはhttpのみをサポートしているため、Mosaic、Netscape、Lynxなどのブラウザが必要である。 Indiana のサーバーは http、Gopher、ftp などの複数のプロトコルをサポートしており、幅広いクライアントからアクセス可能である。 Sybaseから出力される構造化されたフラットファイルを照会、コピー、ブラウズすることが可能である。 対話型クライアント (例: Gopher+、Mosaic、Netscape) のユーザーは、FlyBase 内からストックのリクエスト、ショウジョウバエのワーカーのディレクトリの更新や追加、 FlyBase コンソーシアムへの電子メール送信を行うことができます。

Sybaseのテーブルから派生したフラットファイルは、クエリー用にインデックスが付けられるだけでなく、多くの場合いくつかのフォーマットで利用可能である。 たとえば、書誌は Unix REFER 形式 (多くの書誌パッケージで使用可能) のほか、テキストや ‘comma separated values’ 形式でも利用可能です。 3576>

FlyBase は、データのサブセットを Drosophila Information Service の特別号として印刷物で発行しています。 1994年6月に2号が発行された。 DIS 73は遺伝子座、遺伝子機能、遺伝子と対立遺伝子の同義語のデータ、DIS 74は1982年から1993年までのショウジョウバエ文献の書誌情報である。

FlyBaseとBerkeley Drosophila Genome Projectが共同でThe Encyclopaedia of the Drosophila Genome (version 2, October 1995)を出版しました。 これは、FlyBase の情報と、ACeDB クライアントで閲覧可能な Berkeley プロジェクトのデータを統合したものです。 この共同プロジェクトでは、Drosophila 用の ACeDB のカスタマイズ (バークレー校の Suzanna Lewis) 、Mac プラットフォームへの ACeDB の移植 (バークレー校の Cyrus Harmon) および Sybase と ACeDB 間のインターフェース (ケンブリッジ大学の Eddy Welbourne)が行われています。 百科事典は FlyBase から CD-ROM (Mac 用) または Unix と Mac プラットフォーム用の Indiana FlyBase サーバーから ftp で入手できます。

ユーザーコミュニティとの交流は、FlyBase の成功に不可欠です。 新しいデータの提出、エラーの修正、およびこのデータベースをコミュニティにとってさらに有用なものにするためのアイデアを奨励しています。

Documentation

A complete FlyBase Reference Manual is available from FlyBase servers as either text or Postscript files (flybase/docs/Reference-manual.txt; flybase/docs/Reference-manual.ps). 短いユーザーマニュアルもあります (flybase/docs/User-manual.txt and.ps) 。また、簡単な紹介 ‘About FlyBase’ (flybase/About-fly-base) もあります。

Referencing FlyBase

私たちは、FlyBase を以下のように参照することを提案します。

私たちは、特定の FlyBase 製品にかかわらず、FB という略語を FlyBase に使用することを提案します。

Encyclopaedia of Drosophila (for Macs) の CD-ROM は、 Ms D. Palmer, Biological Laboratories, 16 Divinity Avenue, Harvard University, Cambridge, MA 02138, USA (FAX +1 617 495 9300) からわずかな費用で購入することが可能です。

Encyclopaedia of Drosophila は Unix システム用 (Sun, SGI, DEC Alpha) と Mac 用に flybase.bio.indiana.edu から ftp で入手できます (ログインはユーザ名 eofd とパスワード FlyBase)。

インディアナ州の FlyBase サーバーに関する質問は、 [email protected] までお願いします。

FlyBase についてのヘルプや質問のリクエストは、 [email protected] までお願いします。 FlyBase のエラーやデータの更新に関する報告は、[email protected] までお願いします。 郵便は FlyBase, Biological Laboratories, Harvard University, 16 Divinity Avenue, Cambridge, MA 02138, USA 宛てに送ってください。

Acknowledgements

FlyBase は米国国立衛生研究所 (National Center for Human Genome Research) からの助成金によって運営されています。 また、ロンドンの医学研究評議会からの助成金によっても支援されています。 John Merriam (UCLA) は1994年7月までコンソーシアムのメンバーであった。 彼の貴重な貢献に感謝する。

著者ノート

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